生物竞赛-生物信息学部分-分子进化树

建树算法的选择
建树软件的选择
构建NJ树，可以用PHYLIP或者MEGA 构建MP树，可以使用PHYLIP或者MEGA （MP方法基本淘汰了,很少有人用了）
基因平移与网状树
但是，来自德国杜塞尔多夫大学的达冈和马汀教授认为，31组的结 果不能够证明什么，这个数字太小。 2008年，达冈和他的团队研究了 181个基因组，发现80％的基因组存在水平基因转移，即网状树。
有学者相信，杂交是物种进化的有力驱动。来自伦敦大学的生物进 化学家詹姆斯· 马里特说：“杂交是非常普遍的现象，有1／10的动物都 是杂交的。”2008年，美国得克萨斯大学的科学家在包括家鼠、野鼠和 非洲爪蛙在内的8种动物的基因组合中发现了一种奇特的DNA。这是鸡、 大象和人类所没有的DNA，这说明它是一些动物通过异种交配形成的基 因组。几年前，科学家也曾在牛体内发现蛇的DNA，鱼类、昆虫和植物 中也都曾发现水平基因转移现象。这些新发现意味着，用达尔文的进化 枝条来连接物种过于简单了。
有根树与无根树
archaea archaea archaea
eukaryote
无根树
eukaryote
eukaryote eukaryote
通过外类群（ outgroup） 通过外类群 来确定树根
bacteria outgrwenku.baidu.comup
archaea
外类群
来确定树根 有根树
archaea archaea
如何研究进化史
3. Computational molecular evolution: phylogenetic tree. Linus Pauling advanced the theory of molecular evolution in 1964. To investigate phylogenetic relationship between species, based on some certain molecular characteristics across these species. Evolution process happened on the level of molecules: DNA, RNA and protein. Basic assumptions: 1) Nucleic acid sequences and protein sequences contain all information of evolutionary history of species; 2) Molecular clock: the rate of evolutionary change (the number of amino acid differences) of a certain protein was approximately constant over time and over different lineages. => The more similar two homologous proteins are, the closer they are to their common ancestor.
来的结果也依旧都是有尾巴的。再将这些没有尾巴的子代互相交配产生下一代，
而下一代的老鼠也仍然是有尾巴的。他一直这样重复进行至第二十一代，其子 代仍然是有尾巴的。 支持拉马克主义： 水生的雄蟾蜍都有一个黑色指垫，陆生的没有。奥地利的卡姆梅勒强迫陆 生的产婆蟾在水中生活，繁殖了几代之后绝种了，但是在绝种之前，雄蟾蜍据 称长出了黑色指垫，而且一代比一代更明显。他为了拉到资助，周游列国到处 演讲。1923年，他带着产婆蟾标本去英国演讲，引起了遗传学家贝特森的怀疑。 1926年，美国自然历史博物馆和维也纳大学检查他的产婆蟾标本，发现所谓 “黑色指垫”乃是用黑墨水涂上去的。一个多月后卡姆梅勒开枪自杀，留下一
生物信息学
分子进化
这篇文章是作者专门用于反对造物主理论和智能设计论的。
拉马克主义
用进废退论： 拉马克（1744-1829）认为，生物经常使用的器官会逐渐发达，不使用的器 官会逐渐退化。拉马克认为用进废退这种后天获得的性状是可以遗传的，因此 生物可把后天锻练的成果遗传给下一代。如长颈鹿的祖先原本是短颈的，但是 为了要吃到高树上的叶子经常伸长脖子和前腿，通过遗传而演化为现在的长颈
eukaryote eukaryote
根
eukaryote eukaryote
有根树与无根树
有根树反映了树上物种或者基因进化的时间顺序,通过分 析有根树的树枝的长度，可以了解不同的物种或者基因以什么 方式和速率进化。 无根树只反映分类单元之间的距离,而不涉及谁是谁的祖 先问题。
做有根树需要指定outgroup。所谓outgroup，就是你所分 析的东西之外的一个 group 。比如你分析人类的不同人种，就 通过外类群 选个chimpanzee，你要分析哺乳动物，就选个鳄鱼乌龟之类， 来确定树根 总之保证它在你要分析的 group 之外，但又不太远就行了。将 你 选 定 的 东 西 指 定 为 outgroup ， 做 出 来 的树 就 是 有 根 树 。 outgroup可以不只一个物种，它是一个group。
Maximum Likelihood (ML): Distantly related sequences, very accurate. Bayesian tree. Speed: Distance > Maximum Parsimony > Maximum Likelihood / Bayesian
鹿。又例如上一代是为举重选手，则子代应遗传得自父母之强健肌肉。
“blind as a mole”
“giraffe‘s long
neck”
“birds have no
teeth?”
