微生物分类和鉴定
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第十章微生物的分类与鉴定
●命名：按照国际命名法规，给每个新的分类群一个 新的学名。
第十章微生物的分类与鉴定
§.1 通用分类单元 （一）种的概念
●种：微生物的基本分类单位，具有许多共同特征 的菌株的集合。
●典型菌株（type strain） : 最具种特征的代表菌株。(Kribbella amoyensis
sp. nov. type strain is XMU 198T )
《 The fungi 》, Ainsworth, 1973 《Ainsworth and Bisby’s Dictionary of the Fungi》
----7版，1983年，Hawksworth ----8版，1995年， Hawksworth
第十章微生物的分类与鉴定
书355
第十章微生物的分类与鉴定
Acetobacter pasteurianus subsp. pasteurianus
(三名法)
●学名(科学名):拉丁文,斜体 ●属名第一字母大写 ● 性、数、格一致
第十章微生物的分类与鉴定
●名字的应用：
Bacillus subtilis CMCC 63501 Bacillus subtilis Cohn 1874 Bacillus sp. Bacillus spp. ●缩写：B . Subtilis
第十章微生物的分类与鉴定
1995, Haemophilus influenzae 和Mycoplasma genetalium 最 早被测序
第十章微生物的分类与鉴定
●细菌新种发表的要求 1）在IJSB（IJSEM)等国际刊物上发表 2）国内发表应送副本给IJSB编辑，以获
有效目录公布 3）提供模式种 4）符合命名法规要求 5）符合优先律
第十章微生物的分类与鉴定
§.1 通用分类单元 （一）种的概念
●种：微生物的基本分类单位，具有许多共同特征 的菌株的集合。
●典型菌株（type strain） : 最具种特征的代表菌株。(Kribbella amoyensis
sp. nov. type strain is XMU 198T )
《 The fungi 》, Ainsworth, 1973 《Ainsworth and Bisby’s Dictionary of the Fungi》
----7版，1983年，Hawksworth ----8版，1995年， Hawksworth
第十章微生物的分类与鉴定
书355
第十章微生物的分类与鉴定
Acetobacter pasteurianus subsp. pasteurianus
(三名法)
●学名(科学名):拉丁文,斜体 ●属名第一字母大写 ● 性、数、格一致
第十章微生物的分类与鉴定
●名字的应用：
Bacillus subtilis CMCC 63501 Bacillus subtilis Cohn 1874 Bacillus sp. Bacillus spp. ●缩写：B . Subtilis
第十章微生物的分类与鉴定
1995, Haemophilus influenzae 和Mycoplasma genetalium 最 早被测序
第十章微生物的分类与鉴定
●细菌新种发表的要求 1）在IJSB（IJSEM)等国际刊物上发表 2）国内发表应送副本给IJSB编辑，以获
有效目录公布 3）提供模式种 4）符合命名法规要求 5）符合优先律
章十 微生物的分类和鉴定
1. 2. 3. 4. rRNA普遍存在,易于提取; rRNA重要恒定的生理功能; 在细胞中含量大，易于提取； 编码rRNA的基因在细胞中不像质粒DNA那样会转移，而是十 分稳定的 ； 5. rRNA的非常保守性--进化尺度; 6. 16S/18S rRNA 核苷酸数量适中, 信息量大,易于分析。在原 核生物核糖体所含的三种rRNA（23S，16S和5S，见图11-11） 中，其核苷酸数分别约为2900、1540和120个，其中的 16SrRNA不但核苷酸数适中，而且信息量较大且易于分析， 故是理想的研究材料。
亚种以下的分类单元
亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指其某 一民而稳定的特征与模式中不同的种常在种名、署名 的加词后写上subsp.然后再写具体亚种的加词； 变种（ variety）：容易引起混乱； 型 form：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株，现已 作废； 类群（group）：没有分类地位非正式地指定一组具有 某些共同性状的生物； 菌株（strain）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁 殖而成的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生 物达到遗传性纯的标志。 小种（race）：涵义较乱，在不同分支学科中由不同 涵义； 相（phase）：自然界存在的微生物交互变异的一定阶 段； 态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。
《伯杰氏系统细菌学手册》
1st ed, 1984-1989, 分为4卷；是在《伯杰氏鉴定细菌 手册》 8th ed 的基础之上增加了大量的分子生物学资料。 但由于当时细菌系统发育的资料仍较零碎，所以有相当一 部分类群未能科目级别分类，从实际需要出发，主要根据 表型特征将整个原核生物分为33组，33个组的划分见表。 国际上最为流行的版本。微生物分类技术和学术理论的发 展促进了生物科学的进步。 2ed ed, 2000开始出版，分为5卷，提出完整的系统分类， 将原核生物分为：古细菌界（2门、5组、8纲、11目、17科、 63属、208种）；细菌界：（16门、26组、27纲、62目、 163科、814属、4727种）；反映了人们对生物系统发育的 深刻认识。
亚种以下的分类单元
亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指其某 一民而稳定的特征与模式中不同的种常在种名、署名 的加词后写上subsp.然后再写具体亚种的加词； 变种（ variety）：容易引起混乱； 型 form：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株，现已 作废； 类群（group）：没有分类地位非正式地指定一组具有 某些共同性状的生物； 菌株（strain）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁 殖而成的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生 物达到遗传性纯的标志。 小种（race）：涵义较乱，在不同分支学科中由不同 涵义； 相（phase）：自然界存在的微生物交互变异的一定阶 段； 态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。
