土壤洗涤法提高DNA回收率
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土壤dna提取方法土壤DNA提取是指从土壤样本中获取土壤微生物DNA的过程。
它是研究土壤微生物群落结构和功能的关键步骤之一。
土壤微生物是土壤生态系统的重要组成部分,对土壤养分循环、生物地球化学循环和土壤质量具有重要影响。
因此,研究土壤微生物DNA有助于深入了解土壤生态系统的功能和稳定性。
土壤DNA提取方法可以根据不同的研究目的选择不同的方法。
下面我将介绍几种常用的土壤DNA提取方法。
1. CTAB法:CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法是最经典的土壤DNA提取方法之一。
它的原理是利用CTAB与DNA形成离子对,离子对会与蛋白质、多糖等溶于水的杂质结合,然后通过离心去除杂质,最后用溶剂将DNA沉淀下来。
这种方法的优点是提取得到的DNA质量较高,适用于较小的土壤样本。
但是,它的缺点是操作步骤繁琐,耗时长。
2. 磁珠法:磁珠法是一种常用的高通量土壤DNA提取方法。
它利用表面带电的磁珠与DNA结合,通过磁场将DNA捕获在磁珠上,然后用洗涤缓冲液去除杂质,最后用洗脱缓冲液将DNA从磁珠上溶解下来。
这种方法的优点是操作简单、快速,适用于大规模样本处理。
然而,提取得到的DNA质量可能较低,因为磁珠结合的特异性可能不如其他方法。
3. 快速法:快速法是一种在提取过程中省去DNA纯化步骤的方法。
其中,一种常用的快速法是表面粘贴法。
该方法通过在提取缓冲液中添加琼脂糖,并将土壤样本与缓冲液充分混合,将DNA留在微粒的表面上,然后通过离心将DNA粘在微粒上,最后用洗涤缓冲液去除杂质。
快速法的优点是操作简单、快速,适用于大规模样本处理。
但是,提取得到的DNA可能带有较多的杂质,对后续分析可能产生影响。
除了上述介绍的几种常用的土壤DNA提取方法外,还有其他一些特殊情况下使用的方法。
例如,对于硅酸盐土壤样品,可以使用硅酸盐法提取DNA;对于高含沙量的土壤样品,可以使用聚乙二醇(PEG)沉淀法提取DNA。
这些方法在不同的研究条件和样品类型下都有着特定的优势。
土壤DNA提取方法汇总土壤中的DNA提取是研究土壤微生物群落结构和功能的重要步骤之一、本文将对目前常用的土壤DNA提取方法进行汇总,并介绍其原理、优缺点以及适用性。
1.CTAB法CTAB(氯化己基三甲基铵)法是最常用的土壤DNA提取方法之一、其原理是利用CTAB与蛋白质和多糖发生作用,使DNA与其他组分分离。
该方法的优点是提取得到的DNA纯度高、适用性广。
缺点是操作步骤多,时间长,适用于提取含有较多植物残渣的土壤。
2.基于磁珠的DNA提取方法基于磁珠的DNA提取方法利用磁珠表面修饰特定的配体来提取DNA。
该方法的优点是操作简单、快速,适用于大样本数量的高通量提取。
缺点是DNA提取量可能较少,且磁珠的价格较高。
3.基于柱式纯化的DNA提取方法基于柱式纯化的DNA提取方法利用离心共沉淀、结合柱过滤和洗脱等操作步骤将DNA分离、纯化。
该方法的优点是操作简单、纯度高、适用性广。
缺点是提取过程中可能有一定的DNA损失,适用于土壤中DNA含量较高的样品。
4.基于酚/氯仿的DNA提取方法基于酚/氯仿的DNA提取方法通过酚提取蛋白质,然后用氯仿提取DNA。
该方法的优点是操作简单、时间短。
缺点是提取得到的DNA纯度较低、约30%-50%,适用于低含量的DNA提取。
5.基于快速筛选管的DNA提取方法基于快速筛选管的DNA提取方法是一种快速、高通量的DNA提取方法。
该方法将土壤样品与诸如琼脂、蛋白酶和密度调节溶液等混合,然后离心过滤来净化DNA。
该方法适用于大样本数量,但提取得到的DNA纯度可能较低。
6.基于盐法的DNA提取方法基于盐法的DNA提取方法利用高盐溶液和酒精共同作用来提取DNA。
该方法的优点是操作简单,适用性广。
缺点是提取得到的DNA纯度较低、约60%-70%。
适用于含有较少结构复杂的土壤样品。
7.基于微环境酶法的DNA提取方法基于微环境酶法的DNA提取方法通过添加酶裂解细胞壁和膜来提取DNA。
该方法的优点是提取得到的DNA纯度高、适用性广,适用于含有许多植物遗传物质的土壤。
实验室土壤DNA提取方法引言:土壤DNA提取是土壤微生物研究的重要步骤之一、随着分子生物学和生物技术的飞速发展,土壤DNA提取方法也在不断更新和改进。
本文将介绍几种常用的实验室土壤DNA提取方法,并对其优缺点进行分析。
