序列分析DNAMAN极简使用方法

序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介

DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。

打开DNAMAN，可以看到如下界面：

第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：

第三栏为浏览器栏：

在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。

本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。

1．将待分析序列装入Channel

（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。

dnaman使用方法

使用DNAMAN的方法

DNAMAN是一款功能强大的生物信息学软件，广泛应用于DNA 和蛋白质序列分析、比对、编辑和可视化等领域。本文将介绍DNAMAN的使用方法，帮助读者快速上手并熟练运用该软件。

一、安装和启动DNAMAN

1. 下载软件安装包：在DNAMAN官方网站上下载适用于您的操作系统的安装包，并保存到本地。

2. 安装软件：双击安装包，按照提示完成软件的安装过程。

3. 启动软件：安装完成后，双击桌面上的DNAMAN图标，即可启动软件。

二、导入和编辑序列

1. 导入序列：在DNAMAN的主界面，点击"文件"菜单，选择"导入序列"，然后选择您要导入的序列文件（支持FASTA、GenBank 等格式）。

2. 编辑序列：在序列编辑界面，您可以对序列进行添加、删除、替换等操作。点击"编辑"菜单，选择相应的编辑功能，然后在弹出的对话框中进行操作。

三、序列比对和分析

1. 序列比对：点击"工具"菜单，选择"序列比对"，然后选择比对算法和参数设置，点击"开始比对"按钮即可进行序列比对。

2. 序列分析：DNAMAN提供了丰富的序列分析工具，如ORF预测、限制酶切位点分析、引物设计等。点击"工具"菜单，选择相应的分析工具，按照提示进行操作。

四、序列可视化和输出

1. 序列可视化：DNAMAN提供了多种序列可视化方式，如线性图、环形图、比对图等。点击"视图"菜单，选择相应的可视化方式，即可查看序列的结构和特征。

2. 输出结果：完成序列分析后，您可以将结果导出为文本文件或图像文件。点击"文件"菜单，选择"导出结果"，然后选择输出格式和保存路径，点击"保存"按钮即可导出结果。

序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿

第一部分：软件介绍

1.DNAMAN是什么？

-DNAMAN是一款用于DNA和蛋白质序列分析的软件。

-它提供多种功能，包括序列比对、引物设计、限制酶分析和进化树

构建等。

2.DNAMAN的应用领域

-DNAMAN广泛应用于生物学、生物技术和医药领域。

-它可以帮助研究人员进行序列分析、设计实验方案和解读实验结果。

第二部分：基本序列比对

1.创建新项目

-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。

-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。

2.导入序列

-点击“导入”按钮，选择需要比对的序列文件，点击“确定”导入。

-系统会自动将序列导入到项目中。

3.序列比对

-选择需要比对的序列，点击“比对”按钮进行序列比对。

-系统会自动比对序列并生成比对结果。

4.结果解读

-比对结果以图形和文本形式展示。

-可以通过选择不同的比对算法和调整参数来优化比对结果。

第三部分：引物设计

1.创建新项目

-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。

-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。

2.导入标记序列

-点击“导入”按钮，选择需要设计引物的标记序列文件，点击“确定”导入。

-系统会自动将标记序列导入到项目中。

3.引物设计

-点击“引物设计”按钮，选择设计引物的参数和算法。

-系统会根据所选参数和算法自动生成引物设计结果。

4.结果解读

-引物设计结果以图形和文本形式展示。

-可以通过选择不同的参数和算法来优化引物设计结果。

第四部分：限制酶分析

1.创建新项目

-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。

序列分析软件DNAMAN_的使用方法中文

7．画质粒模式图

我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。DNAMAN 提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。通过Restriction/Draw map 命令打开质粒绘图界面：将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成“I”时，单击鼠标左键，出现如下菜单：菜单说明如下： Position 当前位置 Add Site 添加酶切位点 Add Element 添加要素 Add Text 添加文字 Insert Fragment 插入片断 Copy Fragment 复制片断 Cut Fragment 剪切片断 Remove Fragment 清除片断 Frame Thickness 边框线粗细调节
参数说明如下：

Sequence type 序列类型 Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在Channel 中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel 中的序列作为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File 选择框上点击即可。通过Length 选择参加比对的序列片段。 Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上 Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；

序列分析软件DNAMan

序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介

DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。

打开DNAMAN，可以看到如下界面：

：

第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示

第二栏为工具栏：如下所示：

第三栏为浏览器栏：如下所示：

在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，如左所示：

点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel ，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。

