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临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识

临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识
临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识

临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识

近年二代基因测序(,)技术快速发展,其应用已进展至临床检测,如遗传疾病、实体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等。国内外有关学会已出台相关共识与指南以推动其在临床中的应用。中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、临床、生物信息等专家进行了充分讨论,拟在的操作流程、数据处理、结果解读等方面作规范和建议,以规范在分子病理领域的应用。

临床分子病理实验室样本可采用甲醛固定石蜡包埋组织(,)、新鲜组织、各种体液上清液、体液离心细胞块、石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。本共识特色是基于病理评估的组织样本(、新鲜)的规范。测序分析范围基于目前临床需求,本共识着重在于目标区域测序()分析的实践。随着技术的更新和应用的成熟,本共识将持续更新以满足临床需求。

一、实验室总体要求

检测实验室的总体设计与要求应参考《分子病理诊断实验室建设指南(试行)》、《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》、《个体化医学检测质量保证指南》、《肿瘤个体化治疗检测技术指南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测

序技术的个体化医学检测应用技术指南(试行)》进行。

1检测人员的资质要求:检测技术人员应具备临床病理学、分子生物学的相关专业大专以上学历,并经过技术的理论与技能培训合格。数据分析人员应具有临床医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人(医学博士学位或高级职称)审核。

2检测实验室的区域设置要求:原则上实验室应当有以下分区:样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕获区/多重区域(第一扩增区)、文库扩增区(第二扩增区)、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。各工作区空气及人员流向需要严格按照《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》。分区可根据实际情况合并,但是在前处理和建库时,血液样本应与组织样本分开。

3检测试剂及项目要求:试剂和测序平台均应选择中国食品药品监督管理总局()认可产品。涉及到实验室自配试剂,应该有严格的试剂制备标准操作规程(),需经过临床实验室自建项目()验证合格才可使用。每个检测项目在验证时需要根据建库方法、测序平台和分析工具以及不同的突变类型包括,单碱基突变,、小片段插入或者缺失()、基因拷贝数变异()、染色体结构变异,()以及不同的样本类型(如组织、新鲜组织、全血、胸水等)对特定的准确性、精

确性、敏感性、特异性等性能参数进行验证。应该有经过标准品测试的在不同的()下,不同测序深度的灵敏度及特异性数据,确定不同样本的可信的测序深度。经验证后,发生的任何改动,包括试剂、仪器、基因项目等都需要重新做验证。验证实验结果签名留底备案。

4检测实验室的质量管理要求:检测主要包括实验操作和生物信息学分析两部分。实验操作部分包括样本准备、文库制备、编码()、目标区域富集、测序等;生物信息学分析部分包括定位()、比对、变异识别、变异注释、变异解读及报告等。上述流程均需要建立实验室质量管理体系文件和及机器运行和维护,具有严格的室内质控措施;定期参加室间质评以有及持续的质量保证和改进计划。

二、分析样本、基因和转运要求

分析样本类型可采用样本、新鲜组织、各种体液上清液、体液离心细胞块石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。

对于肿瘤体细胞变异初次检测应首选经病理评估的组织样本,在此数据基础上的再次检测可选取液体样本动态监测。检测前需通过病理诊断明确其肿瘤的性质及含量,根据不同肿瘤类型选择合适的基因测序。

不同疾病的基因列表,必须由临床与检测机构的专家共同决定,已达到不同实验室之间的可比性和完善性。

未经病理评估的基因检测结果不可单独用于分子病理临床

诊断目的。

样本质量对检测结果和分析至关重要,病理医师需要对可评估的样本进一步明确病理诊断,并评价标本有无出血、坏死和不利于核酸检测的前处理(例如含脱钙液处理),病变细胞(如肿瘤细胞)的总量和比例,避免假阴性。组织标本中肿瘤细胞含量建议达到20%以上,低于此标准可富集后检测。检测实验室应对不同类型的样本有采集及处理指导。对于不同的样本(、体液、血液等)实验室应有不同的样本运送,物流环节(含冷链运输)应有相关运送记录,确保样本运送安全、无污染、无降解。

三、检测流程中的质量标准

1.核酸提取及其质量分析:提取的核酸质量是检测成功的关键因素,在制备文库前应采用多种方法对核酸质量评估,包括纯度、浓度和完整性分析。需要根据不同的样本类型制定相应的用以鉴定核酸的纯度、浓度、完整性或降解程度等。并对应明确接受和拒绝的标准。

2.文库制备及其质量分析:文库制备方法主要有杂交捕获和扩增子建库,无论采用何种方法制备文库和平台检测,都应对检测基因、区域或突变热点进行描述,并建立实验室检测。建立好文库后上机测序前需对文库进行质量分析。每个检测项目应设定其文库质量的要求,明确接受或拒绝的标准。

