二周目
ミシロタウン（初始城镇）
1：游戏重新开始EVENT Δ章开始
2：下楼和老爹拿票
3：出门和迷之少女对话
4：去邻居家对话
5：回自己家再重新出门然后再次拯救博士
101道路
1：救博士然后御三家三选一
2：去トウカシティ（老爹道场城市）
トウカシティ
1：城市西北方的小光家门口EVENT
2：战斗后通过ポケモンマルチナビ和大吾对话然后去カナズミシティ（一号道馆城市）カナズミシティ
1：去西北部的大楼前和大吾对话
2：进去接到社长委托去石の洞窟（第一次遇见大吾的地方）
石の洞窟
1：最深处进行战斗，战斗后获得陨石碎片
2：再次利用高科技和大吾对话然后前往トクサネシティ（宇宙中心的城市）
トクサネシティ
1：去宇宙中心
2：和1楼最右边的妹子对话后上楼和博士对话以及一堆剧情
3：和大吾对话后前往流星の滝
流星の滝
1：攀瀑到上流然后一直前进
2：洞窟内部和大吾以及流星之民后裔对话
3：在流星之民处向南跳下途中能捡到化石翼龙MEGA石
4：出来后前往カナズミシティ（一号道馆城市）
カナズミシティ
1：去找社长进楼三连战
2：和社员对话后前往トクサネシティ（宇宙中心城市）
トクサネシティ
1：在东边发生剧情追着对应的队伍进入宇宙中心
2：1L最右边战斗
3：上楼对话，战斗
4：战斗后回答迷之少女的问题，之后前往对应反派基地
敌方基地
1：一路A进去
2：打倒BOSS后依据版本获得不同MEGA石
3：再次用高科技和大吾对话，之后前往トクサネシティ（宇宙中心城市）トクサネシティ
1：上宇宙中心2楼对话后前往ルネシティ（第八道馆城市）
ルネシティ
1：在北方大树下和变态对话之后前往131水道
131番水道
1：向北走然后登陆小岛
2：和在门口的变态对话并战斗
3：战斗后穿过洞穴前往空柱
空柱
1：一边和迷之少女对话一边爬楼。
2：在楼顶回答问题，然后和70级MEGA绿毛虫战斗，据日站说打死或者逃跑的话绿毛虫也会无限复活到你抓到为止。
3：捕获后从少女处学到画龙点睛，之后进行战斗。
4：战斗后乘着绿毛虫飞到宇宙，在陨石中心和代欧奇希斯战斗。
5：战斗后回到空柱，然后Δ章ED，回到初始城镇。
三周目
ミシロタウン
1:下楼和老爹拿票
2：老娘给MEGA石（版本不同有区别）
3：出门去101路
101番道路
1：再次拯救博士……并且选择御三家
バトルリゾート（边疆）
1：从任意港口登船。
2：下船处和小光对话，之后和反派对话，然后拿版本对应MEGA石。
3：过桥往北走，然后在上岛的地方的男性处获得バトルレコーダー（战斗记录仪？）。
4：在东边沙滩发生时间，回答漂流者问题，然后前往东边过桥处的小屋，接受漂流者送MEGA石。
5：去岛的东北沙滩的小屋中，捡到MEGA石。
6：去岛中央的战斗屋，在入口处和四天王的老一对话，挑战战斗屋。
ポケモンリーグ
1：打败四大天王和大吾后进入殿堂。
2：ED ED后回到初始城镇。
暂时无四周目信息。
《口袋妖怪：红蓝宝石》平行世界说，LZ在日本博客上看到的，转一下给大家看看
首先是这个图，大家都懂的
“战斗边疆的战斗设施升级正在计划中”这是被大家日经了好几天的消息了。然后在DELTA章中，传承者曾有过这样的台词：
“这个世界以外还有一个世界”
“与我们居住的芳园大体相同”
“那里生活着差不多的人和PM”
“比方说，那里的PM的进化路线与那边稍有不同”(应该指的是笨笨鱼→美纳斯)
“MEGA进化不存在的世界”
“并且3000年前没有那场战争”
“没有做出最终兵器的世界上的芳园”
简单说来，也就是3000年前的那场战争所使用的最终兵器的副作用诞生了MEGA进化。那么如果是3000年前没有发生战争的世界线的话。也就是说，不存在MEGA进化的芳园地区也是在世界线中存在的。明明是很明显的现代世界观，但是设定却在差不多十年前。
所以现在战斗边疆设施还没造好是可以接受的。也就是说ORAS的芳园地区，是技术水平比2002年以前的芳园地区高的芳园地区。此外技术发展落后的2002年芳园地区(红宝石·蓝宝石的芳园地区)是在别的时间轴。
以下是其他证据：
这是一只三代传到六代ORAS的针叶王。上面的说明是，“从芳园地区穿越时空远道而来”
