L2_gaussian_gaussview

高斯视图是一个用于分子动力学模拟和量子化学计算的软件工具。

它基于密度泛函理论（DFT），可以用来计算分子和固体的结构、能量和热力学性质。

本文将介绍如何使用高斯视图进行DFT计算，并提供一个实例来演示其使用方法。

一、高斯视图的安装和设置1. 安装高斯视图软件在冠方全球信息站上下载高斯视图软件的安装程序，并按照安装指南进行安装。

安装完成后，根据软件界面的提示进行注册和激活。

2. 设置计算参数在进行DFT计算之前，需要设置计算所需的参数。

在高斯视图软件中，可以通过输入卡文件来设置计算所需的参数。

输入卡文件是一个包含计算信息和参数的文本文件，可以通过文本编辑器来创建和编辑。

二、DFT计算实例假设我们需要计算甲烷分子的结构和能量，我们可以通过以下步骤来进行DFT计算。

1. 创建输入卡文件我们需要创建一个输入卡文件来告诉高斯视图软件我们要进行的计算类型、所用的泛函和基组等参数。

以下是一个简单的输入卡文件的示例：```chk=check.chkmem=100MB#p B3LYP/6-31G(d) opt freqmethane optimization0 1CH 1 RH 1 R 2 AH 1 R 2 A 3 DR 1.1A 109.5D 120.0```在这个输入卡文件中，我们指定了计算类型为优化和频率分析，所用的泛函为B3LYP，基组为6-31G(d)。

我们还指定了甲烷分子的初始构型和取向。

2. 运行计算创建好输入卡文件后，我们可以将其载入高斯视图软件中，并运行计算。

在计算过程中，高斯视图软件会根据输入卡文件中的参数进行计算，并输出计算结果。

3. 分析计算结果计算完成后，我们可以通过高斯视图软件查看计算结果。

可以查看优化后的分子构型、能量、振动频率等信息，以及分子轨道和电子密度等性质。

通过分析计算结果，我们可以了解甲烷分子的结构和性质。

三、总结通过上述实例，我们可以看到，使用高斯视图进行DFT计算是非常简单和方便的。

gassianview使用技巧GaussView是一款常用的计算化学软件，可以用于分子结构的绘制、气体分子动力学模拟、振动频谱计算等。

下面是几个使用GaussView的技巧：1. 分子结构绘制：GaussView提供了用户友好的界面，可以通过“Build”工具绘制分子结构。

可以选择不同的元素、键类型以及连接方式来构建分子的结构。

在绘制分子时，可以使用鼠标拖动和旋转分子来获得最佳的显示视角。

2. 动画和振动频谱：GaussView可以用于分子的动力学模拟，并可生成动画。

可以通过“Job Control”面板设置分子的初始状态、步长和模拟的时间等参数，然后点击“Run”按钮开始模拟。

模拟完成后，可以通过“Results”面板查看动画和振动频谱。

3. 能量优化：GaussView可以进行能量优化计算，从而确定分子的最稳定构型。

可以通过“Job Control”面板选择能量优化计算类型和优化方法，然后点击“Run”按钮开始计算。

计算完成后，可以在“Results”面板中查看优化后的分子结构和相关能量信息。

4. 离子与溶剂模型：GaussView支持模拟溶剂中的分子，可以选择不同的离子和溶剂模型，并通过“Job Control”面板设置溶剂分子的初始位置和计算参数。

可以将溶剂中的分子视为盒状结构，通过手动添加溶剂分子或者选择预定义的盒状结构。

5. 输入文件生成：GaussView可以自动生成Gaussian计算所需的输入文件（通常为`.com`或`.gjf`格式），可以通过“File”菜单下的“Export Gaussian Input”选项来生成输入文件。

可以通过该选项设置计算所需的方法、基组、计算类型等参数，并指定输入文件的保存路径。

这些是使用GaussView的一些常见技巧，希望能对你有帮助！。

Gaussian View使用手册一、引言Gaussian View是一款用于分子建模和计算化学领域的软件，它提供了一系列强大的功能来帮助用户进行分子结构的建模、分析和计算。