Jean Baptiste Lamarck (1744-1829)
拉马克主义
推翻拉马克主义： 德国的魏斯曼把老鼠尾巴都切断后，再让其互相交配来产生子代，而生出
三种不同的Homologs
基因平移与网状树
越来越多的细菌和动植物的基因测试显示，基因并不是简单遗传给 生命树上的个别枝条，它们还在物种之间以不同的进化路径转换，其结 果是一个杂乱无章的“生命网”。 水平基因转移是指在不同生物个体间或单个细胞内部细胞器之间， 遗传物质的交流。早在1993 年，就有生物学家提出细菌的基因排序不 是树状，而是网状。1999年，美国《科学》杂志发表言论说：“生命 进化树并不是真实存在于自然界中的，而是人类用来规划自然界的一个 理论。”但是，有研究者运用更多的研究捍卫达尔文的观点，认为所谓 网状的进化论是理想化、不切实际的想法。 “树状”和“网状”的辩论在2006年正式拉开帷幕，位于德国海 德堡的欧洲分子生物实验室（EMBL）派出由皮尔· 博克领导的工作组， 研究了来自细菌、古细菌以及真核细胞的191个基因组，他们发现，其 中31组基因，没有任何迹象表明曾经被水平转移过，和尚未完善的 “树”相近。
三种不同的Homologs
Orthologs: They’re separated by speciation — is the phenomenon during which a common ancestor gives birth to two subgroups that slowly drift away from their common genetic makeup to become distinct species. Orthologs usually have similar functions and structure. Paralogs: Paralogs are homologues separated by a duplication event, meaning that within a genome, a gene was duplicated. One of the duplicates may have kept the original function while the other duplicate could have acquired a new function. Xenologs: Xeno is a Greek word that means “foreigner.” Xenologs result from a lateral transfer between two organisms — a direct DNA transfer between two species. This means that one of the species contains a gene that does not have the same history as the genome in which it is inserted. This is often seen between pathogenetic bacteria and humans.
有根树
建树算法的选择
Maximum Parsimony (MP): Closely related sequences, accurate, sequence number <12.
Distance (Neighbor Joining, NJ): Distantly/closely related sequences, not very accurate.
封遗书，声称他是无辜的，是另外有人在他不知道的情况下造假。
达尔文与《进化论》
达尔文主义
优胜劣汰，适者生存理论： 生物都有繁殖过剩的倾向，而生存空间和食物是有限的，所以生物必须 “为生存而斗争”。在同一种群中的个体存在着一定程度的变异，那些具有能 适应环境的有利变异的个体将存活下来，并繁殖后代，并把有利变异遗传给后 代，不具有有利变异的个体就被淘汰。如果自然条件的变化是有方向的，则在 历史过程中，经过长期的自然选择，微小的变异就得到积累而成为显著的变异。 由此可能导致亚种和新种的形成。以长颈鹿为例：一群长颈鹿，脖子长长短短 的都有，但自然环境中较低处的树叶都吃完了，只有那些脖子长的能够到更高 处叶子的鹿才能吃饱并繁衍后代，而那些脖子不够长的饿死了，也就没有了后 代。
达尔文与牛顿谁更牛？
如何研究进化史
1. The most authentic evidences are fossils! But fossils are scattered, not complete, not systematic.
2. Comparative morphology and comparative anatomy: to determine general framework of evolution; many details are controversial.
基因平移与网状树
系统发生树
系统发生树有什么用？ 对于一个未知的蛋白质或基因序列，确定其亲缘关系最近的物种。例如：你 得到了一个新发现的细菌的核糖体RNA，你可以把它与所有已知的核糖体RNA 一起构建一棵系统发生树。这样就可以从树上推测这个新细菌跟谁关系最近。 预测一个新发现的蛋白质或基因的功能。如果在树上与新蛋白质/基因关系十 分密切的蛋白质/基因的功能已知，那么这个已知的功能可以被延伸到这个新蛋 白质/基因上。 有助与预测一个分子功能的走势。 追溯一个基因的起源。一个基因组中的绝大多数基因都随着时间一起演变， 但有时某个单独的基因会从一个物种“跳”到另一个物种里，称为基因平移。 系统发生树可以很好的展示这种情况。
系统发生树
leaf / outer node branch / lineage Letters represent different species or a certain protein/DNA from different species. inner node
root
系统发生树
系统发生树