当前位置：文档之家 › 关于SNP-

关于SNP-

  • 格式：ppt
  • 大小：409.50 KB
  • 文档页数：35

下载文档原格式

  / 35

合集下载

关于SNP-文档资料

关于SNP-文档资料



依据排列组合原理一共可以有6种替换情况 A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和G/ T 但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C-T 转换为主 其原因是Cp G的C 是甲基化的,容易自发脱氨 基形成T
SNP发生频率 在动物基因组中分布广泛 如果随即抽取两个人的基因组对比,大概1000个 碱基就会出现一个SNP 如果样本数增加,SNP会继续增加 300-600bp即会出现一个SNP
关于SNP
李欣刚 2019年7月17日Biblioteka SNP概念

SNP，single nucleotide polymorphism，单核 苷酸多态性。是指基因组水平上由单个核苷酸 的变异所引起的DNA 序列多态性,在群体中的 发生频率不小于1 %。 包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等 转换是指同型碱基之间 G-A,T-C 颠换是指发生在嘌呤与嘧啶之间A-T、A-C、 C-G、G-T

关于单体型haplotype

人类基因组中,相邻近的SNPs等位位点倾向于以一个 整体遗传给后代。 位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP 等位位点被称作单体型( haplotype) 。 如果一个单体型有N 个变异位点,理论上就可能有n的 10次方种可能的单体型。实际上,大多数染色体区域 只有少数几个常见的单体型(它们代表了一个群体中 人与人之间的大部分多态性。一个染色体区域可以有 很多SNP位点,但是只用少数几个标签SNPs,就能够提 供该区域内大多数的遗传多态模式,这样将大大减少用 于基因型与疾病关联分析中的SNPs—基于板块理论。
疾病易感性研究中的应用


原理：SNPs 被认为是一种稳定遗传的早期突变,与疾 病有着稳定的相关性。当一个遗传标记的频率在患者 明显超过非患者时,即表明该标记与疾病关联,通过比 较分析两者的单倍型和研究连锁不平衡性,可将基因组 中任何未知的致病基因定位。 Horikawa 等，应用SNPs作为遗传标记通过基于连锁 不平衡的相关分析,在墨西哥裔美国人群和北欧人群中 发现了一个DM 易感基因———钙离子中性蛋白酶基 因(CAPN10 基因) ,该基因第三个内含子上的A/ G多 态性(SNP43) 同2 型糖尿病(2 型DM) 连锁,该位点为 纯合子G的个体患2 型DM 的风险增加,这是目前为止 所发现的第一个与2 型DM 相关的SNP ,预示了SNP 在DM 相关基因研究中的重要作用。

关于SNP-

关于SNP-

内切酶酶切技术

有RFLP、随机扩增多态性DNA (RAPD) 、引 物入侵分析技术( Invader assay) 和UCAN 等。

UCAN 用插入一段RNA 的DNA 作为聚合酶反 应的引物, 引物的3' 末端被化学基团封阻, 此反 应中用到了RNase H。在进行SNP 检测时, 若 靶DNA 和引物中的RNA 完全配对匹配, RNase H 消化引物RNA 部分而去除封阻的3' 末端, 使DNA 聚合酶的延伸反应得以进行。根 据延伸反应的进行与否就可以实现对SNP 的 检测。

焦磷酸测序
寡核苷酸连接反应

联合链式反应 滚环扩增
基于光谱和电子信号技术

质谱法(MALDI-TOF) , 其将变性的单链PCR 产物通过与硅芯片上的化合物SIAB 共价结合 后。在硅芯片上进行引物的退火、延伸反应、 突变部位配对的碱基与正常配对的碱基不相同。 根据引物在延伸反应中所结合的不同碱基的不 同质量在质谱仪上显示不同峰。

四引物扩增受阻突变体系PCR 技术 (ARMSPCR)在等位基因特异PCR 的基础上进 行了改进, 针对1 个SNP 位点设计2 个延伸方 向相反的内侧引物和2 个外侧引物, 用这4 个 引物在一个PCR 反应中进行扩增。针对不同 的已知突变, 设计适当的引物, 可以通过PCR 方法和电泳图谱直接达到区分突变性和野生性 的目的。
种族遗传学