1.简化版CTAB方法CTAB(Cetyltrimethylammonium bromide)方法是最早用于植物基因组DNA提取的方法之一,后来也被应用于土壤DNA提取。
该方法的主要原理是CTAB与蛋白质结合,沉淀DNA。
该方法适用于各种土壤类型,但操作繁琐,时间长。
在简化版CTAB方法中,可以只使用CTAB和柠檬酸溶液进行土壤细胞破碎和沉淀DNA。
优点:适用于多种土壤类型,提取效果较好。
缺点:操作繁琐,时间长。
2.快速离子交换层析法快速离子交换层析法是一种快速、高效的土壤DNA提取方法。
该方法利用离子交换层析介质的特异性吸附性质,选择性地提取DNA。
该方法不需要昂贵的实验室设备,操作简便,快速。
优点:操作简便快速,不需要昂贵的实验室设备。
缺点:提取效果受土壤样品质量的影响较大。
3.商用土壤DNA提取试剂盒商用土壤DNA提取试剂盒是目前最常用的土壤DNA提取方法之一、这些试剂盒根据不同原理设计,一般包括土壤细胞破碎缓冲液、蛋白酶、DNA结合试剂等。
使用时只需要按照说明书的步骤操作即可,具有方便、快速的特点。
同时,商用试剂盒通常能保证较高的提取效率和较低的污染率。
优点:操作简便快速,提供高效率的DNA提取。
缺点:试剂盒价格较高。
4.冷冻磨砂法冷冻磨砂法是一种相对简单、快速的土壤DNA提取方法。
该方法利用液氮的低温和研钵的摩擦破碎土壤细胞,释放DNA。
提取过程中需要尽快将土壤样品置于液氮中进行冷冻,以避免DNA降解。
优点:操作简便快速。
缺点:需要较多的液氮。
结论:不同的土壤DNA提取方法各有优缺点,选择适合自己实验室的方法需考虑到实验目的、样品类型和实验室条件等因素。
因此,实验人员应了解不同提取方法的原理和应用,并结合实际需要选择合适的方法进行土壤DNA提取。
土壤DNA提取的解决专家简介土壤样品含有大量的微生物,其中绝大部分的微生物都是无法直接培养进行繁殖和研究。
从土壤样品中提取DNA是研究土壤微生物最为有效的方法。
目前从土壤样品中提取微生物DNA的方法主要有直接法和间接法。
直接法是指把土壤样品放在裂解液中,经过有效的破壁方法使微生物的DNA全部释放到裂解液中,然后再进行分离提取,如Zhou的方法。
间接法是指将土壤放在一种的缓冲液中,如Buffer PBS等,把微生物从土壤中分离出来,然后再进行DNA的提取。
间接法可大大降低土壤中腐殖酸,重金属盐对DNA 提取带来的影响,但是这种方法会丢失许多微生物,得到的DNA 并非土壤样品中的全基因组(宏基因组),目前已经很少研究者会采用这种方法。
从土壤样品中直接提取DNA可最大可能性地获得全基因组,但是这种方法却面临以下几个问题:1.腐殖酸的污染。
土壤中,特别是森林,草地土壤含有非常丰富的腐殖酸。
腐殖酸是一系列的有机物分子,部分分腐殖酸同核酸分子非常类似,在纯化过程中非常难于去除。
微量的腐殖酸污染都会导致下游应用,如PCR,酶切的失败。
2.裂解方法。
土壤样品中含有各种微生物,如细菌和真菌等。
革兰氏阳性细菌和真菌都含有非常厚的细菌壁,让这些微生物的细胞壁有效破裂是提取高产量宏基因组DNA的关键。
由于土壤样品的复杂性,使用酶法(如溶菌酶,破壁酶,蜗牛酶)或液氮研磨都不可行,因为土壤中含有各种金属离子或抑制因子导致消化酶的活性失活,或土壤中的沙粒等会导致液氮研磨很难进行。
3.DNA得率难于控制。
土壤样品或因肥沃,或因贫瘠,或因含水量丰富,或因干枯,或因取样的深浅度,都会造成微生物数量和品种发生剧烈改变。
在一个小范围的土壤样品DNA含量往往会差别成千上百倍。
此外,某些土壤中含有的化学成分,如重金属盐,粘土物质都会造成DNA得率降低。
Magen公司的HiPure Soil DNA Kit采用硅胶柱纯化技术,是专门为土壤DNA提取为设计的。
实验室土壤DNA提取方法实验室土壤DNA提取方法是一种用于从土壤中提取DNA样品的技术。
这是一项重要的技术,因为土壤中的DNA可以提供有关土壤生物多样性、微生物群落结构和功能以及植物和动物遗传信息的重要信息。
下面将介绍一种常见的实验室土壤DNA提取方法。
1.样品预处理:-收集土壤样品,并尽可能在采样后尽快进行处理,以防止DNA的降解。
-选择一个代表性的土壤样品,并将其通过筛网去除大颗粒物质。
-将筛选后的土壤样品以适当的方式保存,通常可以在低温下冷冻保存。
2.细胞破碎:- 将约10克的土壤样品加入到一根离心管中,加入适量的细胞破碎缓冲液,如Tris-EDTA缓冲液。
-使用搅拌器或振荡器将样品彻底混合,以确保土壤颗粒和细胞完全被破碎。
-将混合后的样品通过离心将颗粒物质沉淀在底部,上清液转移到新的离心管中。
