Western_blot_实验常见问题指南
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蛋白质电泳与western blot1Western免疫印迹(Western Blot)是将蛋白质转移到膜上,然后利用抗体进行检测。
对已知表达蛋白,可用相应抗体作为一抗进行检测,对新基因的表达产物,可通过融合部分的抗体检测。
该文主要通过以下几个方面来详细地介绍一下Western Blot技术。
(1)原理(2)分类①放射自显影②底物化学发光ECL ③底物荧光ECF ④底物DAB呈色(3)主要试剂(4)主要程序(5)实验常见的问题指南 1. 参考书推荐 2. 针对样品的常见问题 3. 抗体 4. 滤纸、胶和膜的问题 5. Marker 的相关疑问 6. 染色的选择7. 参照的疑问8. 缓冲液配方的常见问题 9. 条件的摸索10. 方法的介绍 11. 结果分析(1)原理:与Southern或Northern杂交方法类似,但Western Blot采用的是聚丙烯酰胺凝胶电泳,被检测物是蛋白质,“探针”是抗体,“显色”用标记的二抗。
经过PAGE分离的蛋白质样品,转移到固相载体(例如硝酸纤维素薄膜)上,固相载体以非共价键形式吸附蛋白质,且能保持电泳分离的多肽类型及其生物学活性不变。
以固相载体上的蛋白质或多肽作为抗原,与对应的抗体起免疫反应,再与酶或同位素标记的第二抗体起反应,经过底物显色或放射自显影以检测电泳分离的特异性目的基因表达的蛋白成分。
该技术也广泛应用于检测蛋白水平的表达。
(2)分类①放射自显影②底物化学发光ECL ③底物荧光ECF ④底物DAB呈色现常用的有底物化学发光ECL和底物DAB呈色,体同水平和实验条件的是用第一种方法,目前发表文章通常是用底物化学发光ECL。
只要买现成的试剂盒就行,操作也比较简单,原理如下(二抗用HRP标记):反应底物为过氧化物+鲁米诺,如遇到HRP,即发光,可使胶片曝光,就可洗出条带。
(3)主要试剂1、(以利于溶解双丙稀酰胺)的去离子水配制含有29%(w/v)丙稀酰胺和1%(w/v)N,N’-亚甲双丙烯酰胺储存液丙稀酰胺29g,N,N-亚甲叉双丙稀酰胺1g,加H2O至100ml。
(完整版)westernblot问题汇总WesternBlot问题解答1.凝胶肿胀或卷曲:注意转膜之前,切割下来的凝胶一定要在转膜缓冲液中浸泡平衡5-10分钟,要含有20%的甲醇。
2.条带歪斜、或漂移因为转膜仪使用时间太长,两块板之间的海绵由于长期使用变得很薄。
当按照阴极-海棉-滤纸-胶-膜-滤纸-海绵依次放好后两块板不能压紧,因而在胶和膜之间可能存在潜在的间隙,电转移时蛋白从胶和膜之间的空隙中流走,形成如图所示的形状。
使用十几张普通的草纸垫在两块海棉之间,条带就可以变得非常的漂亮。
另外,转膜时转膜液一定要浸没凝胶和膜,否则也可能出现上述情况。
3.单个或多个白点:转膜时在膜与胶之间有气泡。
做三明治时一定要逐层压紧,赶尽气泡。
同时转膜液要提前配置好,加好甲醇,保证转膜前夜体内气泡排净。
气泡存在的局部会抵抗蛋白转膜,降低转膜效率。
4、转膜缓冲液过热:缓冲液离子强度太低,或电压及电流过高。
按照上述方式配液,同时转膜过程中注意降温。
我在冰水混合物中转膜,效果很好。
5背景过高!1)封闭不全,我用5%-10%的光明脱脂奶粉,效果还可以,现在做基本上没什么背景。
如果你觉得不够可以加点BSA,1%吧。
2)一抗或者是封闭液与膜蛋白的交叉反应。
这种情况通常可以通过加入TWEEN-20或多次洗膜加以解决。
如果问题不能解决,那么降低一抗浓度,或更换封闭液种类可能解决3)一抗二抗中某些不纯的物质也可以造成背景。
4)抗体浓度太高,或孵育时间太常都可能遇到这种情况。
那么可以适当降低一抗二抗的浓度,或是用提高温度的方式来代替杂交时间的延长;另外,少量多次得洗膜效果要优于多量而长时间得洗膜效果。
5)曝光时间的控制。
通常我们线曝光一分钟试试,条带清晰背景也强,可以缩短曝光时间,或者过一段时间等荧光减弱以后再发光,一般也可以发出比较好的条带。
如果背景强于条带,那么肯定是前面默默个原因的一种,这是可以将膜在TBST中漂洗以下再发光,有时会有比较好的效果(仅限于国外较好的试剂盒,国产的不行,洗一下啥也没了!)这个时候可以洗膜,洗膜后重新发光。
Western Blot中的三大问题想要得到一张条带清晰、没有杂带、背景干净的图片,还是具有一定挑战性的。
常遇到没有条带、背景过高等问题,没关系,请看本文的问题解答。
Question:我的结果是膜上一片空白,为什么呢?A:导致这种结果的因素很多。