Tang 等，研究了来自世界五个地区(中国、马 来、高加索、印度和非洲) 人群的MDR1 基因 的单倍体和连锁不平衡特征,发现具有e12/ 1236T2e21/2677T2e26/ 3435T 亚型的单倍型 mh5 在非洲人群以外的四种人群中高度表达, 而具有e12/ 1236C2e21/ 2677G2e26/ 3435C 亚型的单倍型mh7 在非洲人群中占了1/ 3 以上, 进一步证明了种族间的表形差异。

SNP-和-STR

SNP-和-STR

STR和SNPSNP:single nucleotide polymorphism单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。

它是人类可遗传的变异中最常见的一种。

占所有已知多态性的90%以上。

SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。

SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。

但通常所说的SNP并不包括后两种情况。

理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。

因此，通常所说的SNP都是二等位多态性的。

这种变异可能是转换(C T，在其互补链上则为G A)，也可能是颠换(C A，G T，C G，A T)。

转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异的SNP约占2/3，其它几种变异的发生几率相似。

Wang等的研究也证明了这一点。

转换的几率之所以高，可能是因为CpG二核苷酸上的胞嘧啶残基是人类基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。

在基因组DNA中，任何碱基均有可能发生变异，因此SNP既有可能在基因序列内，也有可能在基因以外的非编码序列上。

总的来说，位于编码区内的SNP(coding SNP,cSNP)比较少，因为在外显子内，其变异率仅及周围序列的1/5。

但它在遗传性疾病研究中却具有重要意义，因此cSNP的研究更受关注。

从对生物的遗传性状的影响上来看，cSNP又可分为2种：一种是同义cSNP(synonymous cSNP),即SNP所致的编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同；另一种是非同义cSNP(non-synonymous cSNP),指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响了蛋白质的功能。

snp-index置信区间计算

snp-index置信区间计算

SNP-index是指基于单个核苷酸多态性（SNP）的遗传风险评分，用于预测某种疾病的风险。

计算SNP-index的置信区间可以帮助评估其预测准确性和可靠性。

以下是计算SNP-index置信区间的步骤：
1. 确定研究样本的大小和SNP的数量。

2. 计算每个SNP的效应大小和标准化的效应大小。

3. 根据标准化的效应大小，计算每个SNP在SNP-index中的权重。

4. 将每个个体的SNP数据代入SNP-index公式中，计算出该个体的SNP-index值。

5. 对SNP-index进行统计分析，包括描述性统计、方差分析和线性回归分析等。

6. 根据分析结果，计算SNP-index的置信区间。

可以使用Bootstrap方法或Bayesian 方法进行计算。

7. 解释置信区间的含义和应用价值，例如可以用于评估SNP-index的稳定性和预测准确性。

SNP

SNP

有的人吸烟喝酒却长寿，也有人自幼就病痛缠身；同一种治疗肿瘤的药物对一些人非常有效，对另一些人则完全无效。

这是为什么？答案是他们基因组中存在的差异。

这种差异很多表现为单个碱基上的变异，也就是单核苷酸的多态性（SNP）。

SNP-单核苷酸多态性(SNP)全称Single Nucleotide Polymorphisms，是指在基因组上单个核苷酸的变异，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。

指在基因组上单个核苷酸的变异,包括置换、颠换、缺失和插入。

从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式,但实际上发生的只有两种,即转换和颠换,二者之比为2 :1。

SNP 在CG序列上出现最为频繁,而且多是C转换为T ,原因是CG中的C 常为甲基化的,自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。

一般而言,SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。

在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ,人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×10E6 个。

因此,SNP成为第三代遗传标志,人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关。

现在普遍认为SNP研究是人类基因组计划走向应用的重要步骤。

这主要是因为SNP将提供一个强有力的工具，用于高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及生物学的基础研究等。

SNP在基因组中分布相当广泛，近来的研究表明在人类基因组中每300碱基对就出现一次。

大量存在的SNP 位点，使人们有机会发现与各种疾病，包括肿瘤相关的基因组突变；从实验操作来看，通过SNP发现疾病相关基因突变要比通过家系来得容易；有些SNP并不直接导致疾病基因的表达，但由于它与某些疾病基因相邻，而成为重要的标记。

SNP在基础研究中也发挥了巨大的作用，近年来对Y染色体SNP的分析，使得在人类进化、人类种群的演化和迁徙领域取得了一系列重要成果。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP), 主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。