3.DNA纯化:-使用商业化的DNA提取试剂盒,按照厂家说明书的指导进行操作。
这些试剂盒通常包含各种缓冲液、酶和柱子等,可以高效地提取DNA。
-将上清液转移到新的离心管中,并加入适量的蛋白酶和蛋白酶K,以去除样品中的蛋白质。
-加入适量的盐溶液,以沉淀DNA。
沉淀后,使用吸管将上清液抽走。
- 将DNA沉淀物重新悬浮在适量的缓冲液中,如TE缓冲液(10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA,pH 8.0)。
4.DNA质量和浓度检测:-使用紫外-可见分光光度计测量DNA的浓度和纯度。
纯度可以通过A260/A280比值来评估,纯度范围在1.8-2.0之间较为理想。
-可以使用琼脂糖凝胶电泳等方法来检测DNA的大小和完整性。
需要注意的是,不同类型的土壤样品可能需要稍微不同的处理方法。
例如,含有高浓度有机物的土壤可能需要额外的酶处理步骤,以去除有机物的干扰。
此外,一些土壤样品可能需要通过使用特殊试剂或方法来克服DNA提取中的抑制剂。
总的来说,实验室土壤DNA提取方法是一项复杂的技术,需要仔细操作和优化。
通过正确地执行这些步骤,可以成功地从土壤样品中提取高质量的DNA,并为后续的分子生物学研究提供可靠的样品。
土壤总DNA的几种提取方法1.CTAB法CTAB法是一种常用的土壤总DNA提取方法。
该方法使用CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)缓冲液,可以有效去除土壤中的蛋白质、多糖和有机酸等干扰物质。
首先将土壤样品与CTAB缓冲液混合,然后进行细胞破碎、去蛋白、去RNA等步骤,最后通过苯酚-氯仿提取和酒精沉淀来纯化土壤DNA。
2.醋酸盐法醋酸盐法是一种简单、快速的土壤DNA提取方法。
该方法通过醋酸盐缓冲液以及Tween 20和SDS等表面活性剂,可以迅速裂解土壤颗粒并去除蛋白质、多糖等杂质。
该方法的优点是操作简单、提取时间短,适用于大批量样品。
3.快速CTAB法快速CTAB法是对传统CTAB法的改进。
该方法中加入Na2EDTA可以有效去除DNA上的脱氧核酸酶,从而保护土壤DNA的完整性。
与传统CTAB法相比,快速CTAB法可以在较短的时间内提取优质土壤DNA。
4.商业化土壤DNA提取试剂盒近年来,越来越多的商业化土壤DNA提取试剂盒被开发出来。
这些试剂盒对土壤样品进行了优化处理,可以快速、高效地提取土壤总DNA。
商业化试剂盒通常使用快速离心和滤膜等技术,可提高DNA的纯度和产量,并且操作简单,适用于初学者和大批量样品处理。
5.玻璃珠法玻璃珠法是一种机械破碎法,适用于多样品同时提取。
该方法先将土壤样品与玻璃珠放在试管中,通过震荡破碎方式将细菌和DNA释放出来。
然后通过离心和滤膜等步骤来纯化土壤DNA。
6.CTAB-SDS混合法CTAB-SDS混合法是结合了CTAB法和SDS(十二烷基硫酸钠)法的优点的土壤DNA提取方法。
CTAB-SDS混合法使用CTAB缓冲液同时包含CTAB 和SDS两种表面活性剂,在去除蛋白质的同时也可以有效裂解囊泡等难以破碎的结构,提高土壤DNA的纯度和产量。
总之,土壤总DNA的提取方法有很多种,选择适合的提取方法需要考虑土壤样品的特性、实验目的以及实验室设备和经验等因素。
同时,为了保证提取的DNA质量,需要注意样品的保存和处理过程中的卫生和无菌操作。
碱液加热煮沸法(Direct Cellular Lysis/Protein Extraction Protocol for Soil)1、称取3g(可根据实际情况,按比例增减土样的用量)新鲜土样(采集后放于-4℃保存,一周内用于DNA提取),装于50ml离心管中,然后向装有土壤样品离心管中加入37℃预热的10mlDNA提取液(100mmol/LTris[pH8.0],100mmol/L disodium EDTA,200mmol/L NaCl,2%[W/V] PVP,2%[W/V] CTAB,2%巯基乙醇[V/V],6mg/ml溶菌酶)(1 2)2、漩涡振荡混匀,然后再37℃下水浴40min,水浴期间,每隔10分钟左右,混匀样品;3、水浴结束后,加入10ml SDS buffer(100mmol/L Tris [pH 8.0],100mmol/L EDTA,200mmol/L