单晶结构解析总结.

(2) 吸收校正没有做好，导致在不同方向测量的等效衍
射数据强度明显不相等； (3) 定错晶系
注意： 在衍射数据还原完成后或结构解析初期，就
应该检查Rint的数值，考虑是否需要改善吸收校
正和是否定错了晶系和空间群。
二、直接法（或重原子法）解析晶体
• 1、XPREP
Leabharlann Baidu
(1) 操作.raw和hkl文件，产生ins和.hkl文件，供XS和XL用 此处可选择或给出空间群 （原则：就高不就低） 空间群的对错可借助于platon程序检查、校正
a, b, c, , 晶系，Laue群 系列hkl, I, (I)等
晶 体 结 构 分 析 的 步 骤
4. 衍射数据的还原与校正
系列hkl, Fo2, (Fo)等
5. 结构解析： 直接法与Patterson法 Fourier合成
部分或全部原子坐标
6. 结构模型的精修
全部原子坐标和位移参数等
•删除坏点的方法： 每次精修完后，程序都 会自动产生50个坏点， 写在lst文件中，查到后可把它们的h、k、l 值加上 OMIT指令写在ins文件中，继续精修即可，如：
和Rsigma • 引起Rint偏大的原因有：数据精度不好；吸收校正没做好； 定错晶系 • Rint 0.1，所谓等效衍射点就不等效，重新做吸收校正 或重新收录 • 等效衍射点在衍射强度数据中是重要的，不是多余的！
• Rsigma偏大（大于0.1），可能是数据太弱；也可能是数
据处理有错
ins文件中经常用到的命令 • OMIT 在XS或XL计算过程中，忽略所指定的在一定 角度范围、信／噪比、或特定衍射指标的衍射 点，如OMIT 50将忽略θ>25º的所有衍射点， OMIT 123将忽略衍射指标为１２３的衍射点 • ESEL 设置用于直接法计算的最小E值。缺省值为1.2。 假如直接法解不出合理的模型，可以尝试 ESEL 0.9 或ESEL 1.0, 通过减低E值的下限， 增加用于直接法计算的相对强点的数目
INS文件的建立和更新
结构解析和精修的过程，是ins文件建立和 不断更新的过程，这主要是下列过程实 现的： xprep、xshell—refine、xl、xp、edit、 copy
参数
R1 残差因子
衡量结构模型与真实结构的差异
wR或wR2 加权重的残差因子（计算方法的差异）
数据好的结构，一般可以可以精修到wR2 <0.15，而
单晶结构分析电子教案
第五章 用SHELXTL程序 进行结构分析的方法
H H HO HO HO OH O
H H H
OH
一 、 晶体学基本常识介绍
1. 单晶 2. 单晶的培养 3. 晶胞参数
4. 七大晶系、14种点阵、32个点群、
230个空间群
1. 晶体的选择与安置
2. 测定晶胞数据与基本对称性
二
3. 测定衍射强度数据
4、XL （各向同性修正）（或差值F峰合成）；
(1) 计算更新后的.ins文件或前边XL精修的结果，产生新 的.res（结果文件）和.lst文件（记录精修过程）
(2) 精修的参数 a 原子坐标（general positions
b 原子的位移参数(atomic displacement parameters)
wR和R1值小于0.05。通常，R值越小，说明晶体结构
正确，衍射数据质量高。
拟合度S (goodness-of-fit-on)，也叫GOOF值
基于Fo2 精修时，如果权重方案合适、结构正确，S值应该接
近于1.0，如果S值超出1.0±0.2，可以采用更加合理的权重 方案加以改善。
• 在数据还原与结构精候选过程中两个重要的R 因子：Rint
参数：
1. (mm1 or cm1 ) 线性吸收系数 （linear absorption coefficient)为X射线束以 x路径通过晶体时被减弱的程度系数。
•
2. Rint由所有等效衍射点的平均差别计算。
它反应吸收校正效果的好坏，如果有充足的等效点，
进行合适的吸收校正后，应该有Rint 5% (P65 和 P101) Rint越小（如0.05)，表明等效衍射点的强度在实验误差 范围内确实相等；相反，如果Rint达到0.1左右，表明 等效衍射点的强度其实并不相等，引起的主要原因： (1) 衍射数据的精度不好，如数据整体太弱；
数据的处理有错。
改善方法：选用质量好、较大的晶体重新收集衍
射数据。
(2) 正确给出化合物分子式或元素类型
(3) 给出文件名
2、SHELXS（或XS）解初模型
操作XPREP产生的.ins和.hkl文件 产生 .res（结果文件） 和
.lst文件（记录精修过程）
注意：直接法和重原子法之间的切换
XP（投原子） (1) 读取XS和XL的结果.res文件，观看fourier图形， 重新命名原子，重写供进一步精修XL操作的ins 文件。 (2) 看图、画图
c 一个总标度因子 一个将实验中获得的衍射强度数 据校正为理论计算得到的F（000）一致的比例参数 d 其它可能参加的精修参数 无序结构中的占有率、消光效应参数、Flack参数等
H原子一般不参与精修，在结构精修中，往往被挷在与
它键合的原子（母原子）上，赋于是母原子1.2 ~1.5倍的 各向同性原子位移参数
几个参数：
•
• •
信噪比I/ （运行XPREP和XS时可以看到）
诊断指标（Figure of merit，简称FOM） 综合诊断指标(CFOM) （应尽可能小） （运行XPREP 时可以看到）
Rsigma Rsigma = [(Fo2)]/ [Fo2]/
为衍射数据的背景强度(Fo2)之和与峰强度值之和的比值。 它是衍射数据整体质量的一种反映。 如果Rsigma 大于0.1，则可能是数据太弱，也可能是衍射
7. 结果的解释与表达
分子的几何数据、结构图等
常用的吸收校正方法 (P6668) • 数字吸收校正 (numeric absorption correction) • 基于 -扫描的经验吸收校正 (empirical absorption based on - scans) • 多次扫描吸收校正 (multi-scans absorption corrections)