什么是SNP

什么是SNP

1.什么是SNP，关于SNP主要有哪些研究或运用？（话语不需要很学术，只要体现你的理解即可）单核苷酸多样性，single nucleotide polymorphism SNPs，是在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。

例如，在某个碱基位上，多数人是C，但少数人会是A，那么这就有个SNP。

SNP暗示了人对不同疾病的易感性，病的严重性和人对治疗的反应也会应基因信息的不同而异。

例如，在APOE 上的碱基突变与患阿兹海默风险正相关。

有些病是与一个SNP关联，有些是与多个snp共同关联，如骨质疏松。

特定的SNP等位基因可被认为是人类遗传疾病的治病因子，从个体中筛选这类等位基因可检查其对病的易感性。

SNP可作为遗传作图研究中的遗传标记帮助定位和鉴定功能基因。

推算3000个双等位SNP标记将足够进行人类全基因组作图。

应用：1.association studies，与疾病或特质的联系。

SNP 在noncoding region 有更高得癌症的风险，改变mRNA结构，或患病风险。

SNP在 coding region 会改变蛋白质形成和功能，可能导致功能紊乱或功能缺失。

2.法医取证方面，snp 可在证据样本较少的时候代替STR 来获知种族，表型（眼珠颜色，头发颜色 etc）甚至身份。

3 由于snp跟人体药物代谢有关，它也可以帮助个人制定适合的给药方案。

2.什么是OR值，其统计学意义是什么？（话语不需要很学术，只要体现你的理解即可）OR值（odds ratio）又称比值比、优势比。

是流行病学研究中病例对照研究中的一个常用指标。

OR=ad/bcOR值有可信区间(如95%CI)意义:OR值等于1，表示该因素对疾病的发生不起作用；OR值大于1，表示该因素是危险因素；OR值小于1，表示该因素是保护因素。

3.列举2-3个你使用过生物或生信相关软件，结合自己经历简要介绍它们的用途。

没用过生物相关软件4. 根据以下摘要，检索2-3篇相似类型的研究报道，附上文章标题与摘要，并注明检索使用的工具与关键词。

SNP相关知识总结

隐私保护的重要性
在SNP数据分析过程中，涉及到个体的基因信息，因此必 须采取严格的隐私保护措施，确保数据的安全性和保密性 。这包括对数据进行加密、限制数据访问权限等措施。
技术发展与标准化
技术进步推动研究
随着基因组学、生物信息学和相关技术的不断发展， SNP研究得以不断深入。新技术和方法的应用为SNP研 究提供了更多可能性，例如高通量测序技术、人工智能 和机器学习等。
Part
02
SNp的遗传学效应
基因型与表型
基因型
指生物体的遗传组成，由基因组合决定。
表型
指生物体的表现型，由基因型和环境因素共同决定。
遗传模式
01
02
03
单一等位基因遗传
一个基因位点上存在两个 等位基因，其中一个为显 性，一个为隐性。
共显性遗传
两个等位基因同时表达， 不存在显性与隐性的关系。
多态性遗传
其他检测技术
TaqMan探针法
基于荧光共振能量转移原理，通过特异性探针与待测基因组DNA进行杂交，通过 荧光信号变化进行SNP分型。
限制性片段长度多态性分析
利用限制性内切酶对基因组DNA进行切割，通过电泳分离后比较不同长度片段的 数量和分布，确定SLeabharlann P位点。Part04
SNp在医学研究中的应用
疾病预测与诊断
基因分型芯片技术
通过设计特定探针阵列，对基因组DNA进行捕获和杂交，再通过信号检测系统进行数 据分析，实现SNPs的快速分型。
基于测序的检测技术
第二代测序技术
也称为高通量测序技术，通过大规模平行测序平台，对基因组DNA进行全覆盖 测序，能够发现基因组中的所有SNPs。
第三代测序技术
采用单分子实时测序技术，具有更高的测序速度和准确性，适用于大规模SNP 筛查和高通量SNP分型。

SNP-2322资料

SNP-2321/2322变压器差动保护单元使用说明书一、概述适用范围SNP-2321/2322变压器差动保护装置是用于110kV及以下电压等级的双圈、三圈变压器成套差动保护装置，其中，SNP-2321为三圈变压器差动保护装置，SNP-2322为两圈变压器差动保护装置，可集中组屏，也可在开关柜就地安装，全面支持变配电综合自动化系统。

