微生物分类鉴定方法知识讲解

细菌自动鉴定系统
API细菌数值鉴定系统 “Enterotube”系统 “Biolog”全自动和手动 细菌鉴定系统
API细菌数值鉴定系统流程
微生物分Baidu Nhomakorabea鉴定中的现代方法
核酸分析鉴定微生物的遗传型 细胞化学成分用作鉴定指标
（略） 数值分类法（略）
核酸分析鉴定微生物的遗传型
DNA是除少数RNA病毒以外的一切微生物的遗传信息载体。每一种微 生物均有其自己特有的、稳定的DNA即基因组的成分和结构，不同种 微生物间基因组序列的差异程度代表着它们之间亲缘关系的远近、疏密。 因此可以用基因组的一些指标作为鉴定微生物类别的依据。
rRNA寡核苷酸数目
细菌
rRNA寡核苷酸数目
16S rRNA基因约含有1540个核苷酸，分可变区和 保守区，不同微生物可变区核苷酸序列不同，从 而可以利用这些特异性序列进行微生物的鉴定；
rRNA寡核苷酸数目
测定方法：
采用RNase T1酶可以将16S rRNA酶解 在G位点上切割，得到6～20个碱基大小的序列 对这些6～20碱基片段进行分离、测序 比较不同微生物之间SAB（Dice型相关系数）的相 似性。
rRNA寡核苷酸数目
定义
一种通过分析原核或真核细胞种最稳定的rRNA寡 核苷酸序列同源性程度，以确定不同生物之间的 亲缘关系和进化谱系的方法。
rRNA寡核苷酸数目
优势
它们普遍存在于一切细胞内，不论是原核生物 和真核生物，因此可比较他们在进化中的相互 关系
他们的生理功能既重要又恒定 在细胞中的含量较高 轻易提取 编码rRNA的基因十分稳定 rRNA的某些核苷酸序列非常保守 相对分子质量适中
DNA碱基比例
每个生物种都有特定的 GC%范围，因此 可以作为 分类鉴定的指标。细菌的 GC%范围为25--75%，变化 范围最大，因此更适合于 细菌的分类鉴定。
DNA碱基比例
GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作 出鉴定，并可检验表型特征分类的合理性，从分子 水平上判断物种的亲缘关系。
但具有相似G+C含量的生物并不一定表明它 们之间具有近的亲缘关系。
核酸分子杂交
rRNA寡核苷酸数目
20世纪70年代末由于美国伊利诺斯大学的C.R.Woese 等人对大量微生物和其他生物进行16s和18srRNA的寡 核苷酸测序，并比较其同源性水平后，提出了一个与 以往各种界级分类不同的新系统，称为三域学说， "域"是一个比界更高的界级分类单元，过去曾称原界。 三个域指的是细菌域(以前称"真细菌域")、古生菌域 (以前称古细菌域)和真核生物域。
微生物分类鉴定方法
微生物分类鉴定方法
从不同层次（细胞的、分子的），用不同学科（化学、物理学、遗传学、 免疫学、分子生物等）的技术方法来研究和比较不同微生物的细胞、细 胞组分或代谢产物，从中发现的反映微生物类群特征的资料。
在微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料，都有分类 学意义，都可以作为分类鉴定的依据。
微生物分类鉴定方法
流程
微生物的纯化
鉴定指标的测取
权威菌种鉴定 手册的查找
经典分类鉴定法
现代分类鉴定法
经典微生物鉴定方法
定义
微生物分类学发展早期，主要的分类、鉴定指 标尚局限于利用常规方法鉴定微生物的形态、 构造和习性等表型特征水平上，即经典分类鉴 定方法。
经典微生物鉴定方法 鉴定指标
权威菌种鉴定手册
核酸分子杂交
定义
按碱基互补配对的原理，用人工方法对两条不同来源 的单链核酸进行复性，以构建新的杂合双链核酸的技 术，成为核酸杂交。包括DNA-RNA、DNA-rRNA、 rRNA-rRNA分子间的杂交。
核酸分子杂交
根据双链DNA（dsDNA）分子解链的可逆性和碱基配 对的转移性，将不同来源的待测DNA在体外分别加热 使其解链成单链DNA（ssDNA）,然后在合适条件下再 混合，使其复性并形成杂合的dsDNA，最后再测定其 间的杂交百分率。
微生物分类鉴定中的现代方法
DNA碱基比例测定 核酸分子杂交法 rRNA寡聚核苷酸编目
DNA碱基比例
DNA碱基比例是指（G+C）mol%值，简称“GC比”，它表示DNA分子中 鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）所占的摩尔百分比值，即
（G + C）������������������% = ������+���T���++G������+������×100% 这是目前发表任何微生物新种时必须具有的重要指标。
细菌：伯杰氏鉴定细菌学手册（第八版 1974、第九版1994）、伯杰氏系统细菌 学手册（第一版）1984~1989，2000年 分五卷出版。
放线菌：中国科学院微生物研究所编著的放 线菌目分科、分属检索表
真菌：Smith、 Alexopoulos (阿历克索鲍罗 斯 ） 、 Ainsworth（安斯沃思）的分类系统
rRNA寡核苷酸数目
测定方法：
SAB =2×NAB /（NA +NB ） NAB代表两菌所含相同寡核苷酸的碱基总数，NA 和NB分别代表两菌寡核苷酸所含碱基总数 SAB等于1，说明所比较的两菌株rRNA序列相同， 是同一进化时间的微生物，若SAB值小于 0.1， 两菌亲缘关系很远
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