胶和膜放反了:如果在转印的过程中,胶和膜的位置颠倒了,那么蛋白就从胶上转移到缓冲液中,而不会到达膜上。
对于标准的转印,凝胶应靠近三明治的负极,而膜对应正极。
转膜效率低:转膜效率受多种因素影响,包括蛋白的大小、凝胶中丙烯酰胺的百分比、电场强度、转印时间和缓冲液的PH值。
一般来说,蛋白越大,转移的越慢。
转移大蛋白最好的方法是用高的电场强度。
而小蛋白长时间处于高电场强度下可能会传出转印膜。
避免这个问题的方法是用0.2μm孔径的PVDF膜进行转印。
如果蛋白的等电点接近缓冲液的pH 值,那么这个蛋白携带的电荷很少,在电场中页几乎不移动。
如果你的目的蛋白是强碱性的,那么你可以用碳酸盐(pH9.9)、CAPS(pH11)及酸性缓冲液。
在转印之后,你可以通过染胶或第二块膜来判断转印效率。
为了帮助你直接监控转印效率,Bio-Rad也提供了多种预染Marker,它们在电泳以及转膜之后可直接观察到。
试剂放置太久或存放条件不正确:抗体会慢慢降解,如果反复冻融的话,它会快速降解。
底物应储存在-20℃。
抗体不纯或滴度太低:一抗的浓度差异很大,应该根据经验来决定一抗的稀释度。
过犹不及,太多的抗体页会阻碍抗原与抗体的结合。
一般的原则是以1:100-1:1000来稀释血清或组织培养上清,以1:1000-1:10000来稀释腹水或超免疫动物的血清。
Bio-Rad的印迹级别的二抗稀释度是1:3000。
酶失活了:叠氮钠是辣根过氧化物酶的抑制剂。
不要再HRP显色的Western blot中使用任何含叠氮钠的试剂。
叠氮钠可以用于碱性磷酸酶结合的抗体中,而无副作用。
另外,只能使用蒸馏的去离子水。
使用Tween-20洗涤:Tween-20(吐温-20)可能会干扰某些抗体-抗体相互作用,或洗去PVDF膜上的目的蛋白。
样品制备:变性条件——SDS LB直接裂解:用常温或者高温预热过(预热更有利于阻止蛋白水解或者磷酸酶去磷酸化,但容易遗忘,LB久煮某些性质会改变)的1*SDS LB(或者略高1.5*)直接加到细胞或者组织上并煮样。
通常6孔板细胞80%以上密度,需200ul,其他按平板面积比类推。
通常条件下,SDS LB都是过量的(因此不一定要严格参考SDS LB稀释比);如果SDS LB不够,样品核酸、蛋白浓度过高时,煮样后会发现tip吸不上来,非常粘、一砣一砣的,很容易堵住tip。
这时候常规做法有两种,1. 再煮5min。
常规煮样时间3-5min,样品过浓时就煮10min;2.如果10min煮样后,仍然吸不起来,才适当增加SDS LB,继续煮;也可以对样品进行超声。
煮样时间若过长,蛋白会凝固,此时以失去继续WB的意义,请丢弃(判断标准:出现明显的蛋白沉淀和水分层)此方法的缺点,SDS LB煮过的样品如果用来做IP,需要特殊方法,因此,这种制备方法制备的样品有使用局限。
非变性裂解法(不讨论诸如核抽提、亚细胞器分离等等了,其实类似)裂解细胞请尽量冰上操作,减缓酶解作用。
俺前boss nature文章上的裂解液配方是:20mM Tris/HCl, pH7.6, 100mM NaCl, 20mM KCl, 1.5mM MgCl2, 0.5% NP-40 and protease inhibitors (20μg/ml leupeptin, 10μg/ml pepstatin A and 10 μg/ml aprotinin)(此裂解液可用于抽提核蛋白),其中蛋白酶抑制剂很复杂也很贵,其实用0.5mM PMSF替代这三种就好了;如果还要做磷酸化蛋白,加1mM Na3VO4(现加现用),10 mM NaF, 1 mM Na3VO4, 50 mM beta-GP。
此方法的优点:NaCl浓度略低于生理状态,保证裂解细胞的方式较为温和,便于随后的IP等试验。
Western Blot详解Western免疫印迹(Western Blot)是将蛋白质转移到膜上,然后利用抗体进行检测。
对已知表达蛋白,可用相应抗体作为一抗进行检测,对新基因的表达产物,可通过融合部分的抗体检测。
该文主要通过以下几个方面来详细地介绍一下W e stern Blot技术。
Conten ts:(1)原理(2)分类i. 放射自显影ii. 底物化学发光ECLiii. 底物荧光EC Fiv. 底物DAB呈色(3)主要试剂(4)主要程序(5)实验常见的问题指南1. 参考书推荐2. 针对样品的常见问题3. 抗体4. 滤纸、胶和膜的问题5. Marker的相关疑问6. 染色的选择7. 参照的疑问8. 缓冲液配方的常见问题9. 条件的摸索10. 方法的介绍11. 结果分析(1)原理与South ern或N o rthe rn杂交方法类似,但Weste rn Blot采用的是聚丙烯酰胺凝胶电泳,被检测物是蛋白质,“探针”是抗体,“显色”用标记的二抗。