功能及特点1．SNP-2321/2322差动保护单元主要功能◆差动速断保护◆比率差动保护◆二次谐波制动的差动保护◆CT断线报警及闭锁差动◆非电量保护2．辅助功能◆差流越限告警◆装置故障告警◆故障录波◆保护定值和时限的独立整定◆自检和自诊断3．测控功能◆电量测量（遥测量）：高、（中）、低侧保护电流、差动电流、制动电流等◆遥信量：装置共有14路开入量4．通讯功能◆CAN总线，以及标准的RS485多机通讯接口5．特点◆采用分层分布式设计，可组屏安装或直接安装于开关柜上运行◆封闭、加强型单元机箱，抗强干扰设计，适用于恶劣环境，可靠性高、抗干扰能力强，符合IEC电磁兼容标准◆可以实现远方定值整定与修改◆事件顺序记录并上传SOE事件◆汉字液晶显示，键盘操作◆设有独立的起动元件用来开放继电器电源，提高装置的安全性二、基本原理 差动速断保护差动速断保护实质上为反应差动电流的过电流继电器，用以保证在变压器内部发生严重故障时快速动作于跳闸。

保护动作判据为：Id >Isdzd*高压侧额定电流式中Id 为差动电流，Isdzd 为差动速断电流定值（定值中设置为高压侧额定电流倍数）。

三相差流中任一相满足Id >Isdzd*高压侧额定电流，保护即出口动作。

(J1 J2 J3 )≥1RLP1跳主变高中低压侧差动速断A相差流>Isdzd B相差流>Isdzd C相差流>Isdzd比率差动采用常规比率差动保护，能可靠地躲过外部故障时的不平衡差动电流。

其动作方程如下： Id ＞Icdqd*高压侧额定电流 Id ＞Kb1*Ir式中：Id 为差动电流，Ir 为制动电流，Kb1为比率制动系数。

SNP-2313H设备说明书(DOC)

SNP-2313H线路保护装置使用说明书一、概述适用范围本装置适用于66kV及以下电压等级的经消弧线圈接地或不接地系统中的进线、馈线保护。

可集中组屏，也可在开关柜就地安装，全面支持变配电所综合自动化系统。

功能及特点1．保护功能◆三相三段式方向电流保护（速断、限时速断、过流反时限），带低电压闭锁功能◆三相三次重合闸(检无压，检同期，不检)，重合次数可设定，带后加速功能◆零序电压闭锁方向零序过流保护（报警，可选择跳闸）◆具有小电流接地选线功能◆低电压保护◆低压闭锁、滑差闭锁的低频减载保护◆过负荷告警2．辅助功能◆PT断线告警◆母线接地告警◆装置故障告警◆保护定值和时限的独立整定◆自检和自诊断3．测控功能◆电量测量：电压、电流、有功功率、无功功率、功率因数、电网频率等◆信号检测：装置共有8路开入量4．特点◆采用分层分布式设计，可组屏安装或直接安装于开关柜上◆封闭、加强型单元机箱，抗强干扰设计，适用于恶劣环境，可靠性高、抗干扰能力强，符合IEC电磁兼容标准◆可记录64次SOE事件◆汉字液晶显示，键盘操作◆设有独立的起动元件用来开放继电器电源，提高装置的安全性二、基本原理电流速断、限时速断、过流保护针对A 、C （或A 、B 、C ）相电流基波最大值，当任一相达到整定值，则定时器启动，若持续到整定时限，且相应保护的投退控制字处于投入状态，装置则发出跳闸控制信号，并记录和上传相应的SOE 事件。

若在整定时限内电流返回则复位计时器。

其中过流保护可通过低电压闭锁，并可选择反时限跳闸, 根据国际电工委员会标准(IEC60255-4)的规定, 本装置采用其标准反时限特性方程中的一般反时限特性方程(IDMT):p t Ip I t 114.002.0-⎪⎭⎫ ⎝⎛=式中Ip 为电流基准值,取过流定值,p t 为时间常数, 取过流时间定值。