NaCl,2%[W/V] SDS,160ug/ml的蛋白激酶K),65℃水浴1.5h,每隔20min上下颠倒混匀一次,注意不要剧烈的震荡,以免DNA断裂;4、室温下,6000g离心10分钟,收集上清液;5、按上述方法再将土样残渣抽提一次(重复2、3、4,提取液由10ml变为6ml),合并上清液;(以上步骤为细胞的裂解以及蛋白质、脂类以及腐植酸等杂质的去除)6、在上清液中加入等体积的苯酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)(去蛋白质以及直链淀粉),颠倒混匀放置10min,16000g 18℃离心20min,收集水相;7、再加入等体积的氯仿/异戊醇(24:1),抽提一次,颠倒混匀放置10min,16000g 18℃离心20min,收集水相;8、用加入0.6倍体积的预冷(-20℃)异丙醇和0.1倍体积的3M醋酸钠(pH5.2)室温沉淀1-2h(到有白色沉淀出现),16000g 25℃离心20min,弃上清液;9、用75%乙醇漂洗2-3次,真空干燥或者是冷冻干燥,或者是室温自然干燥,加dd水或者是TE缓冲液重悬浮(体积为100-500ul,根据DNA的量决定),备用(或者是根据实验需要过DNA纯化柱)。
改良CTAB-SDS法1、称取1 g土壤样品,加1ml DNA提取液(0.1 mol/L Tris-Hcl;0.1 mol/L EDTA;0.1 mol/L 磷酸钠;1.5 mol/L Nacl;1%CTAB;pH 8.0,将各种试剂按配置的体积数称量混合即可。
),在漩涡震荡仪上混匀。
2、加入100ul溶菌酶温和37℃裂解30min,液氮冷冻10 min,65℃水浴10 min,反复冻融3次。
3、加入20% SDS缓冲液溶液100µl,65℃水浴2h,每20 min轻轻颠倒几次。
8000 r/min离心10 min,取上清。
4、剩余残渣中再加500µl DNA提取液和100µl SDS 缓冲液,65℃水浴30 min,8000 r/min室温离心10 min,取上清,合并两次的上清液。
5、等体积的氛-氯仿-异戊醇(25:24:1)抽提2至3次(氯仿:异戊醇(24:1)抽提一次),静置10min,12000rpm,10min取上清。
6、加入0.1倍体积的NaAc和0.6倍体积的无水乙醇混匀,4℃沉淀过夜。
7、13000 r/min离心5 min,70%乙醇清洗2次,30µl ddH2O溶解。
8、提取粗DNA在0.6%(1%)的Agrose,70 V(100V)电压下电泳1.5 h(40min)。
注意事项:这个千万不要4℃过夜啊,4℃过夜你会发现很多的絮状悬浮物,我之前犯过类似错误,这个是SDS和高浓度的盐在低温条件下析出来了。
室温放置1-2h就好。
提取土壤微生物总DNA的纯度和浓度检测对提取的土壤微生物总DNA进行琼脂糖凝胶电泳检测,同时采用紫外分光光度计分别测定提取土壤微生物总DNA稀释液在230 nm,260 nm,280 nm处的光密度值。
以OD260/OD280(DNA/蛋白质),OD260/OD230(DNA/腐植酸)比值检测DNA纯度。
DNA浓度=OD260值×50µg/ml×80×DNA 溶液体积/干土质量[68]试剂的配置:1、0.1 mol/L Tris-HclTris(三羟甲基氨基甲烷),Mr = 121.14,称取12.114g Tris溶解900ml的蒸馏水中,加水定容至1000ml。
土壤DNA的提取方法1.CTAB法CTAB(正十六烷基三甲基溴化铵)法是最常用的土壤DNA提取方法之一,其基本步骤如下:(1) 取约10 g土壤样品,加入30 ml预先加热的CTAB提取液(CTAB、Tris-HCl缓冲液、EDTA、NaCl和β-巯基乙醇)。
(2) 将混合物在50°C水浴中孵育1小时,然后加入1.5 ml氯仿混合均匀,并离心10分钟。
(3)将上清转移到新离心管中,加入等体积的异丙醇混合均匀,然后离心10分钟。
(4)弃去上清,加入70%乙醇洗涤两次,离心10分钟,弃去上清后干燥沉淀。
(5)加入适量TE缓冲液重溶沉淀,取一小部分进行质检,其余分装入冻存管中保存。
2.快速提取法快速提取法是一种简化了传统CTAB法的土壤DNA提取方法,其基本步骤如下:(1) 取约2 g土壤样品,加入适量的提取缓冲液(包含Tris-HCL缓冲液、SDS、pH调节剂等)。
(2)将混合物在65°C水浴中孵育一定时间,加入异丙醇与沉淀。
(3)将混合物离心,弃去上清,加入70%乙醇洗涤,离心后弃去上清并干燥沉淀。
(4)加入TE缓冲液重溶沉淀,分装入冻存管中保存。
3.商用DNA提取试剂盒法商用DNA提取试剂盒法是一种简单、快速的土壤DNA提取方法,市面上有很多品牌可供选择。