经过PAGE分离的蛋白质样品,转移到固相载体(例如硝酸纤维素薄膜)上,固相载体以非共价键形式吸附蛋白质,且能保持电泳分离的多肽类型及其生物学活性不变。
以固相载体上的蛋白质或多肽作为抗原,与对应的抗体起免疫反应,再与酶或同位素标记的第二抗体起反应,经过底物显色或放射自显影以检测电泳分离的特异性目的基因表达的蛋白成分。
该技术也广泛应用于检测蛋白水平的表达。
(2)分类wester n显色的方法主要有以下几种:i. 放射自显影ii. 底物化学发光ECLiii. 底物荧光EC Fiv. 底物DAB呈色现常用的有底物化学发光ECL和底物DAB呈色,体同水平和实验条件的是用第一种方法,目前发表文章通常是用底物化学发光ECL。
Western blot常见问题解决1. 啥也没有原因:比较多,如果单纯一张没有任何显色的X光片,可能是一抗加成其他抗体,或者二抗种属加错了,比如兔的加成鼠的。
解决办法:仔细检查抗体是否加错,确认转膜没有问题。
经验:上面的图片展示的是一点信号都没有,可能一抗,二抗加错,可能是蛋白浓度太低,上样量太少,一抗浓度过低,ECL发光液失效。
另外如果转膜出现了问题,比如膜放反了,自然是一个白片。
2. 高背景原因:封闭不够好,一抗浓度高,洗膜时间和次数不够解决办法:降低一抗浓度,增加洗膜时间和次数。
经验:高背景可能是WB中最常见出现的问题,目的条带单一清晰,但是其他地方又弥漫性较为均一的背景(比较连续的)。
其实只要我们注意操作规范,不偷工减料就很容易避免,洗膜按照规定来8min*5次或者10min*4次,不要改成5min*3次,或者10min*2次。
3. 非特异性条带原因:一抗非特异性与蛋白结合解决办法:更换一抗或降低一抗浓度经验:此种情况绝大多数是因为一抗不好,你无法判断那一条是目的条带。
如果实在没有更好的抗体,建议采用阴性对照和阳性对照来确定上述哪个条带是目的条带。
当然这种情况下也有可能是一抗浓度太高引起的非特异性结合。
4. 条带中出现边缘规则的白圈原因:电转中膜和胶之间存在气泡。
解决办法:转膜前去掉膜和胶之间的气泡经验:我们常常将电转液倒入一个盘子里,倒入的液体不能太多也不能太少,最好的高度是与放上第一层滤纸齐平,然后往滤纸上浇点转膜液,把电泳胶用清水清洗下,将电泳胶平铺到滤纸上,仔细检查滤纸与胶之间是否有气泡,可以左右前后观察,不同方向观察之后确认无气泡,然后再往胶上面浇点电转液,用两只手的拇指和食指轻轻夹住PVDF膜的两侧,使膜成U型,然后将U型的底部接触胶的中间,慢慢往两边放下膜,这样一般气泡很少。
然后上层滤纸同样用U型的放置方法,用玻璃棒稍微贴实下,然后盖上海绵。
注意不要来回赶气泡,这样反而会带入气泡。
1.电泳中常出现的一些现象:●︶条带呈笑脸状原因:凝胶不均匀冷却,中间冷却不好;电泳系统温度偏高。
●︵条带呈皱眉状原因:可能是由于装置不合适,特别可能是凝胶和玻璃挡板底部有气泡,或者两边聚合不完全。
●拖尾原因:样品溶解不好。
●纹理(纵向条纹)原因:样品中含有不溶性颗粒。
●条带偏斜原因:电极不平衡或者加样位置偏斜。
●条带两边扩散原因:加样量过多。
2.Western blot结果中背景较高可能的原因及建议:●膜封闭不够延长封闭的时间;选择更加适合的封闭液。
●一抗稀释度不适宜对抗体进行滴度测试,选择最适宜的抗体稀释度。
●一抗孵育的温度偏高建议4℃结合过夜。
●选择的膜容易产生高背景一般硝酸纤维素膜的背景会比PVDF膜低。
●膜在实验过程中干过实验过程中要注意保持膜的湿润。
●检测时曝光时间过长减少曝光时间。
3.Western blot结果中杂带较多可能的原因及建议:●目的蛋白有多个修饰位点(磷酸化位点、糖基化位点、乙酰化位点等),本身可以呈现多条带。
查阅文献或进行生物信息学分析,获得蛋白序列的修饰位点信息,通过去修饰确定蛋白实际大小。
●目的蛋白有其它剪切本查阅文献或生物信息学分析可能性。
●样本处理过程中目的蛋白发生降解加入蛋白酶抑制剂;样本处理时在冰上操作。
●上样量过高,太敏感适当减少上样量。
●一抗特异性不高重新选择或制备高特异性的抗体。
●一抗不纯纯化抗体●一抗或者二抗浓度偏高降低抗体浓度。
4.Western blot结果中无信号或显示信号弱可能的原因及建议:●检测样本不表达目的蛋白选择表达量高的细胞作为阳性对照,用于确定检测样本是否为阴性。
●检测样本低表达目的蛋白提高上样量,裂解液中注意加入蛋白酶抑制剂。
●转移不完全或过转移可以用丽春红染膜并结合染胶(考马斯亮蓝)后确定条带是否转至膜上或转移过头;适当调整转膜的时间和电流。
