PDB数据库简介ppt课件
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构记录
名称、参考文献、 序列、一级结构、 二级结构和原子坐 标等信息。
显式序列 信息
隐式序列 信息
以关键字SEQRES 作为显式序列标 记，以该关键字 打头的每一行都 是关于序列的信 息。
即为立体化学 数据，包括每 个原子的名称 和原子的三维 坐标。
7
3、数据查询是pdb文件在数据库中的编号, 从PDB数据库下载结构常会得 到一个以这个编号命名的 pdb文件，如1LDM.pdb
是pdb文件在数据库中的编号从pdb数据库下载结构常会得到一个以这个编号命名的pdb文件如1ldmpdb精选二简单使用搜索栏高级搜索精选10搜索到408条结果精化搜索结果检索cdk2精选11相关介绍下载氨基酸序列及二级结构的信息分辨率不同配体不同精选12pdb数据库文件包括分子类别发布日期pdbid关键字列表测定结构所用的试验方法精选13以关键字seqres打头306个氨基酸的显式序列信息精选14x轴坐标y轴坐标z轴坐标原子氨基酸精选15精选16精选17精选18详细信息精选19三维结构螺旋折叠配体小分子精选20生物大分子三维立体结构显示的软件
结构测定者 修订日期及相关内容 已撤销或更改的相关记录 发表坐标集的文献 有关文献 最大分辨率 用到的程序和统计方法 其他注解 其他序列库的有关记录 PDB与其它记录的出入
16
PDB数据库的详细字段说明
MODEL
多亚基时显示亚基号
ATOM
标准基团的原子坐标
SIGATM
标准差
ANISOU
温度因子
SIGUIJ
各种温度因素导致的标准差
TER
链末端
HETATM
非标准基团原子坐标
ENDMDL
亚基结束
CONECT
原子间的连通性有关记录
MASTER
版权拥有者
END
文件结束
17
详细信息
18
三维结构
配体小分子
β-折叠
α-螺旋
19
三、结构模型显示
生物大分子三维立体结构显示的软件： PyMol、RasMol、Chimera、VMD、 Swiss-PdbViewer等
PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个 字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合 而成，如1LDM。
PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录 的查询，可按一些专门的查询项目（如提 交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。
8
二、简单使用
高级搜索
搜索栏
9
检索CDK2 搜索到408条结果
精化搜索结果
通过这些软件可以对此三维结构进行查看、 编辑，进一步应用于研究。
20
21
PDB数据库简介
1
生物数据库的种类
2
生物数据库的种类
序列数据库
• 核酸序列数据库 (EMBL、GenBank、DDBJ) • 常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR)
结构数据库
• 蛋白质结构数据库( PDB ) • 蛋白质分类数据库(SCOP、CATH )
其它数据库
3
Protein Data Bank
10
相关介绍
下载氨基酸序列及 二级结构的信息
配体不同
分辨率不同
11
PDB数据库文件
包括分子类别、发布日期，PDB-ID
关键字列表 测定结构所用的试验方法
12
以关键字SEQRES打头 306个氨基酸的显式序列信息
13
X轴坐标
Y轴坐标
Z轴坐标
原子
氨基酸
14
PDB数据库的详细字段说明
HEADER OBSLTE TITLE CAVEAT COMPND SOURCE KEYWDS EXPDTA
5
1、数据
来源
主要通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，
电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。
主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质 与核酸复合物的三维结构。
信息
原子的空间坐标、引用文献、形成α-helix和β-
sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的
ligand、参与生化功能的residue等。
蛋白质结构数据库
/pdb/home/home.do
4
一、基本概况
美国Brookhaven实验室1971年建立的大分 子结构数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数 据库 (Protein Date Bank)。
PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合 作组织 (Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 负责。
分子类，公布日期，ID号 注明该ID号已改为新号 说明试验方法类型 可能的错误提示 化合物分子组成 化合物来源 关键词 测定结构所用的实验方法
15
PDB数据库的详细字段说明
AUTHOR REVDAT SPRSDE
JRNL REMARK 1 REMARK 2 REMARK 3 REMARK 4
DBREF SEQADV
名称、参考文献、 序列、一级结构、 二级结构和原子坐 标等信息。
显式序列 信息
隐式序列 信息