《伯杰氏系统细菌学手册》
1st ed, 1984-1989, 分为4卷；是在《伯杰氏鉴定细菌 手册》 8th ed 的基础之上增加了大量的分子生物学资料。 但由于当时细菌系统发育的资料仍较零碎，所以有相当一 部分类群未能科目级别分类，从实际需要出发，主要根据 表型特征将整个原核生物分为33组，33个组的划分见表。 国际上最为流行的版本。微生物分类技术和学术理论的发 展促进了生物科学的进步。 2ed ed, 2000开始出版，分为5卷，提出完整的系统分类， 将原核生物分为：古细菌界（2门、5组、8纲、11目、17科、 63属、208种）；细菌界：（16门、26组、27纲、62目、 163科、814属、4727种）；反映了人们对生物系统发育的 深刻认识。
微生物的分类和鉴定方法
定义：单细胞或多细胞， 无细胞壁，有细胞核和细
胞器
特点：形态多样，结构简 单，繁殖迅速
分类：纤毛虫、鞭毛虫、 孢子虫、肉足虫等
应用：环境监测、污水处 理、生物制药等领域
显微镜观察：观察微生物的形状、 大小、颜色等特征
培养特性：观察微生物在不同培 养基上的生长情况
生理生化反应：检测微生物的酶 活性、代谢产物等生理生化特性
况
蛋白质组学：通 过分析微生物的 蛋白质组成和功 能来鉴定其种类
和特性
添加标题
添加标题
添加标题
添加标题
汇报人：XX
补体结合试验等
优点：快速、简 便、灵敏度高
Hale Waihona Puke 局限性：需要已 知的抗原或抗体，
且可能受到其他 因素的影响
添加标题
添加标题
添加标题
添加标题
DNA序列分析： 通过比较DNA序 列来确定微生物 的种类和亲缘关
系
基因测序：通过 测序微生物的基 因来鉴定其种类
和特性
基因芯片技术： 利用基因芯片技 术快速检测微生 物的基因表达情
定义：具有细 胞壁、细胞膜、 细胞核等细胞 结构的微生物
分类：分为酵 母菌、霉菌和 蕈菌三大类
特征：生长缓 慢，形态多样， 可产生孢子进 行繁殖
应用：在食品、 医药、环保等 领域有广泛应 用
0
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4
定义：一类能进行光合作用的微生物，包括蓝藻、绿藻、红藻等 特点：具有叶绿素，能进行光合作用，产生氧气 分类：根据形态、结构、生理特性等进行分类 应用：可用于污水处理、生物燃料、食品添加剂等领域
血清学鉴定：利用抗原抗体反应 进行微生物的鉴定
微生物的分类与鉴定
高通量鉴定技术的展望
01 基因测序技术
高通量测序技术能够快速获取微生物全基因组信 息，为微生物分类与鉴定提供了新的手段。
02 自动化鉴定系统
开发自动化鉴定系统，能够快速、准确地鉴定大 量微生物样本，提高鉴定效率。
03 标准化与数据库建设
建立标准化的微生物分类与鉴定数据库，为高通 量鉴定技术的广泛应用提供支持。
THANKS
感谢观看
微生物的分类与鉴定
汇报人：
202X-12-24
目录
• 微生物的分类 • 微生物的鉴定方法 • 微生物的鉴定技术 • 微生物鉴定的应用 • 微生物分类与鉴定的挑战与展望
01
微生物的分类
细菌
革兰氏阳性菌
具有厚重的细胞壁，对青霉素敏感。
厌氧菌
在缺氧环境中生长繁殖。
革兰氏阴性菌
具有较薄的细胞壁，对青霉素不敏感。
详细描述
分子生物学鉴定是通过分析微生物的基因序列、蛋白质表达等分子特征来进行分类和鉴定的方法。这种方法具有 很高的准确性和灵敏度，可以用于鉴定难以通过形态和生理生化特征鉴别的微生物。例如，PCR技术和基因测序 技术可以用于检测和鉴定特定的微生物。
03
微生物的鉴定技术
基因测序技术
基因测序技术是利用现代生物技术对微生物基因组进行 测序，通过比对已知基因库，确定微生物的种属和基因 型。
微生物分类与鉴定的挑战与
05
展望
微生物多样性的挑战
微生物种类繁多
微生物种类数量庞大，形态多样，给分类与鉴定带来很大挑战。
鉴定方法有限
传统的微生物鉴定方法依赖于形态、生理生化特征等，对于某些特 殊或稀有微生物可能难以准确鉴定。
微生物生态学研究需求
微生物的分类和鉴定方法
农业废弃物资源化
利用
通过对农业废弃物中微生物的研 究和利用，可以实现农业废弃物 的资源化利用，促进农业可持续 发展。
食品领域：食品安全检测、食品添加剂研发等
食品安全检测
利用微生物分类鉴定技术，可以快速准确地检测食品中的有害微 生物，保障食品安全。
食品添加剂研发
通过对微生物产生的天然产物进行研究和改造，可以开发出新型、 安全的食品添加剂，提高食品的口感和营养价值。
要点三
显微镜检查
使用显微镜对染色后的微生物进行观 察和分析，记录其形态和结构特征。 在显微镜检查时应注意选择合适的放 大倍数和光源强度，以便更准确地观 察和分析微生物的特征。
05
微生物分类鉴定中常见问 题及解决方法
形态学特征模糊或易混淆问题
形态学特征模糊
某些微生物在形态上非常相似，容易造成混淆。解决方法包括使用高分辨率显微镜、电子显微镜等先 进技术进行更细致的观察，以及结合其他鉴定方法如生理生化特性、分子生物学技术等进行综合判断 。
免疫学鉴定方法
免疫荧光技术
利用特异性抗体与荧光染料结合，形成荧光抗体，再与待检微生物结合，通过荧 光显微镜观察荧光信号，从而鉴定微生物的种类。
酶联免疫吸附试验（ELISA）
将特异性抗体与固相载体结合，加入待检微生物后，再加入酶标记的二抗，最后 加入底物显色，通过比色法测定吸光度值，从而鉴定微生物的种类。
微生物的分类和鉴 定方法
汇报人：XX 2024-01-21
பைடு நூலகம்
目 录
• 微生物分类概述 • 微生物鉴定方法 • 微生物分类体系与命名规则 • 微生物鉴定实验设计与操作技巧 • 微生物分类鉴定中常见问题及解决方法 • 微生物分类鉴定在各个领域应用前景展望
微生物的分类和鉴定
界(Kindom)：真菌界 门(Phyllum)：真菌门 纲(Class)：子囊菌纲 目(Order)：内孢霉目 科(Family)：内孢霉科 属(Genus)：酵母属 种(Species)：啤酒酵母
（二）种的概念