跳线路开关(4)发事故信号速断＆RLP1≥1相间方向PT断线信号Ic>Idz0RLP2Ia>Idz0Ib>Idz0≥1＆跳线路开关(4)发事故信号＆tzd1限时速断≥1相间方向RLP3RLP5PT断线信号功率方向正Ia>Idz1Ib>Idz1Ic>Idz1≥1＆跳线路开关(4)发事故信号过流＆RLP6≥1相间方向RLP8PT断线信号功率方向正Ia>Idz2Ic>Idz2Ib>Idz2≥1＆任意线电压<RLP9IDMT.RLP 0RLP 0tzd2≥1图1 三段保护逻辑框图方向元件速断、限时速断、过流均有方向元件，并可投退。

上海南自SNP-3000系列产品说明书

SNP-3381发变组差动保护测控单元使用说明书一、概述适用范围SNP-3381发变组差动保护装置是用于中小型（100MW以下）水轮发电机(或汽轮发电机)－变压器组的差动保护装置，支持四侧差动保护。

可集中组屏，也可在开关柜就地安装，全面支持厂站综合自动化系统。

功能及特点1．SNP-3381差动保护单元主要功能◆差动速断保护◆比率差动保护◆二次谐波制动的差动保护◆CT断线报警及闭锁差动◆非电量保护2．辅助功能◆差流越限告警◆装置故障告警◆故障录波◆保护定值和时限的独立整定◆自检和自诊断3．测控功能◆电量测量（遥测量）：发电机侧及各分支侧保护电流、差动电流、制动电流等◆遥信量：装置共有14路开入量4．通讯功能◆CAN总线，以及标准的RS485多机通讯接口5．特点◆采用分层分布式设计，可组屏安装或直接安装于开关柜上运行◆封闭、加强型单元机箱，抗强干扰设计，适用于恶劣环境，可靠性高、抗干扰能力强，符合IEC电磁兼容标准◆可以实现远方定值整定与修改◆事件顺序记录并上传SOE事件◆汉字液晶显示，键盘操作◆设有独立的起动元件用来开放继电器电源，提高装置的安全性二、基本原理 差动速断保护差动速断保护实质上为反应差动电流的过电流继电器，用以保证在发变组内部发生严重故障时快速动作于跳闸。

保护动作判据为：Id >Isdzd*主变高压侧额定电流式中Id 为差动电流，Isdzd 为差动速断电流定值（定值中设置为主变高压侧额定电流倍数）。

三相差流中任一相满足Id >Isdzd*主变高压侧额定电流，保护即出口动作。

≥1RLP1差动速断A相差流>Isdzd B相差流>Isdzd C相差流>Isdzd(1、2、3、4、5)比率差动采用常规比率差动保护，能可靠地躲过外部故障时的不平衡差动电流。

其动作方程如下： Id ＞Icdqd*主变高压侧额定电流 Id ＞Kb1*Ir式中：Id 为差动电流，Ir 为制动电流，Kb1为比率制动系数。

  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。

内切酶酶切技术

有RFLP、随机扩增多态性DNA (RAPD) 、引 物入侵分析技术( Invader assay) 和UCAN 等。

UCAN 用插入一段RNA 的DNA 作为聚合酶反 应的引物, 引物的3' 末端被化学基团封阻, 此反 应中用到了RNase H。在进行SNP 检测时, 若 靶DNA 和引物中的RNA 完全配对匹配, RNase H 消化引物RNA 部分而去除封阻的3' 末端, 使DNA 聚合酶的延伸反应得以进行。根 据延伸反应的进行与否就可以实现对SNP 的 检测。
国际HapMap计划

HapMap：haplotype map 欧裔30/非裔30/亚裔30 中国卷-本所曾长青老师组 提供亚洲一般的样本 3号、21号、8号染色体短臂 中国卷占总任务的10%
SNP的意义（微观）

绝大多数位于非转录区，非编码区。 少数位于编码区。 编码区的意义，同义，错义，移码。 非转录区和非编码区的调控功能。
RT-PCR


实时荧光PCR 技术( RT-PCR )一种通过检测 PCR 过程中和PCR 之后产生的荧光信号来区 分等位基因类型的SNP 检测技术, 同时基于荧 光能量转移原理( FRET) 。每检测一个SNP 位 点需要一条探针, 其3‘ 端连有淬灭剂基团, 5’ 端连有荧光剂基团, 最终与SNP 位点完全匹配 时探针结构被破坏, 从而发出荧光而被检测。 包括TaqMan 探针技术, 分子信标术,Scorpion 探针
遗传育种的应用
水稻遗传育种中的应用 检测水稻SNP，研究优良性状与SNPs的关联关 系，指导育种。

