TV版
（加粗文字表示特别篇，带“◆”表示动画原创）
001 云霄飞车杀人事件（前期成员第一次到齐）
003 偶像密室杀人事件
004 大都会暗号地图事件（少年侦探团正式成立并第一次破案）005 新干线大爆破事件
006 情人节杀人事件
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012 步美绑架事件（少年侦探团的成员配备阿笠博士制作的臂章）014谜样的讯息狙击事件
015 消失的尸体杀人事件
017 百货公司挟持事件◆
020 鬼屋杀人事件
033 侦探团生还事件◆
036 周一晚上7：30分杀人事件◆
050 图书馆杀人事件
059 首次跑腿杀人事件◆
063 大怪兽哥美拉杀人事件
073 少年侦探队遇难事件◆
080 放浪画家杀人事件◆
081 当红艺人绑架事件（前篇）
082 当红艺人绑架事件（后篇）
086 诱拐现场特定事件
091 抢匪住院事件
107 鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆
108 鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆
109 侦探团大追踪事件◆
112 帝丹小学7大离奇事件
119 假面超人杀人事件◆
123 天气预报小姐绑架事件◆
126 旅行剧团杀人事件（前篇）◆
127 旅行剧团杀人事件（后篇）◆
129 来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件（灰原哀加入少年侦探团）
130 竞技场无差别胁迫事件（前篇）
131 竞技场无差别胁迫事件（后篇）
135 消失的凶器搜索事件◆
136 青色古堡探索事件（前篇）
长大后的少年侦探团
137 青色古堡探索事件（后篇）
138 最后上映的杀人事件（前篇）
139 最后上映的杀人事件（后篇）
140 SOS！步美传达的讯息◆
146 路面电车急刹车事件◆
147 本厅刑事恋爱物语（前篇）
148 本厅刑事恋爱物语（后篇）
156 本厅刑事恋爱物语2（前篇）
157 本厅刑事恋爱物语2（后篇）
162 飞天密室工藤新一最初的事件
163 月与星与太阳的秘密（前篇）
164 月与星与太阳的秘密（后篇）
165 少年侦探团消失事件◆
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
179 咖啡店货车闯入事件◆
182 九门大搜索◆
183 危险的处方笺◆
188 危命的复活洞窟中的侦探团
189 危命的复活负伤的名侦探
192 危命的复活新一回来了
194 意味深长的八音盒（前篇）
205 本厅刑事恋爱物语3（前篇）
206 本厅刑事恋爱物语3（后篇）
209 龙神山汽车坠落事件◆
212 蘑菇、山熊和侦探队（前篇）
213 蘑菇、山熊和侦探队（后篇）
225 生意兴隆的秘密◆
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
233 无法消失的证据（前篇）
234 无法消失的证据（后篇）
242 元太的灾难
246 陷入网中的谜团（前篇）
247 陷入网中的谜团（后篇）
252 图画中的绑架犯◆
257 世间奇妙的天罚◆
258 来自芝加哥的男人（前篇）
259 来自芝加哥的男人（后篇）
266 情人节的真相（事件篇）
269 犯罪的纪念品（前篇）
270 犯罪的纪念品（后篇）
273 提问婆婆失踪事件◆
276 警察手册丢失事件◆
279 迷宫的阴暗（前篇）
280 迷宫的阴暗（后篇）
281 年幼的目击者◆
289 迷途森林的光彦（前篇）
290 迷途森林的光彦（后篇）
294 爱与决心的粉碎（前篇）◆
295 爱与决心的粉碎（后篇）◆
301 恶意与圣者的行进（前篇）
302 恶意与圣者的行进（后篇）
303 回来的受害者
304 震动的警视厅 1200万人质
312 染上夕阳的布偶（前篇）
313 染上夕阳的布偶（后篇）
321 消失的绑架逃逸车（前篇）◆
322 消失的绑架逃逸车（后篇）◆
329 金钱买不到的友情（前篇）
330 金钱买不到的友情（后篇）
335 东京现影所的秘密（前篇）
336 东京现影所的秘密（后篇）
346 寻找屁股上的印记（前篇）
347 寻找屁股上的印记（后篇）
348 爱与幽灵与地球遗产（前篇）◆
349 爱与幽灵与地球遗产（后篇）◆
352 钓鱼大会的悲剧（前篇）◆
353 钓鱼大会的悲剧（后篇）◆
358 本厅刑事恋爱物语5（前篇）
359 本厅刑事恋爱物语5（后篇）
360 不可思议的春甲虫◆
363 都市的乌鸦◆
366 显而易见的码头惨剧（前编）
少年侦探团之足球赛367 显而易见的码头惨剧（后编）
369 好运男子的历险◆
370 失而复得的游戏软件◆
373 剧毒蜘蛛的陷阱◆
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）
376 限时15时◆
377 桃太郎解谜之旅（前篇）◆
378 桃太郎解谜之旅（后篇）◆