通常的操作步骤如下:(1)取约0.5g土壤样品,加入适量的提取试剂缓冲液,根据试剂盒说明进行操作。
缓冲液中的成分通常包括维持DNA稳定性的蛋白酶抑制剂、表面活性剂和助提剂等。
(2)混合物经过一系列离心、洗涤和干燥步骤,最后加入适量的重溶缓冲液溶解DNA,并进行后续的质检和保存。
除了上述方法外,还有其他一些改进的土壤DNA提取方法被用于特定的研究需求,例如使用聚乙二醇(PEG)提取法、硅胶凝胶膜提示法等。
此外,在土壤DNA提取的过程中需要注意以下几点:-样品收集时应保持无污染状态,避免外源性DNA的污染。
-所选的DNA提取方法要符合研究需求,例如提取总DNA或特定微生物群体的DNA。
实验室土壤DNA提取方法1.样品收集和处理:首先,选择代表性的土壤样品进行采集。
可以使用一支消毒过的勺子或铲子,在表层土壤(0-10厘米深度)从多个点上采集土壤样品。
将采集的土壤样品放入带有滴涤酒精的消毒塑料袋中,密封并标记。
2.去除有机污染物:将收集的土壤样品放在室温下放置48小时,以除去土壤中的有机污染物。
然后,使用筛网(孔径为2毫米)将土壤样品筛选,以去除大颗粒物。
3.细胞破碎:将筛好的土壤样品放入5毫升的离心管中,加入细胞破碎缓冲液(含有Tris-HCl缓冲液、EDTA、蛋白酶K和SDS),并加入玻璃珠。
用震荡器将土壤样品在高速震荡下破碎数分钟,直至土壤样品完全均质。
4.DNA提取:将土壤样品离心10分钟,以除去残余的土壤颗粒物。
将上清转移到新的离心管中。
加入NaCl和CTAB(cetyltrimethylammonium bromide)缓冲液,并轻轻倒置混匀。
将样品在65摄氏度的水浴中孵育30分钟。
加入异丙醇并轻轻倒置混匀,然后继续孵育5分钟。
用塑料吸管吸取上层的异丙醇溶液,避免吸取到DNA混淆物。
将异丙醇溶液转移至新的离心管中,并加入冷异丙醇,使DNA沉淀。
将离心管放置在-20摄氏度的冰箱中,孵育至少2小时,以沉淀DNA。
使用离心机将混悬液离心10分钟,以将沉淀的DNA分离出来。
去除上清液,并用70%乙醇洗涤DNA沉淀,以去除异丙醇和其他杂质。
将洗涤后的DNA沉淀风干,然后加入含有TE缓冲液(含有Tris-HCl和EDTA)的管中重溶。
对DNA溶液进行浓度和纯度检测,可以使用比色法或分光光度计来确定DNA的浓度和 A260/A280比值。
将DNA溶液储存在-20摄氏度的冰箱中,以便后续分析。
土壤DNA提取具有许多优点,如操作简单、成本低廉,并且可以获得大量的DNA,适用于各种微生物的遗传分析。
然而需要注意的是,土壤样品中存在有机物和多种离子,可能会对DNA提取的效果产生影响,因此在提取过程中需要仔细操作,以确保提取到高质量的DNA。
土壤dna提取原理
土壤DNA提取是一种用于提取土壤中的DNA分子的技术。
它主要基于以下原理:
1. 细胞破碎:首先,土壤样品需要经过细胞破碎步骤,以使细胞膜破裂,使DNA能够被释放出来。
这可以通过物理或化学
方法进行,如震荡、振荡或使用酶解剂。
2. DNA纯化:一旦DNA释放,必须通过纯化步骤来去除其他的污染物,如蛋白质、RNA等。
这通常通过DNA的亲合性纯化或使用离心、过滤等方法来实现。
3. DNA溶解:在纯化步骤之后,DNA通常以溶液的形式存在。
这是为了方便后续的DNA分析,如PCR反应等。
4. DNA浓缩:土壤样品中的DNA通常量很低,因此在分析之前需要进行浓缩。
这可以通过吸附于胶体粒子上或使用商业化的DNA浓缩试剂盒来实现。
5. DNA保存:最后,提取的土壤DNA需要妥善保存以防止降解。
在-20°C或更低的温度下存储,并使用RNA酶抑制剂、
抗氧化剂等添加剂来保护DNA的完整性。
通过以上步骤,可以成功地提取出土壤样品中的DNA,并用
于后续的分子生物学研究,如环境监测、物种鉴定等。
丙烯酰胺dna的回收1.引言1.1 概述丙烯酰胺DNA的回收是一种重要的生物技术手段,它可以帮助我们有效地提取和回收丙烯酰胺DNA,从而为遗传工程和基因组学研究提供支持。
丙烯酰胺DNA是一种富含碱基对(如腺嘌呤-胸腺嘧啶,鸟嘌呤-胸腺嘧啶等)的无机聚合物,其在基因组学和生物工程中具有极高的价值。
丙烯酰胺DNA的回收技术主要通过特殊的化学反应和生物学分离技术来实现。
在丙烯酰胺DNA的回收过程中,首先需要对DNA样品进行处理,使其处于可回收状态。
然后,通过添加特定的试剂或酶,使DNA 与其他杂质分离,从而实现回收目的。
最后,通过适当调整温度、离心和过滤等步骤,将目标DNA从溶液中提取出来,得到纯净的丙烯酰胺DNA。
丙烯酰胺DNA的回收技术具有许多独特的优势。