SNPs检测方法
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9.
基于以下9 种基本原理: 以构象为基础; 基于PCR; RT-PCR; 等位基因特异性杂交; 内切酶酶切技术; 引物延伸法; 寡核苷酸连接反应; 基于光谱和电子信号技术; 基于物理技术。
物理技术


毛细管电泳，可以直接测序检测SNP 突变类 型及其位置, 效率达到100%。 原子探针显微镜测序 纳米探针电路检测
实验策略的选择和数据的遗传学分析
谢谢大家！
临床耐药研究中的应用

ABC 转运蛋白(ATP-binding cassette transporter 运方式跨膜转运多种分子(包括蛋白质、 多肽、糖、离子和抗生素) 。存在于哺乳动物、 细菌、真菌等多种细胞中。哺乳动物细胞中P糖蛋白( P-glycoproteins ,P-gp) 就属于ABC 转 运蛋白。MDR1编码完整的膜转运蛋白P-gp 。 临床上有许多药物是P-gp 的底物,因此P-gp 的 表达量和功能活性直接影响药物的效应。肿瘤 细胞高表达P-gp 导致对多种化疗药物耐药。
以构象为基础



基于SNP 位点引入DNA 分子后引起其构象的 改变或者Tm 值的不同, 从而表现在电泳迁移 率的不同或者和色柱的亲和力不同, 而将突变 体检测出来。 单链构象多态性( SSCP) 温度梯度凝胶电泳( TGGE) 变性高效液相色谱分析技术( DHPLC)
基于PCR

等位基因特异PCR ( AS-PCR) 根据PCR过程 中要求引物和模板之间的严格互补配对来实现。
疾病易感性研究中的应用


原理：SNPs 被认为是一种稳定遗传的早期突变,与疾 病有着稳定的相关性。当一个遗传标记的频率在患者 明显超过非患者时,即表明该标记与疾病关联,通过比 较分析两者的单倍型和研究连锁不平衡性,可将基因组 中任何未知的致病基因定位。 Horikawa 等，应用SNPs作为遗传标记通过基于连锁 不平衡的相关分析,在墨西哥裔美国人群和北欧人群中 发现了一个DM 易感基因———钙离子中性蛋白酶基 因(CAPN10 基因) ,该基因第三个内含子上的A/ G多 态性(SNP43) 同2 型糖尿病(2 型DM) 连锁,该位点为 纯合子G的个体患2 型DM 的风险增加,这是目前为止 所发现的第一个与2 型DM 相关的SNP ,预示了SNP 在DM 相关基因研究中的重要作用。
等位基因特异性杂交



等位基因特异性杂(Allele specific hybridization ,ASH) 根据核苷酸探针和互补的目的片段进行杂交， 完全匹配和有错配两种情况下杂交复合体稳定 性的不同而将SNP 位点检测出来。 等位基因特异核苷酸片段分析( ASO) ，基因 芯片和动态等位基因特异性杂交( DASH) 等。
关于SNP
李欣刚 2008年7月17日
SNP概念



SNP，single nucleotide polymorphism，单核 苷酸多态性。是指基因组水平上由单个核苷酸 的变异所引起的DNA 序列多态性,在群体中的 发生频率不小于1 %。 包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等 转换是指同型碱基之间 G-A,T-C 颠换是指发生在嘌呤与嘧啶之间A-T、A-C、 C-G、G-T


依据排列组合原理一共可以有6种替换情况 A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和G/ T 但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C-T 转换为主 其原因是Cp G的C 是甲基化的,容易自发脱氨 基形成T
SNP发生频率 在动物基因组中分布广泛 如果随即抽取两个人的基因组对比,大概1000个 碱基就会出现一个SNP 如果样本数增加,SNP会继续增加 300-600bp即会出现一个SNP
连锁不平衡性分析