在微生物中，种的定义是很难下的。至今还找不 到一个公认的、明确的种的定义。 种的定义：是一个基本分类单元，是一大群表型 特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内的 其他物种有着明显差异的一大群菌株的总称。 新种（species nova，sp. nov或nov sp.）：是指权 威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分 离并鉴定过的微生物。 如北京棒杆菌AS 1.299，新种（Corynebacterium pekinense sp.nov AS 1.299）
“subsp”）或变种（variety，简称“var”，） 时，学名应三名法拼写。
学名 = 属名+种名加词 + 符号subsp或var + 亚种和变种的加词
排斜体 排正体（可省略） 排斜体（不可省略）
例：苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种
Bacillus thuringiensis subsp galleria
禽流感病毒
照片中的蓝色部分就是H5N1禽流感病毒， 下面的红色部分则是健康人体细胞，照片 显示H5N1正在攻击健康的细胞。
• H和N都是指病毒的糖蛋白（蛋白质），一种糖蛋白 叫血凝素（HA），另一种叫神经氨酸酶（NA）。 这两种糖蛋白容易发生变异。 • 根据糖蛋白变异的情况，HA分为H1—H15十五个不 同的型别，NA分为N1—N9九个不同的型别。 • 其中H5与H7为高致病亚型。
4.菌株（strain）
菌株：又称品系，表示由一个独立分离的单细胞 （或单个病毒粒）繁殖而成的纯遗传型群体及其 一切后代。 菌株===纯培养物===纯分离物 菌株===克隆 菌株的名称，可随意确定，一般可用字母加编号 表示，字母多表示实验室、产地或特征等的名称， 编号表示序号等数字。 例如：大肠埃希氏菌的两个菌株 E.coli K12 基因组已于1997年发表 E.coli O-157：H7 基因组已于2001年发表
微生物的分类和鉴定
微生物的分类和鉴定第十章微生物的分类和鉴定一、名词解释：01.系统学（systematics）：是研究生物多样性及其分类和演化关系的科学。
分子系统学是检测、描述并揭示生物在分子水平上的多样性及其演化规律的科学。
研究内容包括了群体遗传结构、分类学、系统发育和分子进化等领域。
02.系统树：在研究生物进化和系统分类中，常用一种树状分支的图型来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图型也称为发育树（phylogenetic tree）。
03.分子系统树：通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树。
04.微生物分类学（microbial taxonomy）：是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条例清楚的各种分类单元或分类群的科学，其具体任务有三，即分类、鉴定和命名。
05.分类（classification）：根据文献资料，经过科学的归纳和理性的思考，整理成一个科学的分类系统。
即解决从个别到一般或从具体到抽象的问题。
06.鉴定（identification）：通过详细观察和描述一个未知名称纯种微生物的各种性状特征，然后查找现成的分类系统，以达到对其知类、辨名的目的。
即解决从一般到特殊或从抽象到具体的问题07.命名（nomenclature）：为一个新发现的微生物确定一个新学名的过程。
08.培养物（culture）：是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。
如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的，就称之为该微生物的纯培养物（pure culture)。
09.菌株（strain）：从自然界分离得到的任何一种微生物的纯培养物，都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。
菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。
10.标准菌株：指能代表这个种的各典型性状的一个被指定的菌株。
微生物分类及鉴定
2013-7-5 6
菌株（品系)（strain）：表示任何由一个独立分离 的单细胞繁殖而成的纯种群体极其一切后代。一种微生 物的每一不同来源的纯培养物或纯分离物均可称为某菌
种的一个菌株。某一菌种内的菌株数目几乎是无数的。
菌株的名称可用字母加编号表示，字母多表示实 验室、产地或特征等的名称，编号则表示序号等数字。
物)如大肠菌群。 相（phase）：自然界存在的微生物交互变异的一定阶 段； 态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。
2013-7-5 8
二、微生物的命名
1.学名（scientific name）按照《国际细菌命名法规》命名的、 国际学术界公认并通用的正式名字。 命名的方法：国际法规命名，即林奈氏所创立的双(三)名法。 双名法的规则：学名=属名+种名加词+（首次定名人）+现名定 名人和鲜明定名年份 由两个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成， 属名（generic name）为名词,单数,开头字母大写，是该微生 物的主要特征。 种名加词（specific epithet） (adj.) ,首字小写,为形容词,是该微 生物的次要特征。 在出版物中用斜体，书写时在学名下划横线以表示斜体。
2013-7-5 17
③ 微生物遗传型的鉴定： A：DNA碱基比例的测定——主要是（G+C）mol%值 B：核酸分子杂交——DNA-DNA和DNA-RNA杂交 C：16SrRNA寡核苷酸编目分析 D：氨基酸序列和蛋白质分析
F ：遗传重组
真核生物以能否进行有性生殖定义物种。 原核生物发生转化、转导、结合的物种间存在广泛的染色 体同源性。
普通的、通俗的、地区性的名字，具有简明和大众化 的优点，但往往涵义不够确切，易于重复，使用范围局 限。 如 绿脓杆菌： 铜绿假单孢菌Pseudomonas aeruginosa 白念菌： 白色假丝酵母Candida albicans 金葡萄： 金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus
菌株（品系)（strain）：表示任何由一个独立分离 的单细胞繁殖而成的纯种群体极其一切后代。一种微生 物的每一不同来源的纯培养物或纯分离物均可称为某菌