本文将为您介绍如何使用Gaussian View软件进行分子建模和计算的基本操作，包括软件的安装、界面的介绍、分子结构的建立和优化、能量和频率的计算等方面的内容。

二、软件安装与启动1. 下载Gaussian View软件安装包，并按照安装向导逐步进行安装。

2. 安装完成后，双击桌面上的Gaussian View图标，打开软件。

三、界面介绍1. 主窗口：软件的主要操作界面，包括菜单栏、工具栏、分子编辑区、控制台等组件。

2. 分子编辑区：用户可以在此处进行分子结构的建立、编辑和优化操作。

3. 控制台：显示软件运行的状态和输出信息。

四、分子结构的建立与编辑1. 新建分子：点击菜单栏中的“File”-“New”选项，选择分子的基本信息，并在分子编辑区中绘制原子和键。

2. 分子编辑：在分子编辑区中可以通过拖动、旋转、缩放等操作改变分子的结构。

3. 分子优化：点击菜单栏中的“Calculate”-“Optimization”选项，对分子结构进行优化。

五、能量和频率的计算1. 能量计算：点击菜单栏中的“Calculate”-“Single Point Energy”选项，对已优化的分子结构进行能量的计算。

2. 频率计算：点击菜单栏中的“Calculate”-“Frequency”选项，对已优化的分子结构进行振动频率的计算。

六、结果分析与导出1. 结果可视化：在控制台中查看计算过程的输出信息和结果，包括能量、振动频率等数据。

2. 结果导出：将分子结构、能量、振动频率等结果导出为文件，方便后续的分析和报告撰写。

七、常见问题与解决方法1. 软件安装问题：如果在安装过程中遇到问题，可以参考官方的安装文档或联系技术支持。

2. 分子结构优化失败：可能是由于初始结构不合理或参数设置不当，可以尝试调整参数或重新建立分子结构。

GaussView教程【1】——界面介绍Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件，其主要用途有两个：构建高斯的输入文件；以图的形式显示高斯计算的结果。

除了可以自己构建输入文件外，Gview还可读入Chem3D，HyperChem和晶体数据等诸多格式的文件。

从而使其可以于诸多图形软件连用，大大拓宽了使用范围。

开启GaussView会看到一大一小两个窗口，后面灰色背景的窗口为选择窗口，在里面选择要输入的分子或基团；前面紫色的窗口为绘图窗口，使用鼠标绘制想要绘制的图形。

菜单栏▪【File】主要功能是建立，打开，保存和打印当前的文件▪【Edit】完成对分子的剪贴、拷贝、删除、抓图等▪【View】与显示分子相关的都在这个菜单下，如显示氢原子、键、元素符号、坐标等▪【Calculate】直接向Gaussian提交计算▪【Results】接收并显示Gaussian计算后的结果▪【Windows】控制窗体，如关闭、恢复等▪【Help】帮助快速工具栏【左面第一个】选择元素与价键，单击打开会看到一个元素周期表，通过它可以选择需要绘制的元素以及价态。

【左面第二个】环工具，作用与上一个差不多，只是这里提供的都是环状化合物残基；【左面第三个】提供常用的R基团模板，其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁基等【左面第四个】氨基酸残基，使用它可以迅速绘制氨基酸【左面第五个】用户自定义基团，您可以将常用的基团存放到此处这条快速编辑栏中从左到右依次是【键调整】|【键角调整】|【二面角调整】|【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】这里面的所有选项都可以通过在绘图窗口点击右键得到。

3、常用工具栏这两条条工具栏是最常用的，几乎所有软件都有的新建打开等工具GaussView教程【2】——构建分子这里以构建一个间氟苯乙烷分子并从GaussView里递交计算为例来说明。

1、开启Gview2、双击按钮，选择苯基（第一个），会看到主程序框体中出现苯环在工作窗口单击，可以看到工作窗口也出现了一个苯环。

GaussView高级技巧（一）GaussView高级技巧（一）：十个基本高级技巧摘要本文主要介绍了利用GaussView 分子模型的十个高级技巧，其多数技巧是鲜为人知的。