首先,它能够回收并保持较长的DNA片段,有助于准确、可靠地进行遗传工程和基因组学研究。
其次,回收出的丙烯酰胺DNA纯度高,杂质含量低,可以提供可靠的实验数据。
此外,该技术还可以快速高效地回收大量的丙烯酰胺DNA 样品,提高实验效率。
然而,丙烯酰胺DNA的回收技术也存在一些挑战和限制。
首先,由于DNA在不同条件下的稳定性不同,回收过程中需要仔细控制反应条件,以确保DNA的完整性和稳定性。
其次,回收过程中可能存在一定的损失,需要针对不同的实验要求进行优化,以最大限度地提高回收率。
此外,该技术在应用于复杂的生物样品时可能面临样品处理和分离的困难。
总之,丙烯酰胺DNA的回收是一项重要的生物技术,它为遗传工程和基因组学研究提供了有力支持。
尽管存在一些挑战和限制,但通过不断优化和改进回收技术,我们可以更好地利用丙烯酰胺DNA,推动生物科学的发展。
1.2文章结构文章结构:本文将按照以下结构进行论述:第一部分是引言部分,包括概述、文章结构和目的。
在概述中,将简要介绍丙烯酰胺DNA的意义和重要性,并指出回收丙烯酰胺DNA的必要性。
在文章结构中,将阐述本文的整体结构和各个部分的内容。
四种提取土壤DNA的方法OMEGA试剂盒法1称取500mg玻璃珠于15ml离心管中,加入0.2-0.5g土壤样品。
加1ml Buffer SLX Mlus,以最大转速涡旋震荡3-5min,以溶解土样。
2.加入100μl Buffer DS,震荡混匀。
3.70o C水浴10min,水浴过程中,轻轻震荡。
4.于室温离心(3000rpm)3min,上清吸取800μl至2ml离心管,加入270μl Buffer SP2,充分震荡混匀。
5.冰浴5min, 4o C、12000rpm离心5min。
6.小心将上清移至新的2ml离心管中,加入0.7倍体积异丙醇,反复颠倒混匀(轻轻地20-30次),于室温放置30min。
7.4o C、12000rpm离心10min,以沉淀DNA。
8.弃上清,确保不将DNA团块倒掉,将管口至于卫生纸上1min,以流干液体。
9.加入200μl Elution Buffer于管内,轻轻震荡10s。
10.加入50-100μl HTR Reagent ,轻轻震荡10S。
11.室温放置2min,12000rpm离心2min。
12.将上清移至新的离心管中,加入等体积XP2 Buffer,轻轻震荡混匀。
13.将上一步中的样品转移到插有柱子的收集管中,10000rpm室温离心1min,弃上清。
14.加入300μl XP2 Buffer, 10000rpm离心2min,弃收集管。
15.将柱子插入新的收集管,加入700μl SPW Wash Buffer(提前用无水乙醇配好), 10000rpm离心1min,弃上清。
16.重复上一步。
17.弃液体,12000rpm室温离心2min。
18.将柱子插入新的离心管中,加入30-50μl Elution Buffer于柱子中央,65o C水浴10-15min。
19.12000rpm离心1min,洗脱DNA,洗脱液保留。
20.重复步骤18、19。
周法1.称取5g土壤样品于50ml离心管中,加入13.5ml提取缓冲液(2%CTAB提取液pH8.0)和50μl蛋白酶K(20mg/ml),置于37o C恒温摇床上(水平放置),150-180rpm摇1h。
稻田土壤DNA的提取及nifA基因的PCR扩增魏志琴;宋培勇;杨秀荣;马莉莉【摘要】为弄清茅贡米土壤微生物群落结构和生物固氮等代谢活动机制,采用试剂盒、SDS高盐和土壤预处理+SDS高盐3种土壤DNA提取方法,以从贵州茅贡米基地采集的土样提取的宏基因组DNA为模板,进行nifA基因的PCR扩增,比较了3种土壤DNA提取方法的效果.结果表明,试剂盒提取的DNA扩增到约200 bp和900 bp的nifA基因片段,SDS高盐法、预处理+SDS高盐法提取的DNA仅扩增到约200 bp的nifA基因片段,土壤预处理对提高DNA纯度有一定的效果;3种方法都可以从土壤中提取到约23kb大小的DNA片段,但DNA得率和纯度存在一定的差异.