2016分子生物学复习重点
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分子生物学
1.Poly (A)尾巴:
①大多数真核mRNA的3’端有多聚腺苷酸序列;②poly(A)序列不是DNA编码,是转录后被poly(A)聚合酶加上去的;③mRNA初进入细胞质时,其poly(A)尾长度大致与核中长度相同,随后逐渐缩短;④单poly(A) 尾长短并不影响其功能,poly(A)尾常结合了一约78,000道尔顿的蛋白质分子。⑤组蛋白mRNA不含poly(A) 结构。
(2)功能①保护mRNA,增强mRNA的稳定性②增强mRNA的翻译能力
2.帽子结构:
①mRNA转录完成后,前提mRNA进行加帽,帽子为7-甲基鸟苷,与5’第一个核苷酸以5’-5’三磷酸键相连②合成:A、RNA焦磷酸酶将前提mRNA末端的磷酸基团去除B、鸟苷转移酶在此末端加上GMP
C、两个甲基转移酶分别将鸟苷的第七位的N和倒数第二个核苷2’-羟基甲基化
功能:1)增加mRNA稳定性;2)增强mRNA的翻译能力3)增强mRNA从细胞核到细胞质的转运4)提高mRNA剪接效率
3.回文序列
回文序列是双链DNA中含有的结构相同、方向相反的序列,当该序列的双链被打开后,可形成发夹结构,这两个反向重复序列不一定是连续的。这种结构中脱氧核苷酸的排列在DNA两条链中顺读与倒读其意义是一样的,脱氧核苷酸的排列对于一个假象的轴成180°旋转对称,这种结构称为回文结构。
4. 反向重复序列
在同一多核苷酸链内下游存在着与上游某一段序列的互补序列反向的序列,如GTGCTAA和TTAGCAC构成反向重复序列。在双链DNA中反向重复可能引起十字形结构的形成。
5.不依赖于p因子的终止子结构特点:
1.终止位点上游一般存在一个富含GC碱基的二重对称区,由这段DNA转录产生的RNA容易形成发卡式结构。
2.在终止位点前面有一端由4—8个A组成的序列,所以转录产物的3’端为寡聚U,这种结构特征的存在决定了转录的终止。
6.依赖于p因子的终止子的结构特点:
1.转录的RNA也具有发夹结构,但发夹结构后无poly(U)。
2.形成的发夹结构较疏松,茎环上不富含GC。
3.终止需要ρ因子的参与。
4.与不依赖于ρ因子的终止一样,终止信号存在于新生的RNA链上而非DNA链上过程。
7. 原核、真核生物释放因子的作用
(1)原核:RF1识别终止密码子UAA、UAG;RF2识别UAA、UGA;RF3是GTP结合蛋白,能促进RF1和RF2与核糖体的结合。
(2)真核:eRF1识别三个终止密码子;eRF3是一种核糖体依赖性GTP酶,帮助eRF1释放翻译成熟的肽链。
8. 细菌转录机制的转换模式
细菌RNA聚合酶全酶由核心酶和σ因子组成,核心酶是基本的转录装置,σ因子指导核心酶转录特异的基因。
转录起始:RNA聚合酶结合在DNA上形成闭合启动子复合体,σ因子促使聚合酶由闭合启动子复合体转变为开放启动子复合体。
转录延伸:聚合酶合成一段初生RNA产物后,聚合酶的启动子清除,核心酶转换为延伸特异构象,σ因子与聚合酶核心酶解离,由核心酶单独执行延伸功能,σ因子可被不同的核心酶再利用。是核心酶决定了RNA 聚合酶全酶对利福平的抗性或敏感性。)