种的一个菌株。某一菌种内的菌株数目几乎是无数的。
菌株的名称可用字母加编号表示，字母多表示实 验室、产地或特征等的名称，编号则表示序号等数字。
物)如大肠菌群。 相（phase）：自然界存在的微生物交互变异的一定阶 段； 态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。
2013-7-5 8
二、微生物的命名
1.学名（scientific name）按照《国际细菌命名法规》命名的、 国际学术界公认并通用的正式名字。 命名的方法：国际法规命名，即林奈氏所创立的双(三)名法。 双名法的规则：学名=属名+种名加词+（首次定名人）+现名定 名人和鲜明定名年份 由两个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成， 属名（generic name）为名词,单数,开头字母大写，是该微生 物的主要特征。 种名加词（specific epithet） (adj.) ,首字小写,为形容词,是该微 生物的次要特征。 在出版物中用斜体，书写时在学名下划横线以表示斜体。
2013-7-5 17
③ 微生物遗传型的鉴定： A：DNA碱基比例的测定——主要是（G+C）mol%值 B：核酸分子杂交——DNA-DNA和DNA-RNA杂交 C：16SrRNA寡核苷酸编目分析 D：氨基酸序列和蛋白质分析
F ：遗传重组
真核生物以能否进行有性生殖定义物种。 原核生物发生转化、转导、结合的物种间存在广泛的染色 体同源性。
普通的、通俗的、地区性的名字，具有简明和大众化 的优点，但往往涵义不够确切，易于重复，使用范围局 限。 如 绿脓杆菌： 铜绿假单孢菌Pseudomonas aeruginosa 白念菌： 白色假丝酵母Candida albicans 金葡萄： 金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus
微生物分类与鉴定
属535种)
界Ⅱ：真细菌(Bacteria)
部23：放线细菌(Actinobacteria，117属，1371 种) 部24：浮霉状菌和衣原体(Planctomycetes和 Chlamydia，5属14种) 部26：丝状杆菌(Fibrobacters，3属5种) 部27：拟杆菌(Bacteroides，20属130种)
• 部13：蓝细菌(Cyanobacteria，69属73种)
• 部14：绿菌(Chlorobia，6属17种)
• 部15：α-变形细菌(α-Proteobacteria，117属392 种) • 部16：β-变形细菌(β-Proteobacteria，53属204 种)
界Ⅱ：真细菌(Bacteria)
其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行
鉴定所需做的实验的具体方法。
伯杰氏细菌鉴定手册
1923年以来已出至第九版(1994)；
第九版伯杰氏细菌鉴定手册设立35个群，将古细菌部
改编为5个群，全书描写了约500个属。
划分为四大类：
第一类 具细胞壁的革兰氏阴性真细菌 第二类 具细胞壁的革兰氏阳性真细菌 第三类 无细胞壁的真细菌 第四类 古细菌
• 部3：盐杆菌(Halobacteria，14属50种)
• 部4：热原体(Thermoplasma，2属4种)
• 部5：热球菌(Thermococci，5属19种)
界Ⅱ：真细菌(Bacteria)
部6：产液菌(Aquifex)和相关细菌(3属5种)
部7：栖热袍菌(Thermotoga)和Geotogas，9属22种)
二、微生物的命名
双名法，由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成，
一般用斜体表示
微生物的分类和鉴定
微生物的分类和鉴定微生物是指一些无法被肉眼看见的微小生物体，包括细菌、真菌、病毒、藻类等。
它们分布在自然界的各个角落中，有些可以帮助人类完成一些任务，有些则可以危害人类的健康和生命。
要想深入了解微生物，就需要对其进行分类和鉴定。
微生物分类的基础是形态学和生理学。
根据形态、结构和特征可将微生物分为单细胞和多细胞两种。
单细胞微生物主要包括细菌、放线菌和蓝藻等，而多细胞微生物主要包括真菌和藻类等。
细菌是最常见的一种微生物，其主要形态有球形、杆状、螺旋形等。
细菌能够利用无机、有机物质进行代谢活动，并能把这些物质转化为能量和新生物体。
细菌可以被广泛应用于药品、食品、饮料、纺织品等领域。
放线菌是一种具有菌丝体的微生物，外形上有别于细菌，也被称为“菌丝菌”。
放线菌的代谢活动非常活跃，能产生多种抗生素等物质，因此在药品生产中具有很大的应用价值。
蓝藻是一种原生光合细菌，通常生长在水中。
蓝藻利用光合作用可以把二氧化碳和水转化为能量和有机化合物，并释放氧气。
蓝藻对环境保护具有很大的作用，可以修复受污染的水体。
真菌是指一类生活在土壤、树木、植物和动物体表面的生物，通常是由菌丝组成的。
真菌可以分为支链菌、酵母菌和担子菌等多种类型。
真菌能够分解有机物质，促进土壤的肥力，同时也可以用于食品和药品生产。
藻类是一类生活在水中或潮湿环境中的微生物，可以分为绿藻、褐藻、红藻等多种类型。
藻类具有光合作用能力，可以产生氧气，同时也是食物链中的重要组成部分。
微生物鉴定主要包括生化鉴定、形态学鉴定和分子生物学鉴定等方法。
生化鉴定主要针对细菌的代谢能力进行检测，可以通过菌液反应、酶活性测试等方式进行鉴定。
形态学鉴定则是通过显微镜观察微生物的形态、大小、结构等特征，从而鉴定其分类和属种。
分子生物学鉴定利用DNA分析技术进行微生物的鉴定，可以更加准确和快速地确定微生物的种类和属种。
总的来说，微生物分类和鉴定是对微生物进行科学研究和应用的基础。
了解微生物的分类、特征和生态环境，有助于人们更好地利用和控制微生物，从而创造出更好的生产生活环境。
微生物学1010微生物的分类和鉴定
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说
动物界 植物界 林奈
动物界 植物界 原生生 物界
Haeckel
植物界 动物界 原始生 物界 菌界
Copeland
植物界 动物界 原核生物界 原生生物界 真菌界
Whittaker
五界上 加上病 毒界
细菌域 古生菌域 真核生物域 美国
Woese
R.H.Whittaker (1969) proposed a five kingdom classification. The kingdoms defined by him were named Monera, Protista, Fungi, Plantae & Animalia.