这些技巧的组合能够使GaussView发挥巨大威力，可以快速方便地构造出复杂的分子结构。

最后，以构造乙烷的重叠式构象和二茂铁结构为例进一步说明了这些高级技巧的具体应用。

本文主要介绍利用GaussView构建分子模型的高级技巧，希望对大家有所帮助。

本文所使用的版本是GaussView 3。

1. 三个变形工具上图的三个变形工具可以实现平移和旋转分子的某一部分以及断键成键和选择键型等功能，我们不妨将这些工具依次称为“键长”、“键角”和“二面角”工具。

根据需要必须适当选择某些原子的移动方式，有“平移全组”（“T ranslate group”，默认），“平移原子”（“Translate atom”）和“固定”（“F ixed ”）三种，如下图所示。

2. 添加虚原子定义参考原子或参考旋转轴在很多场合，我们可以利用添加虚原子X来定义参考原子或参考旋转轴，然后利用前述的三个变形工具对分子进行我们想要的操作。

一旦操作完成，我们再删除掉原先添加的虚原子。

我们可以用删除工具直接删除（见下图）：但由于虚原子体积很小，有时会被其他原子覆盖，这时无法用删除工具直接删除。

更通用的删除方法是：点击“原子列表”按钮（也可以选择菜单Edit > Atom List...），见下图。

在弹出的“Atom List Editor”窗口中选中要删除的原子，然后选择菜单Edit > Delete Atoms > Selected。

3. 利用加氢工具获得最佳成键位置利用上图的加氢工具可以对某个原子添加一个氢原子。

但这个氢原子的成键取向有时并非我们想要的。

解决办法是：既然我们第一个加氢的取向不理想，那么我们就再添加一个，就这样连续不断地加氢，直到所加的氢原子的位置符合我们需要位置。

Gaussview软件使用手册GaussView是一个被设计来帮助准备输入进入高斯软件的文档以及以图形的形式来检验高斯软件完成并输出的结果的图形化的用户界面。

GaussView是不在高斯软件的计算模块中，而是以前端/后端的模式来协助高斯软件的运行。

GaussView为高斯用户提供了三种主要的便利。

首先，通过它先进的可视化工具，GaussView使得用户可以很快的做出大分子的结构图甚至是很大的分子，然后旋转，在这些分子的基础上经过简单的搜寻操作来编译和放大。

它同样可以载入例如PDB类型的标准的分子结构文档。

第二，GaussView使得建立多种形式的高斯计算变得容易。

它使得准备为普通工作模式以及如ONIOM，QST2/OST3转变结构优化方法，CASSCF计算方法，周期边缘状态计算方法（PBC）以及其他的许多前沿方法的复杂的载入更加简单。

如果高斯软件被安装在了同一台电脑上的话，用户同样可以使用GaussView来进行工作。

最后，GaussView使得用户可以通过多种的图形技巧来检验高斯计算的结果。

高斯的计算结果中可以用图形来表示的有下列几种：1.经过优化的分子结构；2.分子轨道3.任何估算密度的电子密度表面；4.静电潜在表面；5.原子价；6.与振动频率相符的一般模型；7.IR,Raman,NMR,VCD以及其他的频谱；8.结构优化，IRC反应途径的后续，能级表面的扫描以及ADMP和BOMD轨道的模拟；9.整体能量的小部分以及其他来自于相同工作类型的数据；这本书为所有的GaussView结构提供了一个参考。