本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。

1．将待分析序列装入Channel

（1）通过File|Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列装入的Channel。

（2）通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。

可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。

序列分析软件DNAMAN的使用方法

2．以不同形式显示序列

通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下： Sequence &Composition 显示序列和成分
2．以不同形式显示序列

Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列 Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列 Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列 Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列 RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列

Leabharlann Baidu

Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数，其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项，是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。

序列分析软件DNAMAN的使用方法

左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供 20 个Channel，点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入 Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
序列分析软件DNAMAN的使用方法
参数说明如下： File 从文件中选择参加比对的序列 Folder 从文件夹中选择参加比对的序列 Channel 从channel 中选择参加比对的序列 Dbase 从数据库中选择参加比对的序列 Remove 清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的
序列名选择） Clear 清除全部序列
以方便分析特定的酶切位点。 Cutter 酶切识别序列长度； End 酶切产生的末端，其中包括， Blunt（平头末端）， 5’Overhang（5’突出粘性末端）, 3’Overhang(3’突出粘性末端)，系统根据cutter 和end 的设定情况,在左边酶列表中显示符合条
件的酶。最后，点击按钮执行操作。
是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
序列分析软件DNAMAN的使用方法
Plot box 点阵图表显示参数， Position（起点坐标） Width（宽度值） Height（高度值） Frame size（边框线粗度值） Dot size（点粗度值） Gridline（虚线框数）。参数设定好后，点击按钮执行操作。

DNAMAN使用说明

DNAMAN使用说明书

DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。

打开DNAMAN，可以看到如下界面：

第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：

第三栏为浏览器栏：

在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。

本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。

1．将待分析序列装入Channel

（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。

序列分析软件DNAMAN的使用方法简介

吕惠平

(新疆大学生命科学与技术学院；新疆生物资源基因工程重点实验室，乌鲁木齐，830046) DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。

打开DNAMAN，可以看到如下界面：

第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：

第三栏为浏览器栏：

在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，(如左所示：)点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的 Channel中。

本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。

1．将待分析序列装入Channel

（１）通过File Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。（２）通过

Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。

DNAMAN的使用方法

DNAMAN是一种快速、准确、高通量的DNA检测工具，可以用于各种生物学研究和临床应用中。DNAMAN的使用非常简单，但有一些关键步骤和注意事项需要注意。以下是DNAMAN的详细使用方法，以帮助您充分利用这个工具。

第一步：准备样本

第二步：DNA提取

DNA提取是DNAMAN使用的关键步骤，它有助于从样本中纯化和分离出DNA。您可以使用商用的DNA提取试剂盒，按照说明书中的步骤进行操作。确保遵循所有操作步骤，并注意避免任何与其他样本的交叉污染。

第三步：DNA定量

第四步：稀释DNA

根据DNAMAN的说明书，使用PBS或其他适当的缓冲溶液将DNA稀释到所需的浓度。确保在实验室条件下进行稀释，并遵循操作规范，以避免任何误差。

第五步：添加DNA至DNAMAN芯片

将稀释后的DNA样品添加到DNAMAN芯片中的指定位置。根据芯片的标记，确保每个样品正确放置，并避免任何交叉污染。如果需要，可以使用多通道移液器进行操作，以提高效率。

第六步：启动DNAMAN分析

在DNAMAN分析仪上启动相应的分析程序。根据仪器的说明书，选择

适当的参数和设置。确保校准仪器，以获得准确的结果。

第七步：数据收集和解读

注意事项：

1.在操作DNAMAN之前，确保您已经熟悉仪器的说明书和操作流程。

遵循所有操作规程，以确保准确性和结果的可靠性。

2.在使用DNAMAN之前，请确保仪器已经进行了校准和维护，并且仪

器状态良好。如有必要，请进行常规性能检查，并在需要时进行任何维护

和修理。

3.在操作中避免交叉污染。使用带有盖子的离心管和一次性移液器尖，避免任何样品之间的接触。

DNAMAN使用说明

序列分析软件DNAMAN的使用方法简介

DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方

法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：

第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具

栏：第三栏为浏览器栏：

在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，(如左所示：)点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。

本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。

1．将待分析序列装入 Channel

（１）通过命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为

channel1）可以通过激活不同的 channel (例如：channel5)来改变序列装入的 Channel。（２）通过

Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入 Channel 。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。

