系统生物学选讲

• 课程目的 本课以深度文献阅读为主，重点介绍生物学中理论 与实验相结合而产生的概念、原理、方法，及其当 前的发展趋势和面临的挑战。 a) 知识的学习 b) 科学思想和研究方法的学习 c) 写作方面的学习
• 授课方式 每堂课针对一个方面，深入讨论两篇文章。学生在课 前应仔细阅读要讨论的文章，并在课堂上积极参与讨 论。指导老师负责启发、引导讨论，适当讲授，并最 后总结。
• 评分方式
评分方式: 阅读小测验25％, 课堂参与50％，作业25％
阅读小测验：每堂课开始时给学生几个简单的问题，以测试是否 认真阅读了要讨论的文章。闭卷。
课堂参与：指导老师给每位学生打分。最后每堂课分数加起来平 均。 作业：3－4次作业，内容可以是一些基本方法（如鉴别泊松分布， 解双稳态，编程算一个具体问题，等）。也可考虑平时无作业， 最后让学生自己分组做自己选的PROJECT，如针对课中讨论过的 某一问题进行深入探讨（严禁文献综述）。
选课名单 1 戴紫薇
2
3 4 5 6 7 8 9 10
任洁
平现凤 杨龙澍 杨薇 王琦 王欣 王艺舒 戴丁 何菲菲
11
12 13 14
余辰
戈志芸 岳海岑(大四) 席静怡 (大三)
系统生物学选讲（Selected readings in systems biology） 课程简介
课号：08412010； 45个学时，3学分，每周1次，每次2.5小时， 选课人数：15人
理论生物学中心研究生必修 ­­­­ 主持人： 汤超，王宏利
指导老师：汤超，王宏利，罗春雄，来鲁华，朱怀球，刘志 荣，邓明华，李方廷，欧阳颀，裴剑锋
http://ctb.pku.edu.cn/main/2011course/index.html
CTB首页 -> 研究生培养 -> 研究生课程 -> 《系统生物学选讲》
Unit 1: Quantitative Cell Biology Class 2: Fluctuations and noise I – Mutations（王）2/28Class 3: All-or-none transition I - Ultrasensitivity and cooperativity（刘）3/7Class 4: Fluctuations and noise II - Gene products（王）3/14Class 5: All-or-none transitionII - Bistability（罗）3/21Class 6: Robustness I - Adaptation（罗）3/28Class 7: Kinetic proofreading （汤）4/4Class 8: Pattern formation and development （王）4/11Unit 2: Quantitative Evolutionary Biology Class 9: Sequence analysis （朱）4/18Class 10: Protein evolution（来）4/25Unit 3: Genomics and Network Analysis Class 11: Clustering of gene-expression data（邓）5/2Class 12: Protein-protein interaction map and EMAP（李）5/9Class 13: Network motifs（邓）5/16Unit 4: Synthetic biology（欧阳） Class 14: Synthetic Biology I - Functional modules 5/23Class 15: Metabolic networks – flux balance analysis 5/30Unit 5: Disease and drug networks（裴） Class 16: 6/6Final：6/13-
助教：裴剑锋，李宁
Unit 1: Quantitative Cell Biology （汤超、王宏利、刘志荣、罗春雄）5个专题 Fluctuations and noise All-or-none transition Robustness - Adaptation Kinetic proofreading Pattern formation and development Unit 2: Quantitative Evolutionary Biology （朱怀球、来鲁华） Sequence analysis Protein evolution Unit 3: Genomics and Network Analysis （邓明华、李方廷）3个专题 Clustering of gene-expression data, Protein-protein interaction map and EMAP, Network motifs Unit 4: Synthetic biology（欧阳颀） 2个专题 Synthetic Biology, flux balance analysis of Metabolic networks Unit 5: Disease and drug networks（裴剑锋）1个专题
参考书：
Alberts et al. Molecular Biology of the Cell.
wk.baidu.com
Hartl and Jones. Genetics: Analysis of Genes and Genomes. Alon. An introduction to systems biology: design principles of biological circuits. （有中文版）