以关键字SEQRES 作为显式序列标 记，以该关键字 打头的每一行都 是关于序列的信 息。
即为立体化学 数据，包括每 个原子的名称 和原子的三维 坐标。
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3、数据查询是pdb文件在数据库中的编号, 从PDB数据库下载结构常会得 到一个以这个编号命名的 pdb文件，如1LDM.pdb
是pdb文件在数据库中的编号从pdb数据库下载结构常会得到一个以这个编号命名的pdb文件如1ldmpdb精选二简单使用搜索栏高级搜索精选10搜索到408条结果精化搜索结果检索cdk2精选11相关介绍下载氨基酸序列及二级结构的信息分辨率不同配体不同精选12pdb数据库文件包括分子类别发布日期pdbid关键字列表测定结构所用的试验方法精选13以关键字seqres打头306个氨基酸的显式序列信息精选14x轴坐标y轴坐标z轴坐标原子氨基酸精选15精选16精选17精选18详细信息精选19三维结构螺旋折叠配体小分子精选20生物大分子三维立体结构显示的软件
结构测定者 修订日期及相关内容 已撤销或更改的相关记录 发表坐标集的文献 有关文献 最大分辨率 用到的程序和统计方法 其他注解 其他序列库的有关记录 PDB与其它记录的出入
16
PDB数据库的详细字段说明
MODEL
多亚基时显示亚基号
ATOM
标准基团的原子坐标
SIGATM
标准差
ANISOU
温度因子
SIGUIJ
各种温度因素导致的标准差
TER
链末端
HETATM
非标准基团原子坐标
ENDMDL
亚基结束
CONECT
原子间的连通性有关记录
MASTER
版权拥有者
END
文件结束
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详细信息
18
三维结构
配体小分子
β-折叠
α-螺旋
19
三、结构模型显示
生物大分子三维立体结构显示的软件： PyMol、RasMol、Chimera、VMD、 Swiss-PdbViewer等
PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个 字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合 而成，如1LDM。
PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录 的查询，可按一些专门的查询项目（如提 交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。
8
二、简单使用
高级搜索
搜索栏
9
检索CDK2 搜索到408条结果
精化搜索结果
通过这些软件可以对此三维结构进行查看、 编辑，进一步应用于研究。
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PDB数据库简介
1
生物数据库的种类
2
生物数据库的种类
序列数据库
• 核酸序列数据库 (EMBL、GenBank、DDBJ) • 常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR)
结构数据库
• 蛋白质结构数据库( PDB ) • 蛋白质分类数据库(SCOP、CATH )
其它数据库
3
Protein Data Bank
10
相关介绍
下载氨基酸序列及 二级结构的信息
配体不同
分辨率不同
11
PDB数据库文件
包括分子类别、发布日期，PDB-ID
关键字列表 测定结构所用的试验方法
12
以关键字SEQRES打头 306个氨基酸的显式序列信息
13
X轴坐标
Y轴坐标
Z轴坐标
原子
氨基酸
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PDB数据库的详细字段说明
HEADER OBSLTE TITLE CAVEAT COMPND SOURCE KEYWDS EXPDTA
5
1、数据
来源
主要通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，
电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。
主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质 与核酸复合物的三维结构。
信息
原子的空间坐标、引用文献、形成α-helix和β-
sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的
ligand、参与生化功能的residue等。
蛋白质结构数据库
/pdb/home/home.do
4
一、基本概况
美国Brookhaven实验室1971年建立的大分 子结构数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数 据库 (Protein Date Bank)。
PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合 作组织 (Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 负责。
分子类，公布日期，ID号 注明该ID号已改为新号 说明试验方法类型 可能的错误提示 化合物分子组成 化合物来源 关键词 测定结构所用的实验方法
15
PDB数据库的详细字段说明
AUTHOR REVDAT SPRSDE
JRNL REMARK 1 REMARK 2 REMARK 3 REMARK 4
DBREF SEQADV