●抗体不能识别测试种属的相关蛋白购买抗体前应当认真阅读抗体说明书,确定其是否能够交叉识别测试种属的对应蛋白。
Western Blot常见问题及处理Western印迹要想做的好,每个步骤都不能马虎,细节决定成败!做的过程中自己要多总结,用心去体会,失败不可怕,可怕的是不去总结经验和教训,成功都是从不断的失败中得来的。
注意事项:未聚合的丙烯酰胺具有神经毒性,操作时应该戴手套防护.梳子插入浓缩胶时,应确保没有气泡,可将梳子稍微倾斜插入以减少气泡的产生,梳子拔出来时应该小心,不要破坏加样孔,如有加样孔上的凝胶歪斜可用针头插入加样孔中纠正但要避免针头刺入胶内.加水液封时用100ul的枪,缓慢均匀的加,以免产生胶不均匀.电泳槽内加入电泳缓冲液冲洗清除黏附在凝胶底部的气泡和未聚合的丙烯酰胺,同时建议低电压短时间的预电泳,清除凝胶内的杂质,疏通凝胶孔径以保证电泳过程中电泳的畅通(恒压10-20V,20-30min) .加样前样品应先离心,尤其是长时间放置的样品,以减少蛋白质带的拖尾现象为避免边缘效应,可在未加样的孔中加入等量的样品缓冲液样品缓冲液中煮沸的样品可在-20℃存放数月,但是反复冻融会使蛋白质降解为减少蛋白质条带的扩散,上样后应尽快进行电泳,电泳结束后也应直接或者转印.上样时,小心不要使样品溢出而污染相临加样孔取出凝胶后应注意分清上下,可用刀片切去凝胶的一角作为标记(如左上角)转膜时也应用同样的方法对pvdf膜做上标记(如左上角)以分清正反面和上下关系.否则一旦弄错先后顺序会很麻烦的。
转膜前1-2个小时-20°预冷转膜液,特别是新鲜配的转膜液。
预冷后转膜效果较好。
转膜液可以重复利用,每次用的时候再加点甲醇就可以了。
转膜时,一定要将三明治各层之间的气泡赶干净,否则转膜时产热量会很大,很影响转膜效率。
离心管装满水放-20°冻好,放在转膜液中降温。
转膜完,可以通过预染marker看看转膜的情况。
有没有转过了穿到膜后的滤纸上,或者还有部分残留在胶上。
以便下次调整转膜时间和电压。
二抗浓度不宜太高否则会导致背景过高.常见问题:1.电泳中常出现的一些现象:●︶条带呈笑脸状原因:凝胶不均匀冷却,中间冷却不好; 电泳系统温度偏高。
Western Blot(蛋白质印迹)技术是生物医学研究中常用的蛋白质分析技术之一,可以用于检测蛋白质样品中的特定抗原。
然而,在进行Western Blot实验时,可能会遇到一些问题,下面列举了一些常见问题及解决方法:1.电泳条带不清晰或无条带:解决方法:•检查样品质量,确保待检测样品是可用的,无降解或污染。
•调整电泳参数,如电压、电流和时间等,以优化电泳效果。
•更换抗体,确认抗体的特异性,避免非特异性结合。
2.膜上背景过重:解决方法:•在抗体孵育之前,使用封闭剂封闭膜上的非特异性位点,减少抗体非特异性结合。
•减少一抗和二抗的浓度,减轻非特异性结合。
•增加洗涤次数和时间,以清除未结合的抗体和蛋白质。
3.目的蛋白信号弱或无:解决方法:•调整一抗和二抗的浓度,提高特异性结合的信号强度。
•选择更灵敏的显色方法,如化学发光法等。
•在转膜前,优化样品处理,如提取、纯化和浓缩等步骤。
4.非特异性条带:解决方法:•检查抗体特异性,确认抗体的特异性,更换抗体以减少非特异性结合。
•检查样品处理步骤,避免样品中的杂蛋白干扰。
•增加洗涤次数和时间,以清除未结合的抗体和非特异性结合的蛋白质。
5.显影后膜上条带处变为黄色或白色:解决方法:•可能是由于曝光时间过长或显影液浓度过高导致的,可以降低曝光时间和减少显影液浓度来解决问题。
•在膜清洗时使用甲醇或乙醇等有机溶剂,清除膜上的多余抗体和显色剂。
6.条带内无显影的白点:解决方法:•在转膜前检查是否存在气泡,气泡会影响转膜效果和条带形成。
•增加转膜时间和电流,以促进蛋白质的转移。
•检查显影液是否过期或存在质量问题。
7.存在散在小圆斑:解决方法:•这可能是由于封闭液中的杂质颗粒导致的,可以通过过滤封闭液来清除杂质。
•检查一抗和二抗是否含有杂质抗体或存在抗体污染的情况,更换抗体可以解决问题。
•检查显色液是否存在问题,如过期或存在杂质等,更换显色液可以解决问题。
8.条带变形或不均匀:解决方法:•检查电泳胶的质量和制备过程是否存在问题。
western blot检测蛋白质的表达实验的结论和注意事项西方博(Western blot) 是一种常用的蛋白质检测技术,通过将蛋白质样品经过电泳分离并转移到膜上,再使用特异性抗体检测蛋白质的表达水平。
以下是西方博检测蛋白质表达实验的结论和注意事项。
结论:1. 蛋白质的分子量:西方博通过与已知分子量的标准品比较,可以确定待测蛋白质的精确分子量。