噬菌体感染细菌后,其基因转录以时序模式进行:早期基因先转录,然后是中期基因,最后是晚期基因.这种转换由噬菌体编码的一系列σ因子来调控。这些σ因子与宿主核心聚合酶结合,从而改变对早、中、晚期
基因启动子识别的特异性。
早期转录:特异性因子为宿主σ因子,指导早期基因的转录,产生早期蛋白gp28
中期转录:特异性因子为gp28,指导中期基因的转录,产生中期蛋白gp33和gp34
晚期转录:特异性因子为gp33和gp34,,指导晚期基因的转录,产生晚期蛋白。
9. λ噬菌体对大肠杆菌的感染
(一)裂解繁殖
在裂解模式下,λ噬菌体利用大肠杆菌的RNA聚合酶进行转录,几乎所有的噬菌体基因都转录并且翻译,同时噬菌体DNA复制形成子代噬菌体,然后裂解宿主细胞。噬菌体处于颗粒状态时,DNA为线性,感染宿主菌后,由于线性基因两端有cos位点,会形成环形DNA。转录分为三个时期:
1.极早期:极早期基因为Cro和N,Cro位于右向启动子PR的下游,N位于左向启动子PL的下游。在极早期,没有阻遏物与这些启动子的操纵基因(OR‘与OL‘)结合,转录过程不受阻遏。
Cro基因产物是阻遏物,结合CⅠ基因,阻止λ阻遏物蛋白的产生。
N基因产物是N蛋白,是抗终止子,可使RNA聚合酶忽略早期基因末端的终止子而继续转录后续的晚早期基因。N蛋白不能代替Q蛋白,对Cro和N基因后的抗终止作用是特异性的。
2.晚早期:O基因和P基因产物为噬菌体DNA复制所必需的蛋白质,而复制是裂解周期的关键。
Q基因产物Q蛋白是另一个抗终止子,可使晚期基因转录。
3.晚期:右顺时针转录,晚期启动子PR’位于Q的下游,Q蛋白可使晚期基因转录,S基因和R基因产物是裂解宿主细胞的蛋白,其他基因产物是噬菌体头部和尾部蛋白。
(二)溶源模式
(1)某些晚早期基因的产物是噬菌体DNA整合到宿主基因组形成溶源态所必须的
(2)CⅡ和CⅢ基因产物使CⅠ基因转录产生λ阻遏物,λ阻遏物结合到操纵基因PR和PL上,阻止极早期基因的转录,从而进入溶源态,噬菌体DNA会整合到宿主基因组中。CⅡ直接刺激聚合酶结合到PRE和PI 上,CⅢ缓解CⅡ的降解。
(3)CⅠ基因有两个启动子,PRM和PRE,PRM为阻遏物保持启动子,位于OL’下游,PRE为阻遏物建立启动子,位于cro和PR右侧,是溶源态的建立启动子,向左转录CⅠ基因。
10.复制体中的几种蛋白因子及其功能:
1)、DNA拓扑异构酶:释放因解旋酶的活性而造成的扭曲链,恢复复制后松弛的DNA双链成负超螺旋;2)、DNA聚合酶:前导链的合成,后随链的合成以及修复
3)、DNA连接酶:连接修复后的后随链片段
4)、单链结合蛋白(SSB):稳定复制叉的单链区域
5)、DNA解旋酶:使复制叉前的双链解开
6)、RNA引发酶:合成RNA引物
7)、RNaseH:切除RNA
11.原核DNA聚合酶:
1、DNA聚合酶:以DNA为模板合成DNA新链时需要的酶,DNA聚合酶从5‘到3’把核苷酸连续加在延伸DNA的游离3‘羟基上。
2、DNA聚合酶的特性:1)底物必须是dNTP;2)以DNA为模板,链延伸功能,不能从头开始合成;3)合成方向只能是5‘→3’。
3、DNA聚合酶的种类
polⅠ:3’-5’外切酶活性,主要是起修复的作用(比如光修复),5’-3’外切酶活性,把RNA引物切除后的空隙填补起来,在温和蛋白酶水解下,大结构( Klenow片段)与和小结构与分离,任具有完整聚合酶的三种活性。