该软件的每一个程序的结构都被详细记录。

将项目按照一般目的分类。

在每一个分类中，项目是按照逻辑结构来排列的，开始于最简单的项目，然后是引用最广泛的项目，最后是更加复杂和不经常使用的项目。

为了找出用户感兴趣的特殊信息，可以通过索引来打开有关主题或者是特殊的对话框。

颜色收集以及对话在索引中的主题菜单下（下面直接中英语）显示了出来。

GaussView界面教程1——界面介绍Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件,其主要用途有两个：构建高斯的输入文件；以图的形式显示高斯计算的结果.除了可以自己构建输入文件外,Gview还可读入Chem3D,HyperChem和晶体数据等诸多格式的文件.从而使其可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围.开启GaussView会看到一大一小两个窗口,后面灰色背景的窗口为选择窗口,在里面选择要输入的分子或基团；前面紫色的窗口为绘图窗口,使用鼠标绘制想要绘制的图形.菜单栏File主要功能是建立,打开,保存和打印当前的文件Edit完成对分子的剪贴、拷贝、删除、抓图等View与显示分子相关的都在这个菜单下,如显示氢原子、键、元素符号、坐标等Calculate直接向Gaussian提交计算Results接收并显示Gaussian计算后的结果Windows控制窗体,如关闭、恢复等Help帮助快速工具栏左面第一个选择元素与价键,单击打开会看到一个元素周期表,通过它可以选择需要绘制的元素以及价态.左面第二个环工具,作用与上一个差不多,只是这里提供的都是环状化合物残基；左面第三个提供常用的R基团模板,其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁基等左面第四个氨基酸残基,使用它可以迅速绘制氨基酸左面第五个用户自定义基团,您可以将常用的基团存放到此处这条快速编辑栏中从左到右依次是键调整|键角调整|二面角调整|查询已有结构|增加化学键|删除化学键|翻转原子|单个选择|框选|去除选择|全选这里面的所有选项都可以通过在绘图窗口点击右键得到.3、常用工具栏这两条条工具栏是最常用的,几乎所有软件都有的新建打开等工具GaussView教程2——构建分子这里以构建一个间氟苯乙烷分子并从GaussView里递交计算为例来说明.1、开启Gview2、双击按钮,选择苯基第一个,会看到主程序框体中出现苯环在工作窗口单击,可以看到工作窗口也出现了一个苯环.单击左键,可以将主程序框体中的分子或基团加入到工作窗口；按上下左右键,或者左键单击不放移动鼠标,可以调节分子的角度；滚动鼠标滚轮,可以放大缩小分子；按住shift键,左键单击不放移动鼠标,可以移动分子；当工作窗口内有多个分子时在构建大的分子时,这种情况很容易出现用Shift+Alt+鼠标左键组合,移动想要移动的分子；用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度；双击图标或者左键不放,在元素周期表中选择F元素,回到工作窗口在苯的任意一个H上单击,使之变成F双击图标,从链烃库中选择乙基第一个,然后点击间位上的H即可至此,分子式已经构建完成,Gview存储个人常用分子的功能,双击view上的图标,在下面的对话框中键入相关项目,保存即可.注：我的程序此项功能不行,用户自定义基团查看分子坐标：单击Gview界面的图标,查看分子的坐标.至此,我们保存一下我们构建好的间氟苯乙烷分子,在绘图界面右键单击File——Save然后选择保存路径即可.GaussView教程3——向Gaussian提交计算上一讲我们已经构建好了一个间氟苯乙烷分子,现在打开间氟苯乙烷分子.点击Gview界面上的Calculate——Gaussian Calculate Setup从对话框中我们可以选择许多参数,下面依次选择一下Job Type工作类型：Energy能量|Optimization优化|Frequency频率|Opt+Freq优化＋频率|Scan扫描|Stability稳定性|NMR核磁,这里我们选择NMR核磁Method方法：每种计算模式都提供了若干种方法,这里选择默认值即可Title题目：这项可以根据自己的项目自行命名Link 0给检查点文件命名其它选择默认即可选好后点击Submit提交至Gaussian,并保存.最好存到安装文件所在磁盘系统会询问是否提交至Gaussian,选择OK,Gaussian会自动开启并计算,计算时间因硬件配置而异计算完毕后系统会提示关闭Gaussian,点击是计算完毕后会生成两个文件,.log的是系统日志,便于查看计算结果.这里我们选择.chk文件Ok接下来我们又一次看到了刚才绘制的那个分子,表面上没什么不同,但这次我们可以预言它的许多性质了,在GView的主界面点击Results——Summary可以看到刚才的计算总结,点击View File可以看到日志文件.因为我们刚才选择计算模式是NMR核磁,所以我们点击Results——NMR,随即我们看到了很熟悉的核磁图谱,但似乎很乱,因为这是所有元素的核磁谱图,在左下方Element右方选择H,即H谱,旁边Reference选择TMS HF/6-31Gd,这次我们就可以看到间氟苯乙烷分子理论计算的核磁谱图了.在绘图界面右击View——Labels可以看到每个H原子对应场中的位置.。