根据蛋白质在凝胶上的迁移距离,可以使用特定的分子量标准品绘制标准曲线,并在曲线上确定待测蛋白质的分子量。
2. 蛋白质的表达水平:西方博使用特异性抗体来检测特定蛋白质的表达水平。
利用特异性抗体与目标蛋白质的特定区域结合,然后使用辅助抗体标记抗体,并通过光学或化学方法检测抗体标记物的表达水平。
比较待测蛋白质与内参蛋白质的表达水平可以确定其相对表达量。
注意事项:1. 样品的提取和准备:蛋白质的准备和提取是西方博实验的首要步骤。
样品应该被充分破碎,并使用适当的提取缓冲液来维持蛋白质的稳定性。
注意,使用不同类型的组织或细胞时,提取条件和方法可能有所不同。
2. 蛋白质的电泳分离:西方博通常使用SDS-PAGE (聚丙烯酰胺凝胶电泳) 来进行蛋白质的分离。
凝胶的浓度和隔离电泳条件应选择适当,以分离不同分子量的蛋白质。
3. 转膜:将电泳分离的蛋白质转移到膜上是西方博的关键步骤之一。
选用合适的膜(如聚偏氟乙烯或硝酸纤维素膜),并选择适当的电泳缓冲液进行转膜。
确保蛋白质能够均匀地转移到膜上。
4. 抗体的选择和试验条件:特异性抗体的选择和充分优化是确保实验准确性的关键因素。
保证抗体的特异性和亲和性,并验证抗体的工作浓度。
此外,充分优化抗体和探针的试验条件,包括反应温度、时间和抗体浓度等。
5. 成像和分析:西方博实验完成后,使用适当的成像方法(如化学发光或荧光成像)检测抗体标记物的表达水平。
使用适当的成像系统记录图像,确保信号处于线性范围内。
使用图像分析软件进行定量分析,比较待测蛋白质与内参蛋白质的表达水平。
Western blot发光检测中常见的问题及解决方法免疫印迹试验(Western blot)是分子生物学、生物化学和免疫遗传学中常用的一种实验方法,被广泛应用于蛋白表达水平的研究、抗体活性检测和早期疾病诊断等多个方面。
其中较为简单也为大家所普遍接受的Western blot显色方法为底物化学发光法ECL,文章根据发光检测中常见的几种问题现象与各位生物人一起探讨。
众所周知,Western blot的原理是蛋白质在电力场的作用下,由大到小的进行排列,利用电泳进行分离和富集。
拥有抗原表位的蛋白质分子被抗体(一抗)特异性识别并与之结合。
在此基础上,酶或荧光标记的二抗识别并结合一抗,通过与底物反应显色来观察目的蛋白。
Western blot显色的方法主要有以下几种:一、放射自显影,二、底物化学发光ECL,三、底物荧光ECF,四、底物DAB呈色。
现常用的有底物化学发光ECL和底物DAB呈色。
大部分Western blot显色底物是化学发光底物,发表文章通常也是用底物化学发光ECL。
ECL法检测辣根过氧化物酶的原理是辣根过氧化物酶在H2O2存在下,氧化化学发光物质鲁米诺(lumino,氨基苯二酰一肼)并发光,在化学增强剂存在下光强度可以增大1000倍,通过将印记放在照相底片上感光就可以检测辣根过氧化物酶的存在。
ECL法操作简便,应用现成的试剂盒,按照说明,将两种显色底物等体积混合后将其覆盖在膜表面使其均匀,用玻璃胶片把膜包起来,马上在暗室中将X光片覆盖在膜的上面,显影、定影(或用荧光检测仪检测)。
ECL 法具有灵敏度高,线性范围广等特点。
图1 ECL检测原理图Western blot发光检测受多种因素影响,主要包括:抗原含量,抗体敏感度,底物敏感度,显影和定影效率,等。
现根据检测中几种常见的现象问题进行分析:1.目的蛋白信号弱或无。
在Western blot发光检测中常见的问题之一就是目的蛋白信号弱或无。
首先考虑是否转膜不充分/过转,如果是,则要优化转膜条件;其次,在转膜合适的前提下考虑是否抗体-抗原敏感性过低,也可能是底物HRP或底物活性降低,可以通过加大上样量/提高抗体浓度/使用敏感底物/延长压片时间解决。
免疫细胞研究western blotWestern Blot常见问题及处理总结阿木1、western blot 的优点答:灵敏,可达ng级,用Ecl显色法理论上可达pg 级。
方便,特异性高。
2、为什么我的细胞提取液中没有目标蛋白?答:原因有很多: a) 你的细胞中不表达这种蛋白质,换一种细胞;b) 你的细胞中的蛋白质被降解掉了,你必需加入PMSF,抑制蛋白酶活性;c) 你的抗体不能识别目标蛋白,多看看说明,看是否有问题。
3、我的细胞提取液有的有沉淀,有的很清亮,为什么呢?答:a) 有沉淀可能因为你的蛋白没有变性完全,可以适当提高SDS 浓度,同时将样品煮沸时间延长,b) 也不排除你的抗原浓度过高,这时再加入适量上样缓冲液即可。
4、我做的蛋白质分子量很小(10KD),请问怎么做WB?答:可以选择0.2μml的膜,同时缩短转移时间。
也可以将两张膜叠在一起,再转移。
其他按步骤即可。