%Three methods of DNA extraction from soils of paddy fields for production of Maogong rice variety were compared by PCR amplification of nifh gene taking DNA of metagenome as the template to study the community structure of soil microorganism and metabolic mechanism of biological nitrogen fixation. The results showed that the nifh. Gene segments with 200 bp and 900 bp could be amplified from the extracted DNA by a kit, but the nifh. Gene segments with 200 bp were amplified from the extracted DNA by SDS and pre-treatment + SDS methods only. The soil pretreatment had the certain effect on improvement of DNA purity. The DNA segments with about 23 kb were extracted from soils of paddy fields for production of Maogong rice variety by three tested extraction methods, but there was difference in DNA acquirement rate and purity between three extraction methods.【期刊名称】《贵州农业科学》【年(卷),期】2011(039)011【总页数】4页(P126-128,132)【关键词】茅贡米;稻田土壤;DNA提取方法;宏基因组;nifA基因;聚合酶链式反应【作者】魏志琴;宋培勇;杨秀荣;马莉莉【作者单位】遵义师范学院,生物系,贵州,遵义563002;遵义师范学院,生物系,贵州,遵义563002;遵义师范学院,生物系,贵州,遵义563002;湄潭求是高级中学,贵州,湄潭,564100【正文语种】中文【中图分类】S151.9+3茅贡米产于贵州省湄潭县永兴镇茅坝乡,具有米粒细长、色泽光亮和晶莹剔透等特点,其炊为米饭油润疏松、清香爽口,因在明嘉庆年间曾作为贡品进奉朝廷而得茅贡米之名。
DNA胶回收实验技术总结第一篇:DNA胶回收实验技术总结DNA胶回收实验技术总结一.提高胶回收量的办法:1)增加电泳时的上样量。
2)电泳缓冲液用新鲜配制的。
3)切胶时尽量只切有条带的胶,减小切胶体积:含目的片断很少的胶就不要要了,不然影响回收率。
4)把切的两块或多块胶融化后,无论多大的体积都用一个管子,转移到同一个柱子上。
5)溶胶时所加的溶液可多一点,这样更有利于DNA与膜的结合,不过一般不要多余750ul。
6)胶回收的关键是通过柱子的溶液的盐浓度、酸碱性(电荷)和疏水性使DNA与柱子结合,因此,若电泳缓冲液的PH偏高,可在溶胶液中加入10ul(PH 5.0,3mol/L的NaAC);为了使DNA分子更好的拦截在膜上,可以添加30%异丙醇在加热溶解胶后的液体里。
7)加洗脱液之前,将柱子在室温放置几分钟(大约需10分钟),以使乙醇充分挥发。
8)最后少加些洗脱液,尽量减少回收体积,一般用30-50μl洗脱液洗脱(不能太少,否则无法浸湿膜反而不利于洗脱);洗脱液滴在膜中央,以充分洗脱结合在膜上的DNA。
9)可以在加入洗脱液之后,可以在55度水浴5分钟或放在50度水浴10分钟以上再洗脱,或用封口膜密封4度过夜,第二天再离心回收,效果不错。
10)将离心后的洗脱液加回吸附柱,再次离心。
二.几种PCR 产物回收的详方法和步骤 1)普通胶回收如果要胶回收,最好还是用试剂盒,方便,回收率也略高,实在要手工回收,可以切胶后加入3倍体积TE,水浴熔化后,酚、酚/氯仿抽提干净,乙醇沉淀即可。
另外好像还有冷冻法,没作过,不是很清楚。
2)从低熔点凝胶回收DNA 纯化DNA片段加与凝胶体积相等的TE(10mmol/l Tris-HCl pH8.0,0.1mmol/l EDTA),置65℃水浴5分钟保温,使凝胶完全溶解。
待放至室温,加等量酚(TE饱和,TE封在上层,取下层酚),轻轻混匀(不用混匀),12000rpm,3分钟离心。
土壤DNA提取Part II 化学篇接着前一篇文章关于如何提高土壤DNA提取得率的话题。
我们已经十分彻底的谈了样品研磨裂解、选择研磨珠类型的重要性、研磨设备以及裂解缓冲液。
从中你也可以发现,裂解步骤是提高得率的最值得钻研的地方。
研磨裂解后最终DNA抽提前,需要清洗去杂。