Type strain: ATCC 6051
=DSM 10
保藏机构 及其保藏号
=CCTCC AB 92068
当微生物名称是一个亚种（subspecies，简称 “subsp．”，排正体字）或变种（variety，简称 “var．”，排正体字）时，学名就应按“三名法” 构成，即：
例1：苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis subsp．galleria 例2：酿酒酵母椭圆变种 Saccharomyces cerevisiae var．ellipsoideus
( 二) 三名法 当某种微生物是一个亚种或变种时，学名就按三名法拼写。 学名=属名+种名加词+符号subsp或var+亚种或变种的加词
属的模式
该属中一个具有代表性的种, 即模式种
属名
种的加词 Specific epithet
种名
定种人
年代
Bacillus
微生物的分类和鉴定方法
微生物的分类和鉴定方法微生物是一类微小的生物体，包括细菌、真菌、病毒等。
它们广泛存在于地球上的各个角落，对环境、人类健康以及生物系统的平衡具有重要影响。
准确的微生物分类和鉴定方法对于研究微生物、开展微生物相关工作具有重要意义。
本文将从微生物的分类和鉴定方法两个方面进行探讨。
一、微生物的分类微生物的分类是根据它们在形态、结构、生理特征、遗传信息等方面的差异而进行的。
目前，微生物主要被分为以下几类：1. 细菌：细菌是一类单细胞、无细胞核的微生物，形态多样，包括球菌、杆菌、螺旋菌等。
根据细菌的生理特性、代谢途径和环境需求等，可以将其细分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。
2. 真菌：真菌是一类多细胞或单细胞的真核生物。
它们通过孢子繁殖，主要包括酵母菌、霉菌等。
真菌可以根据生殖方式和菌丝结构的特点进行分类。
3. 病毒：病毒是一种非细胞的微生物，只能通过感染宿主生物来进行繁殖。
病毒可以根据核酸类型、外壳结构和感染宿主范围等进行分类。
二、微生物的鉴定方法微生物的鉴定方法是指通过一系列实验和技术手段来确定微生物的分类和鉴别微生物的种类。
常用的微生物鉴定方法有：1. 形态学鉴定：通过观察微生物的形态特征，如大小、形状、颜色等，来确定其分类。
例如，细菌的形态鉴定可以通过显微镜观察细菌的形态结构，真菌的鉴定可以通过观察菌落和菌丝结构。
2. 生理生化特性鉴定：通过测定微生物的生理生化特性，如生长适宜温度、代谢产物等，来判断其分类。
例如，酸碱度试验可用于区分细菌的鉴定。
3. 分子生物学鉴定：利用分子生物学技术，如PCR、DNA测序等，对微生物的核酸序列进行分析，从而确定微生物的分类和鉴定。
这种方法通常具有高度准确性和可靠性。
4. 免疫学鉴定：通过检测微生物与抗体的相互作用，例如免疫沉淀试验、免疫荧光染色等，来鉴定微生物的种类。
综上所述，微生物的分类和鉴定方法是通过对微生物的形态、结构、生理特征、遗传信息等方面进行观察和实验，来确定其分类和鉴定。
第十章 微生物的分类与鉴定
第一节
通用分类系统
一、种以上的系统分类单元
（一）7 级分类单元
界 门
纲
目
科
种是最基本分类单元
属 种
各级分类单元及其词尾
二、学名
微生物的种名采用林奈(1753年)所创立的双名法命名。 双名法：就是用属名和种名两个部分作为一种生物的学名。 命名规则：属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写 学名=属名+种名加词+(首次定名人)+现名定名人+现名定名年份
第二节
微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学学说
图8-1 生物界级的学说发展（阴影部分表示微生物）
植物界 动物界
原生生物界
原核生物界 真菌界
真细菌界 古细菌界
细菌域 古生菌域
病毒界？ 真核生物域
二、三域学说及其发展
20世纪70年代以前，生物类群间的亲缘关系 判断的主要根据：
表型特征： 形态结构——形体微小、结构简单
比较生物大分子序列差异的数值构建了系统树(分子系统树)。 特点:用一种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间的亲缘 关系。 真核生物域 细菌域 古生菌域
图8-2 三域学说及其 生物进化谱系树
利用16S rRNA建立分子进化树的美国科学家伍 斯 (C.R Woese )
二、三域学说及其发展
三域学说观点： 现在的一切生物均由一个共同的原始祖先，一种小细胞慢慢 进化而来。首先分化出细菌和古生菌两个分枝，而后在古生 菌的基础上吞噬了一些其他生物如蓝细菌、α朊细菌(相当于 G―细菌)等，经过长期的内共生后，两者逐渐进化形成一种 新的生物——真核生物。 发展中新的挑战： ①认为16S rRNA和18S rRNA分子的进化难以代表整个基因 组的分子进化； ②许多真核生物的基因组和它们所表达的功能蛋白与细菌 更为接近，而不是古生菌。
微生物的鉴定与分类技术
微生物的鉴定与分类技术微生物是指肉眼无法看到的微小生物，包括细菌、真菌、病毒、藻类等。
微生物是地球上最古老的生命形式之一，在自然界中扮演着非常重要的角色。
因为它们太过微小，我们无法从肉眼识别它们，因此需要鉴定与分类技术来帮助我们更好地了解它们。
微生物的鉴定是指确定某个微生物是否存在，以及确定它的身份，即属于哪一个物种。
分类是指将微生物按照一定的标准进行分组，也可以说是将微生物分成不同的类别。
微生物的鉴定和分类技术是微生物学研究中非常关键的一环，不同的技术有其优缺点和适用范围。
下面我将介绍一些常用的鉴定与分类技术。
1. 形态学鉴定形态学鉴定是指通过观察微生物的形态和结构来确定其身份。
这种方法适用于某些微生物，比如细菌和真菌。
在形态学鉴定中，通常会用光学显微镜或电镜观察微生物的外形、大小、颜色等特征，并通过染色方法来帮助观察微生物的细节结构。
这种方法的缺点是只能确定一些较为分化的物种，对于那些形态相近的微生物，很难区分。
2. 生物化学鉴定生物化学鉴定是通过检测微生物的生化活性和代谢产物来确定其身份。
这种方法需要对微生物的生化特性进行了解，通过对不同的生化试剂产生的反应来确定微生物。
常见的生化试剂包括简单糖、氨基酸、酸碱指示剂等。
这种鉴定方法非常精确，但需要一定的实验操作技能和专业知识。
3. 分子生物学鉴定分子生物学鉴定是利用微生物的DNA和RNA序列来确定微生物的身份。
这种方法的优点是可以对所有的微生物进行鉴定，并且非常精确。
常用的分子生物学技术包括PCR扩增、DNA序列分析、去氧核糖核酸（RNA）测序等。
这种技术可以帮助我们更好地了解微生物的进化关系和种群结构，是微生物学研究中重要的工具之一。
4. 培养基鉴定培养基鉴定是通过培养微生物在不同的培养基上的生长行为来确定其身份。
不同的微生物对不同的营养物质的需求不同，可以利用这一特点来区分微生物。
培养基鉴定需要一定的微生物学实验技能和经验，但是可以帮助我们快速鉴定微生物。
第十章微生物的分类和鉴定
4、 微生物全基因组序列的测定
对微生物全基因组进行测序，是当前生命科学 领域中掌握某微生物全部遗传信息的最佳途径。从 1990年起，在人类基因组计划的推动下，微生物全 基因组测序工作进展很快，在2000年的一年中，几 乎每个月都有新记录出现。
（二）细胞化学成分用作鉴定指标
细胞壁化学成分：如根据肽聚糖分子中肽尾第三位氨 基酸的种类、肽桥的结构以及与邻近肽尾交联的位置 的不同来划分。 全细胞水解液的糖型：对放线菌进行分类 磷酸类脂成分的分析 枝菌酸的分析：对“诺卡氏菌形放线菌”进行分类 醌类的分析：对放线菌鉴定上有一定的价值 气相色谱技术用于微生物鉴定：分析代谢产物中脂肪 酸和醇类等成分，对厌氧菌的鉴定十分有用。
四、 亚种以下的分类单元