5、我的目的带很弱,怎么加强?答:可以加大抗原上样量。
这是最主要的。
同时也可以将一抗稀释比例降低。
6、胶片背景很脏,有什么解决方法?答:减少抗原上样量,降低一抗浓度,改变一抗孵育时间,提高牛奶浓度。
7、目标带是空白,周围有背景,是为什么?答:你的一抗浓度较高,二抗上HRP 催化活力太强,同时你的显色底物处于一个临界点,反应时间不长,将周围底物催化完,形成了空白即“反亮现象”。
将一抗和二抗浓度降低,或更换新底物。
8、我的胶片是一片空白,是怎么回事?答:如果能够排除下面的几个问题那么问题多半出现在一抗和抗原制备上。
a) 二抗的HRP 活性太强,将底物消耗光;b) ECM底物中H2O2,不稳定,失活;c) ECL底物没覆盖到相应位置;d) 二抗失活。
9、我在显影液中显影1分钟和5分钟后,底片漆黑一片,是什么原因呢?答:a) 可能是红灯造成的, 胶片本来就被曝光了,可以在完全黑暗的情况下操作.看是否有改善.;b) 显影时间过长。
10、DAB好还是ECM好?答:DAB 有毒,但是比较灵敏,是HRP 最敏感的底物;ECM结果容易控制,但被催化时灵敏度差一点,但如果达到阀值,就特别灵敏,可以检测pg 级抗原。
W estern Blot实验中为什么检测无信号?(白板)大概总结为一下几类原因:(1)样品中目的蛋白丰度很低,低于实验的检测下限(2)一抗不识别检测物种的蛋白,同时若有阳性参照的话提供阳性对照蛋白,若阳性对照正常则说明抗体及实验参照没有问题,可能是样本中目的蛋白含量比较低。
(3)蛋白降解(4)待测样品的确为阴性;(5)一抗失效;(6)抗原量不足,每泳道蛋白上样量不低于0.1ugWestern Blot实验中为什么检测的结果分子量大小与实际不符?(1)蛋白存在翻译后修饰—比如蛋白的磷酸化,糖基化等,这些都会增加蛋白的分子量大小。
(2)蛋白存在翻译后剪切—比如很多蛋白首先被合成为前体形式,然后通过剪切获得生物学活性(3)剪接变异体—相同的基因,经过选择性剪接会产生不同分子量大小的蛋白。
(4)相对电荷—氨基酸的组成(带电或不带电)(5)蛋白形成多聚体—比如蛋白二聚体。
为什么wb的结果与QPCR结果趋势不一样?(1)WB反映的是蛋白水平的结果,qpcr反映的是基因水平的结果。
理论上蛋白水平与基因水平是一致的,但是mRNA的高低不代表其表达蛋白的高低。
也有一些基因可能在组织样品中没有正常翻译(或发生泛素化修饰,修饰水平不一致),这样即使qpcr检测结果有表达,但是若蛋白没有正常翻译的话,WB则检测不到目的条带。
为什么检测结果有很多杂带?(1)可能是样品本身体内表达的蛋白具有多种修饰形式如糖基化、磷酸化、乙酰化等;(2)蛋白降解,导致蛋白分子量降低;(3)蛋白形成多聚体形式;为什么WB检测的背景比较高?(1)可能抗体浓度浓度较高,(2)抗原量较大。
(3)一张膜中有的目的条带较弱,为了能让较弱条带显示出来,曝光时间较长转膜后蛋白少或者没有可能原因(1)转膜板放置出问题(2)凝胶与膜接触不好(3)目的蛋白被其他高丰度蛋白掩盖,如白蛋白, IgG等Western Blot实验中为什么选择内参?内参即是内部参照(Internal Control),对于哺乳动物细胞表达来说一般是指由管家基因编码表达的蛋白(Housekeeping Proteins),它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测蛋白的表达水平变化时常用它来做参照物。
Western blot 实验常见的问题指南根据问题的类型主要分成以下几类(以下资料权作参考,请勿盲目模仿!):1. 参考书推荐A. 对初学者看什么资料比较好?解答:《抗体技术实验指南》和Antibodies(a laboratory manual, wrote by Ed Harlow ,david lane)两本书不错。
2. 针对样品的常见问题B. 做线粒体膜UCP2蛋白的Western Blot (以下简写成Western Blot),提取线粒体后冻存(未加蛋白酶抑制剂),用的博士德的一抗,开始还有点痕迹,现在越来越差,上样量已加到120μg,换了个santa cruz的一抗仍不行。
是什么原因?蛋白酶抑制剂单加PMSF行吗?解答:怀疑是样品问题,可能是:1,样品不能反复冻融;2,样品未加蛋白酶抑制剂。
同时,建议检查Western Blot过程,提高一抗浓度。
对于加蛋白酶抑制剂来说,一般加PMSF就可以了,最好能多加几中种蛋白酶抑制剂。
C. 细胞水平要做Western Blot,多少细胞提的蛋白够Western Blot?解答:一般地5* 106就足够了。