这一步主要由抑制因子去除技术(IRT)完成。
跟着操作说明书流程走,抑制因子去除完成后,文章的再下一段就是使用化学溶液配合硅胶离心柱抽提DNA了。
去除抑制因子:把土壤样品研磨破碎后就可以进行PCR抑制因子去除工作。
所谓的腐植酸其实就是使得样品呈现棕色的物质。
如果样品中有植物残骸甚至生物薄膜(Biofilm),杂质中还会含多糖类物质。
MO BIO以及Powersoil kits之所以在同行、同类试剂盒中出类拔萃就是因为其抑制因子去除。
MO BIO实验室开发出了一个专利技术,叫抑制因子去除技术(IRT)。
它能从细胞裂解物中沉淀去除腐植酸、多糖、多酚等。
IRT技术分两步,先去除蛋白质和其它残骸,然后去除不溶性大分子絮状沉淀物。
IRT处理后,样品看起来就清亮很多了。
PowerSoil 和PowerWater经过实验计算使用了充足的IRS量来对付最最难搞的问题土壤。
若最终依然存在有抑制因子(PCR扩增检测),重复一次IRS步骤。
IRT的第一步需要低温来加强絮状物形成。
而第二步,我们建议不要延长孵育时间超过5min。
试验证明过长孵育时间会降低DNA得率。
中点?如果要临时中止实验,时间点最好是在IRS结束后,加入绑定液之前。
把溶解产物存放在-20℃留到第二天再做硅胶离心柱绑定。
绑定到硅胶薄膜上:此时,DNA已经可以过硅胶薄膜用于抽提了。
一般上一步得到的细胞裂解产物应该是清亮的(如果土壤有机物含量很多,有可能微微发黄)。
为了把DNA吸附到硅胶薄膜上,需要离液盐的帮助。
绑定液(C4溶液)与溶解产物的比例是得率的又一关键点。
绑定液用太多,会导致降解RNA过多回收;要是太少,大分子量的基因组DNA回收率就不高。
土壤总DNA的几种提取方法SDS 高盐法(方案1)具体步骤:称取1g 土壤,放入研钵中,倒入适量的液氮,立即研磨;再倒入适量的液氮,研磨,重复3 次,使土壤颗粒研成粉末;将13.5 ml 提取缓冲液(0.1 mol/L磷酸盐[pH = 8.0 ] ,0.1 mol/L EDTA [pH 8.0 ] ,0.1 mol/L Tris-HCl [pH 8.0 ] ,1.5 mol/L NaCl ,1.0 % CTAB) 和50μl 蛋白酶K(10 g/L ) 与5 g 土壤置于50 ml 的离心管中,放入37 ℃恒温摇床上, 225 r·min - 1振荡30 min ;加入1.5 ml20 % SDS ,轻轻混匀,65 ℃水浴加热2 h ,每隔15~30 min 轻轻摇匀1 次;5 000 r·min - 1离心10 min ,将上清液转入新的50 ml 离心管中;取4.5 ml 提取缓冲液加入原离心管,摇匀泥浆,加入0.5 ml 20 % SDS ,65 ℃水浴15 min ,用上述同样的离心速度离心10 min ,将上清液与原上清液合并;再重复此步骤1 次;用与上清液等量的三氯甲烷于离心管中混匀,5000 r·min - 1离心20 min ;收集上清液,并加入0.6 倍体积的异丙醇,室温静置1 h ;25 ℃下12 000 r·min - 1离心20 min ,倒出上清液,干燥后加入500μl 去离子水,溶解粘附于离心管壁的DNA 及其杂质,并收集于1.5 ml 的微型离心管中.变性剂加SDS 高盐法(方案2)具体步骤:取1 g 土样和等量的灭菌石英砂在研钵中混合,加入1 ml 变性剂(4 mol/L异硫青酸胍,10mmol/L Tris-HCl [pH 7.0 ] ,1 mmol/L EDTA[pH 8.0 ] ,0.5 % 2-巯基乙醇) ;液氮冰冻,研磨至溶解,重复3 次;转入50 ml 离心管中,加入9 ml 提取缓冲液(0.1 mol/L磷酸钠[pH 7.0 ] , Tris -HCl [ pH 7.0 ] , 0.1 mol /L EDTA [ pH8.0 ] ,1.5 mol/L NaCl ,1 %CTAB ,2 %SDS) ;65 ℃水浴1 h ,每10 min 轻轻混匀1 次;5 000 r·min - 1 离心10 min ,取上清;在原管中加入5 ml 提取缓冲液,混合后,65 ℃水浴10min ,离心,取上清,合入上述上清液;重复一次;加入等体积的氯仿混合,5 000 r·min - 1离心20 min ,取上清;加入0.6 倍体积的异丙醇,室温沉淀1 h ;20~25 ℃,12 000 r·min - 1离心20 min ,TE 溶解沉淀.SDS-酚氯仿抽提法(方案3)称取1g土壤样品,加入1ml 0.1mol/l PH8.0 磷酸缓冲液,玻璃珠振荡1min。