亚种以下的分类单元（infrasubspecific taxa） 很多，其提出和使用均不受细菌命名法规的限制。 • 1.亚种（subspecies,subsp.,ssp.） • 2.变种（variety,var.） • 3.型（form） • 4.类群（group） • 5.菌株（strain） • 6.小种（race） • 7.相（phase） • 8.态（state）
第三节 各大类微生物的分类系统
分类学的最终目标是要建立起一套比较接近生物 系统发育规律的自然分类系统。
一、Bergey 氏原核生物分类系统纲要
《伯杰氏鉴定细菌学手册》 （Bergey’ Mamual of SystematicBacteriology）编写者集国际学术界的 权威学者，为各国微生物分类学界公认的一本经典佳 作。
（4） 五界系统：1969年，R.H.Whittaker在 Science上发表了“生物界级分类的新观点”的著名 论文。在吸取前人工作经验的基础上，提出了五界学 说。五界系统包括：动物界（ Animalia）、植物界 （Plantae）、原生生物界（Protista）（包括原生动 物、单细胞藻类、粘菌）、真菌界（Fungi）、原核 生物界（Monera）(包括细菌、蓝细菌）。
微生物的鉴定与分类方法
微生物的鉴定与分类方法微生物是指在肉眼下无法看到的微小生物，包括细菌、真菌、病毒等多种类型。
微生物在人类社会中具有非常重要的作用，既有益处也有危害。
因此，对微生物进行鉴定和分类是十分必要的，本文将介绍一些微生物的鉴定与分类方法。
一、细菌的鉴定与分类方法1. 形态学方法细菌的形态学特征包括菌体的大小、形状、颜色、质地等。
通过显微镜观察细菌的形态特征，可以初步判断细菌的类别。
2. 染色法常用的染色法有革兰氏染色法、酸杆菌染色法等。
这些染色方法可以通过染色后的颜色反映出不同细菌的内部构造和化学成分。
3. 生化试验法利用不同细菌对同一物质的不同反应进行分类。
比如利用MM测试葡萄糖在酵母菌中的代谢反应情况，初步判断出酵母菌的种类。
二、真菌的鉴定与分类方法1. 形态学方法真菌的形态学特征与细菌相似，包括菌体的大小、形状、颜色、质地等。
通过显微镜观察真菌子实体的形态，可以初步判断真菌的类别。
2. 细胞壁化学成分分析法真菌的细胞壁主要由多糖、蛋白质和小分子化合物组成，通过分析细胞壁中的化合物种类和含量，可以对真菌进行分类。
3. 分子生物学方法利用PCR扩增真菌的特定基因或DNA序列，然后对扩增产物进行分析，可以快速准确地对真菌进行鉴定和分类。
三、病毒的鉴定与分类方法1. 组织培养法通过利用感染病毒的细胞进行培养，观察细胞的病变情况并检测病毒复制情况，确定病毒类型。
2. 免疫学方法利用病毒所携带的特异抗原，通过免疫学试验检测血清中的抗体和抗原，对病毒进行鉴定和分类。
3. 分子生物学方法利用PCR扩增病毒的特定基因或DNA序列，然后对扩增产物进行分析，可以快速准确地对病毒进行鉴定和分类。
总之，微生物的鉴定与分类方法有多种，需要根据不同微生物类型采用不同方法。
除了以上三类微生物外，还有其他微生物如真菌的一种子类物质被称作酵母菌,氧化器类蛋白與乙白酒酵母等微生物也需要进行分类和鉴定，才能最大程度地了解其性质和应用前景。
微生物分类与鉴定
体）
例如：Bacillus thuringiensis subsp. galleria
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说 发展史：
二界→三界→四界→五界→六界→三域
（一）两界系统
动物、植物
（二）三界系统
动物、植物、原生生物
（三）四界系统
动物界、植物界、真菌界、原核生物界
（四）五界系统
动物界、植物 界、真菌界、原 生生物界和原核 生物界。
植物界
真菌界
动物界
真菌界
原核生物真核单细胞生物真核多细胞生物
真菌界Fungi ：酵母菌、 霉菌和担子菌等。
原生生物界Protista ：原 生动物、单细胞藻类、 粘细菌等。
原核生物界Monera (prokaryotes) ：细菌、放 线菌和蓝细菌等。
➢学名（Scientific name）
按照“国际命名法规”进行命名并且得到国际 学术界公认的通用正式名称。
➢学名的表示方法
双名法 三名法
（一）双名法（binominal nomenclature）
1735年，林奈(Carolus Linnaeus)建立
一个种的学名由两个拉丁或希腊词或拉丁化的文字组 成。
微生物分类与鉴定
12.04.2021
生产计划部
第一节 通用的分类单元
一、种以上的系统分类单元 （一）7级分类单元（taxon category）
分类单元：又称分类单位、分类阶元或分类群 种以上的系统分类单元自上而下分为7级：
界（kingdom）（拉：Regnum） 门（Phylum）（拉：Phylum）或 Division（拉：Divisio） 纲（class）（拉：classis） 目（order）（拉：order） 科（Family）（拉：Family） 属（Genus）（拉：Genus） 种（Species）（拉：Species）
例如：Bacillus thuringiensis subsp. galleria
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说 发展史：
二界→三界→四界→五界→六界→三域
（一）两界系统
动物、植物
（二）三界系统
动物、植物、原生生物
（三）四界系统
动物界、植物界、真菌界、原核生物界
（四）五界系统
动物界、植物 界、真菌界、原 生生物界和原核 生物界。
植物界
真菌界
动物界
真菌界
原核生物真核单细胞生物真核多细胞生物
真菌界Fungi ：酵母菌、 霉菌和担子菌等。
原生生物界Protista ：原 生动物、单细胞藻类、 粘细菌等。
原核生物界Monera (prokaryotes) ：细菌、放 线菌和蓝细菌等。
➢学名（Scientific name）
按照“国际命名法规”进行命名并且得到国际 学术界公认的通用正式名称。
➢学名的表示方法
双名法 三名法
（一）双名法（binominal nomenclature）
1735年，林奈(Carolus Linnaeus)建立
一个种的学名由两个拉丁或希腊词或拉丁化的文字组 成。
微生物分类与鉴定
12.04.2021
生产计划部
第一节 通用的分类单元
一、种以上的系统分类单元 （一）7级分类单元（taxon category）
分类单元：又称分类单位、分类阶元或分类群 种以上的系统分类单元自上而下分为7级：
界（kingdom）（拉：Regnum） 门（Phylum）（拉：Phylum）或 Division（拉：Divisio） 纲（class）（拉：classis） 目（order）（拉：order） 科（Family）（拉：Family） 属（Genus）（拉：Genus） 种（Species）（拉：Species）
微生物的分类和鉴定
生物种类150余万种，其中微生物为 15万~20万种。
分类 鉴定 命名
分类
所谓分类，是指对大量的微生物进行逐 一的观察、分析与描述的基础上，按照 它们的个体形态、培养特征、生理生化 特性和细胞化学组份等一系列性状的异 同和主次，并根据它们的亲缘关系和应 用的方便，加以分门别类。
鉴定
所谓鉴定，是对某一具体的微生物 的性状进行细致的观察和测试，参照 一定的，用对比的方法来确定该微生 物的分类地位。
《伯杰氏系统细菌学手册》
（Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology）
（20世纪80年代末期）
伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的最重要依据，其特点是描 述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验的具 体方法。