D. 同一样品能同时提RNA又提蛋白吗,这样对Western Blot有无影响?解答:能,没有问题,我们做过。
E. 同一蛋白样品能同时进行两种因子的Western Blot检测吗?解答:当然可以,有的甚至可以同时测几十种样品。
F. 如果目标蛋白是膜蛋白或是胞浆蛋白,操作需要注意什么?解答:如果是膜蛋白和胞浆蛋白,所用的去垢剂就要温和得多,这时最好加上NaF去抑制磷酸化酶的活性。
G. 我的样品的蛋白含量很低,每微升不到1微克,但是在转膜时经常会发现只有一部分蛋白转到了膜上,就是在转膜后染胶发现有的孔所有的蛋白条带都在,只是颜色变淡了,有什么办法可以解决?解答:你可以加大上样量,没有问题,还有转移时你可以用减少电流延长时间,多加5-10%甲醇。
H. 想分离的蛋白是分子量260kd的,SDS-PAGE电泳的分离胶浓度多大合适?积层胶的浓度又该用多少?这么大分子量的蛋白容易作Western Blot吗?解答:260kd的蛋白不好做,分离胶用6%, Stacking Gel 3.5%。
I. 如果上样量超载,要用什么方法来增加上样量?如果需要加大上样量使原来弱的条带能看清楚。
解答:可以浓缩样品,也可以根据你的目标分子量透析掉一部分小分子蛋白。
一般地,超载30%是不会有问题的。
如果已经超了不少了,而且小分子量的也要,可以考虑加大胶的厚度,可以试试1.5mm的 comb。
J. 蛋白变性后可以存放多久?解答:-80℃,一两年没有问题。
最关键两条:不要被蛋白酶水解掉;不要被细菌消化掉(也是被酶水解了)。
K. 我所测定的蛋白分子量是105KD,按理说分离胶应当采用7.5%,但我所查资料却要求分离胶和浓缩胶均采用11%的配方,不知为何?解答:上述您提到的两种凝胶均可以使用,因为105KD的蛋白在上述两种胶的线性分辨范围内,但需注意条带位置。
L. 接下来我准备采用DAB显色技术,二抗是生物素化的多克隆抗体,三抗是亲和素生物素体系,不知采用这样的方案后,封闭液是否要作调整,能否再用5%的脱脂奶粉呢?好像有资料说脱脂奶粉会影响亲和素生物素的生成,是吗?解答:不能使用脱脂奶粉,因为脱脂奶粉中含生物素,用BSA代替应该好一点.M. 还有一问题,一般一次上样的蛋白总量是多少,跟目的蛋白的表达量有关系吗?解答:Western Blot一般上样30-100微克不等,结果跟目的蛋白的丰度、上样量、一二抗的量和抚育时间都有关系,也与显色时间长短有关。
开始摸条件时,为了拿到阳性结果,各个步骤都可以量多一点时间长一点,当然背景也就出来了。
要拿到好的结果,如果抗体好的话比较容易,抗体不好的话就需要反复地试了,当然有的不适合Western Blot的怎样做也不行。
所以拿到好的结果不容易。
N. 做组织样品的western的时候,处理样品有什么诀窍吗?还有,您用过大牛血清做封闭剂吗?浓度如何?效果是不是比BSA好一点?解答:必须进行研磨、匀浆、超声处理,蛋白质溶解度会更好,离心要充分,膜蛋白需用更剧烈的方法抽提,低丰度膜蛋白可能还要分步抽提(超速离心)。
还有一点就是组织中的蛋白酶活性更强,需要注意抑制蛋白酶的活性(加入PMSF和蛋白酶抑制剂cocktail),封闭剂一般5%脱脂奶粉较常用。
如果一抗为多克隆抗体,使用BSA也是不错的选择。
O. 您是否可以介绍一下大分子量蛋白200KD,在做western要注意什么呢?解答:做200kd蛋白的Western Blot时要注意,分离胶最好选择>7%的;剥胶时要小心;转移时间需要相应延长;要做分子量参照(否则出现杂带不知道如何分析)。
P. 有什么方法可以提高上样量?解答:可以浓缩样品;增大上样体积来增大上样量。
Q. 我要检测的目的蛋白是分子量大概为42kd的膜蛋白,膜蛋白提取可不可以不用到超速离心机,有没有直接用低温高速离心机就可以的提到膜蛋白的方法,42kd的蛋白分子量算不算大?解答:如是需要提取膜蛋白,(而不是只需要提取膜蛋白),可以用Ripa buffer提取膜蛋白和胞浆蛋白,用这个做Western Blot就可以了。
如果是非要只提取膜蛋白就要用到超速离心机。
42kd 不算大,也不算小,所以,可以按照一般的转移方法实施。
R. 蛋白的上样量有没有什么具体的要求?解答:上样量要根据实验的要求来定,如果要求是定量和半定量的Western Blot 则上样量要均等,如果只是要定性,则没有太大的关系,尽量多上就行了,但是不要超过0.3μg/mm2。
S. 一抗,二抗的比例是否重要?解答:比较重要,调整好一抗,二抗的比例,可以去掉部分非特异的本底。
3. 抗体T. 做细胞信号传导,要做磷酸化某因子Western Blot,其二抗有何要求?解答:对二抗无要求,要看你实验条件来选择,一般推荐用HRP标记的二抗。