原理：首先确定一批按一定间隔存在、覆盖整个基因 组的SNP 标记,然后在特定群体中寻找这些SNP 标记 与待研究特征之间的关系,即确定与特征相关的SNP 基因型,从而确定导致生物出现特定性状的基因组区域 Martin 等，为阿尔茨海默症(Alzheimer disease , AD) 的候选基因ApoE 附近的SNP 制图,在ApoE 周围 1.5Mb 的区域内为60 个SNP 分型,并通过家系连锁分 析,在ApoE 基因两侧各40kb 的区域内13 个SNP 中发 现有7 个连锁,已有有力证据表明这7 个SNP 以及 ApoE 基因周围16 kb 内另外两个SNP 与AD 连锁。
药物基因组学研究中的应用


SNPs 可以精细地反映个体的遗传差异,SNPs 位点与个体的药物 反应进行相关分析,从而确定基因在药物作用中的功能和意义。这 样既可以根据患者的遗传特性设计治疗方案,实现“个性化治疗”, 提高药效，降低药物的毒副作用,又可以在临床试验阶段为特定的 药物选择合适的受试者,提高效率,减少费用。 Paulussen 等，利用探针药咪达唑仑确定CYP3A5 的表型特征,然 后利用PCR 为基础的检测方法分析了CYP3A5 基因的5′区,鉴定了 两个连锁的多态位点:T2369G、A245G,从而把表型与基因型联系 起来。这两个多态位点位于转录调控区,与基因的表达和活性的提 高有关。CYP3A4 、CYP3A5的表达及活性具有明显的个体差异, CYP3A4 在个体间稍有差别却是组成性表达的,而CYP3A5 在个体 间可有可无,但能明显影响药物的代谢动力学,进而影响个体对药物 的反应及疾病易感性。Macphee等，研究发现, 不到10 %的白人 有CYP3A5 , 而60 %以上的非洲黑人有CYP3AP1 G244 等位基因, 该基因型是表达CYP3A5 所必需的,导致非洲人对药物的需要量比 其他人群高。
种族遗传学

Tang 等，研究了来自世界五个地区(中国、马 来、高加索、印度和非洲) 人群的MDR1 基因 的单倍体和连锁不平衡特征,发现具有e12/ 1236T2e21/2677T2e26/ 3435T 亚型的单倍型 mh5 在非洲人群以外的四种人群中高度表达, 而具有e12/ 1236C2e21/ 2677G2e26/ 3435C 亚型的单倍型mh7 在非洲人群中占了1/ 3 以上, 进一步证明了种族间的表形差异。
SNP的应用（宏观意义）

基因组制图中的应用 在种族遗传学和连锁不平衡性分析中的应用 医学中疾病易感性研究中的应用 药物基因组学研究中的应用 临床耐药研究中的应用 遗传育种的应用
基因组制图





“遗传图”、“物理图”、“序列图”和“转 录图” 将SNPs 与人类基因组序列、物理和遗传图谱 结合起来以期在序列变异、疾病关联基因、种 族遗传和基因组扫描等方面作出进一步研究。 1998年，SNPs图谱，2227 个SNPs 定位和作 图。 2001年，124万个SNPs的图谱。 目前超过500万个SNP位点，图谱未知。
引物延伸法

引物延伸( Primer extension)通过加入不同类 型的dNTP 或ddNTP 进行延伸反应, 根据延伸 反应的信号来确定SNP 的类型,主要有单碱基 延伸技术( SBE) 和焦测序技术 ( Pyrosequencing) , 等位基因特异性延伸等。

单碱基延伸技术又称为微测序(Minisequencing)原理

四引物扩增受阻突变体系PCR 技术 (ARMSPCR)在等位基因特异PCR 的基础上进 行了改进, 针对1 个SNP 位点设计2 个延伸方 向相反的内侧引物和2 个外侧引物, 用这4 个 引物在一个PCR 反应中进行扩增。针对不同 的已知突变, 设计适当的引物, 可以通过PCR 方法和电泳图谱直接达到区分突变性和野生性 的目的。

关于单体型haplotype

人类基因组中,相邻近的SNPs等位位点倾向于以一个 整体遗传给后代。 位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP 等位位点被称作单体型( haplotype) 。 如果一个单体型有N 个变异位点,理论上就可能有n的 10次方种可能的单体型。实际上,大多数染色体区域 只有少数几个常见的单体型(它们代表了一个群体中 人与人之间的大部分多态性。一个染色体区域可以有 很多SNP位点,但是只用少数几个标签SNPs,就能够提 供该区域内大多数的遗传多态模式,这样将大大减少用 于基因型与疾病关联分析中的SNPs—基于板块理论。