新版手册分4卷： 第一卷： 一般医学和工业方面重要的革兰氏阴性细菌。 第二卷： 放线菌以外的革兰氏阳性细菌。 第三卷：
学名（scientific name）
指一个菌种的科学名称，它是按照《国际细菌命名法规》命 名的、国际学术界公认并通用的正式名字。
俗名
结核杆菌 绿脓杆菌
金葡菌 红色面包霉
白念菌
学名
结核分枝杆菌 （Mycobacterium tuberculosis）
铜绿假单胞菌 （Pseudomonas aeruginosa）
若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示。 例如，Bacillus sp
例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌） Escherichia coli（Migula）Castellani et Chalmers 1919 例2：枯草芽孢杆（简称枯草杆菌） Bacillus subtilis（Ehrenberg）Cohn 1872
分类 鉴定 命名
分类
所谓分类，是指对大量的微生物进行逐 一的观察、分析与描述的基础上，按照 它们的个体形态、培养特征、生理生化 特性和细胞化学组份等一系列性状的异 同和主次，并根据它们的亲缘关系和应 用的方便，加以分门别类。
鉴定
所谓鉴定，是对某一具体的微生物 的性状进行细致的观察和测试，参照 一定的，用对比的方法来确定该微生 物的分类地位。
《伯杰氏系统细菌学手册》
（Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology）
（20世纪80年代末期）
伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的最重要依据，其特点是描 述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验的具 体方法。
新版手册分4卷： 第一卷： 一般医学和工业方面重要的革兰氏阴性细菌。 第二卷： 放线菌以外的革兰氏阳性细菌。 第三卷：
学名（scientific name）
指一个菌种的科学名称，它是按照《国际细菌命名法规》命 名的、国际学术界公认并通用的正式名字。
俗名
结核杆菌 绿脓杆菌
金葡菌 红色面包霉
白念菌
学名
结核分枝杆菌 （Mycobacterium tuberculosis）
铜绿假单胞菌 （Pseudomonas aeruginosa）
若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示。 例如，Bacillus sp
例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌） Escherichia coli（Migula）Castellani et Chalmers 1919 例2：枯草芽孢杆（简称枯草杆菌） Bacillus subtilis（Ehrenberg）Cohn 1872
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b）提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法；
c）对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据； d）突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全 新的分类理论；
e）为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理 论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进 行研究。
一、分类单元及其等级
界 （Kingdom） (Regnum) ） 门 （Phylum） (Phylum) ） 纲（Class） (Classis) ） Order） 目（Order） (Ordo) 科（Family） (Familia) ） 属（Genus） (Genus) ） 种（Species） (Species) ）
二、微生物的命名
双名法，由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成， 一般用斜体表示
属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写 若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用 来表示 来表示， 若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示，
例如 Bacillus sp
《伯杰氏系统细菌学手册》第二版
分古细菌和真细菌2个界，下设18门、 分古细菌和真细菌 27纲、73目、186科，包括870余属和 4900多个种。
界Ⅰ：古细菌(Archaeota) 古细菌(Archaeota)
部1：热变形菌、硫化叶菌、嗜压菌(Thermoprotei、 热变形菌、硫化叶菌、嗜压菌(Thermoprotei、 (Thermoprotei Sulfolobi、Barophiles，21属36种 Sulfolobi、Barophiles，21属36种) 部2：产甲烷菌(Methanogens，21属97种) 产甲烷菌(Methanogens，21属97种 (Methanogens 部3：盐杆菌(Halobacteria，14属50种) 盐杆菌(Halobacteria，14属50种 (Halobacteria 部4：热原体(Thermoplasma，2属4种) 热原体(Thermoplasma， (Thermoplasma 部5：热球菌(Thermococci，5属19种) 热球菌(Thermococci， (Thermococci 19种
分析比较
微生物之间的系统发育关系
2. 特征序列或序列印记（signature sequence）
通过对r 全序列资料的分析比较（ 通过对 RNA全序列资料的分析比较（特别是 全序列资料的分析比较 采用计算机）发现的在不同种群水平上的特 采用计算机）发现的在不同种群水平上的特 异特征性寡核苷酸序列， 异特征性寡核苷酸序列，或在某些特定的序 列位点上出现的单碱基印记。 列位点上出现的单碱基印记。
2001年5月18日 美国《科学》周刊292卷 第5520期
第三节 各大类微生物的分类系统纲要 一、 原核微生物分类系统
二 、真菌（菌物）分类系统简介 真菌（ 真菌 菌物）
一、 原核微生物分类系统
（一）《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
人类基因组中的细菌基因？ 人类基因组中的细菌基因？
一项新的研究指出， 一项新的研究指出，在我们体内的每个细胞中有 40 个左右的细菌基因，这个由细菌到人类寄主的 个左右的细菌基因， 所谓的“横向转移 所谓的“横向转移(lateral transfer)”给进化生物学 给进化生物学 带来了极大的问题。 带来了极大的问题。
Bacillus subtilisASI.398 Bacillus subtilisBF7658
生产蛋白酶 生产α淀粉酶
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同 ） 或 ：
亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以 菌株与型的区别： 菌株与型的区别： 细分为不同的型。 菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学 菌株之间不存在鉴别性特征的差异， 依据， 依据， 例如抗原特征的差异分为不同的血清型； 例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解反应的 不同型的细菌之间存在鉴别性特征的差异， 不同型的细菌之间存在鉴别性特征的差异，命名或鉴定不同的型 不同分为不同的噬菌型等 必需有分类学依据。 必需有分类学依据。 4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元 ） ） 物种， 高等生物中， 生殖隔离” 高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准 微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群， 微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其 他类群的菌株有很明显的区别。 他类群的菌株有很明显的区别。
美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937) 美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰
伯杰氏手册: 伯杰氏手册
是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书， 是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书，
其特点是描述非常详细， 其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行 鉴定所需做的实验的具体方法。 鉴定所需做的实验的具体方法。
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 ：是根据命名法规， 命名 专有的名称； 专有的名称； 鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物 或 鉴定 ： 分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、 分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未 明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。 明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。
不可培养微生物（uncultured microorganisms）
从环境中直接分离并克隆rRNA并分析其序列 并分析其序列 从环境中直接分离并克隆 和在分子进化树上的位置等方法而发现的的目前尚 不能在人工条件下获得培养的微生物。 不能在人工条件下获得培养的微生物。
不可培养的微生物与生物多样性
3）三（界)域生物的主要特征 ） 域生物的主要特征 三界理论虽然是根据16SrRNA序列的比 三界理论虽然是根据16SrRNA序列的比 16SrRNA 较提出的，但其他特征的比较研究结果 较提出的， 也在一定程度上支持了三界生物的划分。 也在一定程度上支持了三界生物的划分。 界生物的划分
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说
两界系统 三界系统 四界系统 五界系统 六界系统
二、三域学说及其发展
利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家
Carl Woese
三、rRNA和系统发育树
1. rRNA的顺序和进化 培养微生物 rRNA序列测定 序列测定 提取并纯化rRNA 提取并纯化
Carl Woose的rRNA进化树完美无缺？
随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定， 随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定， 人们发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因 转移现象，很多科学家都认为不能仅靠对 转移现象，很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA 的序列比较来确定生物之间的亲缘关系， 的序列比较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借 助各种信息对这个进化树进行改进。 助各种信息对这个进化树进行改进。
第九章
微生物的分类和鉴定
地球上的物种估计大约有150万， 其中微生物超过10万种，而且其数目还 在不断增加。
生物分类的二种基本原则： 生物分类的二种基本原则：
a）根据表型 表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种 表型 表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标。 b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。
特征序列有助于迅速确定某种微生物的 特征序列有助于迅速确定某种微生物的 有助于 分类归属，或建立新的分类单位。 分类归属，或建立新的分类单位。
3. 系统发育树(phylogenetic tree) 通过比较生物大分子序列差异的数值构 通过比较生物大分子序列差异的数值构 建的系统树称为分子系统树，其特点是用一 建的系统树称为分子系统树，其特点是用一 种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间 种树状分枝的图型来概括各种( 的亲缘关系 的亲缘关系。
原核微生物分类系统纲要、真菌的分类系统纲要
第四节 微生物的鉴定
经典分类鉴定方法、现代分类鉴定方法。
第一节
通用分类单元
分类是认识客观事物的一种基本方法。我们 分类是认识客观事物的一种基本方法。 要认识、 要认识、研究和利用各种微生物资源也必须对它 们进行分类。 们进行分类。
分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
分类、 分类、
命名、 命n)：根据一定的原则对微生物进行分群归类， ：根据一定的原则对微生物进行分群归类， 分类 根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征 根据相似性或相关性水平排列成系统， 进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定； 进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定；
根据Carl Woese的 理论，现在还在界 界 之上使用域(domain) 之上 域
（把全部生物先分为 古生菌域、细菌域和 真核生物域， 域下面再分界。）
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长 ）培养物 ： 物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。 如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
16 S r RNA系统发育树