U. 同一公司的另外抗体用这个稀释度做出来效果很好,所以没做预试,怕费时间,用什么样的稀释度比较好呢?我用的ELL+plus试剂盒显色。
转膜过夜,一抗孵育也是过夜的,若封闭也过夜的话就要四天才看的到结果了。
解答:不同抗体,即使是同一公司的抗体,其最佳的抗体稀释度也是不一样的,需要你实验摸索。
我觉得转膜过夜好像没有必要吧,转膜的目的也就是将蛋白转到膜上就行啦,何必浪费时间呢。
至于具体的转膜时间,还要看你的目的蛋白分子量的大小;转膜的设备,是半干式,还是湿式。
一抗当然可以过夜,如果你想所短Western Blot时间的话,可以增高一抗的孵育温度,我们实验室一般37度,两小时就足够了;你可以参照抗体说明书。
至于一抗和二抗得稀释度,你可以一抗1:1500;二抗1:20000试试。
另外建议你洗膜时,多洗几次,最好是在封闭;一抗和二抗后至少是5x5min,跑一张好膜不容易,多尽点心吧,这样不会浪费你的时间,只会节省你的时间!V. 免疫组化和Western Blot可以用同一种抗体吗?解答:免疫组化时抗体识别的是未经变性处理的抗原决定簇(又称表位),有些表位是线性的,而有的属于构象型;线性表位不受蛋白变性的影响,天然蛋白和煮后的蛋白都含有;构象型表位由于受蛋白空间结构限制,煮后变性会消失。
如果你所用的抗体识别的是蛋白上连续的几个氨基酸,也就是线性表位,那么这种抗体可同时用于免疫组化和Western,而如果抗体识别构象形表位,则只能用于免疫组化。
一般抗体说明书上都有注明此种抗体识别的氨基酸区间。
(限于单抗)W. Western Blot 中抗体的重复应用问题解答:抗体工作溶液一般不主张储存反复使用,但是如抗体比较珍贵,可反复使用2-3次。
稀释后应在2-3天内使用,4度保存,避免反复冻融。
4. 滤纸、胶和膜的问题X. NC膜\ PVDF膜\ 尼龙膜怎样鉴别?解答:尼龙膜是较理想的核酸固相支持物,有多种类型;硝酸纤维素膜是目前应用最广的一种固相支持物,价格最便宜;PVDF 膜介于二者之间。
就结合能力而言:尼龙膜结合DNA和RNA能力可达480-600μg/cm2,可结合短至10bp的核酸片段;硝酸纤维素膜结合DNA 和RNA能力可达80-100μg/cm2,对于200bp的核酸片段结合能力不强;PVDF膜结合DNA和RNA能力可达125-300μg/cm2。
就温度适应性而言:尼龙膜经烘烤或紫外线照射后,核酸中的部分嘧啶碱基可与膜上的正电荷结合;硝酸纤维素膜依靠疏水性相互作用结合DNA,结合不牢固;PVDF膜结合牢固,耐高温,特别适合于蛋白印迹。
就韧性而言:尼龙膜较强;硝酸纤维素膜较脆,易破碎;PVDF膜较强。
就重复性而言:尼龙膜可反复用于分子杂交,杂交后,探针分子可经碱变性被洗脱下来;硝酸纤维素膜不能重复使用;PVDF 膜可以重复使用。
Y. 在做Western Blot时,PBDF膜用甲醇浸泡的目的?解答:PVDF膜用甲醇泡的目的是为了活化PVDF膜上面的正电基团,使它更容易跟带负电的蛋白质结合,做小分子的蛋白转移时多加甲醇也是这个目的。
Z. 检测磷酸化的JNK 和非磷酸化的JNK可以在同一张膜上吗?解答:可以。
AA. 转膜后经丽春红染色的条带,为什么大蛋白分子的一端(即点样空的一侧)的转膜好象不是很好,为什么?解答:这是正常的,大分子的蛋白转移的慢,你延长转移时间和电流,大分子一端就会好的多,但是小分子的就有可能会变淡。
BB. 我想问您裂解细胞用三去污裂解法,还是用上样缓冲液?解答:用上样缓冲液,这样有几个好处,可以提取总蛋白,同时又可以让磷酸化酶失活。
CC. 采用tank system有什么讲究?解答:建议低电压,长时间,(一般tank System 用衡压好点),如 28V 14-16hrs。
DD. 做HSP WESTEN定量,同样的抗体免疫组化能做出,而WESTEN却不能?解答:这多半是抗体的问题,要看抗体的说明,是否能做Western Blot和IHC。
EE. 膜一般要如何处理?解答:一般用甲醇泡泡就可以了。
FF. 如果是6×8转印膜,要加多少一抗?解答:一抗的稀释度是有说明的,根据你的一抗看看就知道了,但是那么大的膜孵育体积一般最少为3-5ml。
GG. 上下槽缓冲液有何要求,怎样才能达到最佳效果。
解答:无要求。
HH. 跑电泳的时候配的胶总是“缩”是什么原因呢?是有的成分不对吗?解答:没什么问题,就是你胶里的水分被蒸发了。
过夜时拿保鲜膜包起来,在里面加点水保持湿度就可以了。
如果过夜,胶里的水分被蒸发,采用保鲜膜包上也可以;也可能母液(30%聚丙酰胺)有问题,你可以重新配制一份观察;能够替换的试剂,尽量换一下,选用好的试剂,避免找问题麻烦。