序列分析软件DNAMAN的使用

序列分析软件DNAMAN是一款功能强大的生物信息学工具，主要用于DNA和蛋白质序列的分析和处理。它提供了许多常用的生物计算方法和算法，可以帮助研究人员进行序列比对、物种进化分析、序列重组等研究工作。下面我将为您详细介绍DNAMAN软件的使用方法。

-如果您已经有一个序列文件，可以直接选择"导入序列"，弹出一个

文件选择对话框，选择要导入的序列文件。

2.序列比对

-在菜单栏中选择"工具"，点击"比对分析"选项，即可进入序列比对

界面。

- 在“比对分析”界面，选择要进行比对的序列，可以是单一序列或

者多个序列，然后选择合适的比对算法，例如Smith-Waterman或Needleman-Wunsch。

-点击"比对"按钮，软件将自动对序列进行比对，并输出比对结果。

-您可以通过比对结果窗口中的工具对比结果进行进一步分析和处理。

3.进化分析

-在菜单栏中选择"工具"，点击"进化分析"选项，即可进入进化分析

界面。

-在“进化树构建”界面，选择要进行进化分析的序列，可以是多个

物种的序列。

- 选择合适的进化树构建方法，常用的有最大似然法（Maximum Likelihood）和邻接法（Neighbor-Joining）。

-点击"构建"按钮，软件将自动对序列进行进化分析，并输出进化树

结果。

-您可以通过进化树窗口中的工具对进化树进行可视化和进一步分析。

4.序列重组

-在菜单栏中选择"工具"，点击"序列分割"选项，即可进入序列重组

界面。

-在“序列分割”界面，选择要进行序列重组的参考序列和待重组序列。

序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿

第九页，共52页。
选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：
参数说明如下：
Enzyme
代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，出
现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz，
如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。
其中restrict.enz 数据文件包含180 种限制酶，
Reverse Complement Sequence 显示待分析
序列的反向互补序列
Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列
Complement Sequence 显示待分析序列的互
补序列 Double Stranded Sequence 显示待分析序列的
双链序列 RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列
第八页，共52页。
3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）
Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）
Target DNA （目标DNA 特性） Circular（环型DNA）， dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）
第二十一页，共52页。

序列分析软件DNAMAN 的使用

选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：列对话框：参数说明如下：参数说明如下： Enzyme 代表（），点击旁边的下拉按钮代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz，，如果添加过自制的酶列表，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。件名。其中restrict.enz 数据文件包含数据文件包含180 种限制酶，种限制酶，其中 dnamane.enz 数据文件包含数据文件包含2524 种限制酶。种限制酶。选择其中一个数据文件，选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，），鼠标双击酶名称列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。对应的酶被选中，在右边空白框中列出。
参数说明如下：
Sequence type 序列类型 Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项参加比对的第一序列选择框，说明如下：说明如下：如果要比对的序列在Channel 中，点击下拉箭头，选点击下拉箭头，如果要比对的序列在择相应的Channel，则被选中的Channel 中的序列作择相应的，则被选中的为参加比对的第一序列；为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File 选择框上点击即可。通过Length 选择参加比对的序列片框上点击即可。通过段。 Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明参加比对的第二序列选择框；同上 Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；将显示同源性；

[应用]DNAMAN使用说明

DNAMAN使用说明书

DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN Demo version 为例，简单介绍其使用方法。

翻开DNAMAN，可以看到如下界面：

第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：

第三栏为阅读器栏：

在阅读器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列〔DNA 序列或氨基酸序列〕放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后翻开一个序列文件，那么翻开的序列自动载入被激活的Channel 中。

本文以详细使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。

1．将待分析序列装入Channel

〔１〕通过File Open 命令翻开待分析序列文件，那么翻开的序列自动装入默认Channel。〔初始为channel1〕可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。〔２〕通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单翻开文件或将选定的局部序列装入Channel 。通过

Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令翻开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质〔DNA 或蛋白质〕，名称，要分析的片段等参数。

序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿

Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示， Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
第十四页，共52页。
Plot box 点阵图表显示参数， Position（起点坐标）
Width（宽度值） Height（高度值）
Frame size（边框线粗度值）
第七页，共52页。
3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，
然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框，
参数说明如下： Results 分析结果显示
其中包括： Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点） Draw restriction map（显示限制性酶切图） Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）
侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个 Channel，点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序
列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可
以节约存取序列时间，加快分析速度。
第三页，共52页。
将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成“I”时，单击鼠标左键，出现如下菜单：

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