3测序仪上机分析及其质量分析:建库主要有扩增法和捕获

法两大策略,测序时根据检测样本量和质量要求确定适当的芯片,以保证测序质量和靶区覆盖深度。录入样本编号、检测内容、设定参数等信息,按仪器操作流程进行测序。产生的测序数据质量参数要求详见后文。

4检测中的样本追踪及对照设置:(1)样本追踪:为确保检测过程中样本没有混淆或污染,可选用多个位点或其他标签作为样本身份标识(),在检测前对每个样本进行位点信息的测定,在检测后对上述位点进行追踪,证明没有交叉污染。(2)阳性对照:应用组合型质控材料,可采用已知突变信息的混合样本,以模拟样本的复杂性。实验时同时检测,以确保其检出能力。(3)阴性对照:用无核酸或明确无突变的样本作为模板同时进行检测,以确保检测过程中没有污染或非特异性。(4)应对方案和替代方法:各个质量控制步骤中如出现异常或失败,实验室应有应对措施或备选方案;对于测序结果质量差或有问题的区域应建立替代方法(如测序)。

四、生物信息分析

数据的生物信息分析可分为两个主要步骤:一是对测序数据进行质控分析及过滤。二是对通过质控的序列进行变异位点鉴定分析并注释。所用各种生物信息分析软件,都要通过适量标准品测序数据进行验证,证明所用软件及参数可达到临床报告的要求。

1生物信息分析流程标准:(1)质控分析:为保证分析结果

的可靠性,需要对原始的测序数据进行质量控制与过滤。测序数据的质量控制主要包含4个方面:质量评估、去接头序列、去低质量序列、去重复序列。(2)序列比对():将通过质控后每一条与参考基因组进行比对,回贴到基因组上最佳位置。(3)变异鉴定:对每个位点进行变异鉴定。在肿瘤测序中,主要检测和两种突变类型,参数调整后可分析。部分的设计还可以鉴定染色体易位。对于肿瘤基因测序数据,鉴定后的变异位点都需要进行该位点可视化查看和确认,如()。(4)变异注释:基于通用数据库,对突变基因位点进行功能注释,详见下文。

2生物信息分析流程质量管理:实验室应建立生物信息学程序的书面质量管理()计划文件。必须包含每次运行时监测和评估运行性能的指标和质控参数,以及定期(例如每月、每季度)监测的指标和质控参数。指标和质控参数可包括但不限于标准品的突变类型及百分比。生物信息分析流程建立后,需要采用已知变异类型和变异频率的标准品进行验证,验证其特异性和灵敏度是否达到实验室要求。验证结果签名留底备案。(1)数据存储:实验室需要在生物信息分析过程中对原始数据及最后的结果数据进行标准化存储,并要保存相应的年限以备查。(2)版本可追溯性:每份病例数据分析报告中,生物信息数据分析流程所涉及软件、算法、参数及数据库的版本必须可溯源。(3)异常记录。实验室需要建立

一个异常记录文档,用来记录偏离生物信息分析标准分析流程的检测。

3生物信息分析质量指标:原始文件及比对结果文件的质量指标见表1。

表14数据存储格式标准:为了规范和管理各类数据,各个实验室需按照编号进行数据管理,所有数据按照国际标准格式进行存储。必须建立本地变异数据库(用于检验变异真实性)。

5数据存储传输及共享安全标准:实验室需要制定规章制度以确认测序数据在内部及外部存储及传输过程中的安全性和机密性。正常人群的变异数据应该共享。

五、结果解释及报告

1临床报告包含内容:基于高通量测序技术,临床实验室比较容易的获取更高通量的临床样本检测数据,不可避免会检测到意义未知的变异位点,在实际工作中会有一定的不确定性。但的检测报告建议体现以下内容:

(1)检测名称,如基因变异检测报告。

(2)患者基本信息,姓名,年龄,性别,住院号,送样医院科室及医师等。

(3)样本信息,病理号,取材部位,样本类型(、新鲜、血液等)、送检日期、报告日期等。

(4)病理信息,肿瘤组织类型、位置、分期、细胞含量、

肿瘤细胞比例、特殊说明(出血、坏死、酸脱钙处理等)。(5)检测技术,包含所用基因、检测平台名称,分析软件版本号等。

(6)结果列表应包含,基因名称、变异在染色体位置、变异频率、的号(开头)及符合人类基因组变异协会()书写规范的突变类型、编码蛋白号(开头)及突变类型、杂合/纯合状态等。

(7)临床意义解读和批注:体细胞突变,报告各个肿瘤检测到的变异位点及临床意义。胚系突变,对于检测到的变异位点的致病性予以相应的临床解释。临床意义解读要客观平实的描述,在疾病相关性只描述既往研究中的疗效或预测,不能出现使用何种治疗手段或策略的语言。

(8)若检测失败,应阐述失败原因。

(9)最终报告应由检测者、报告医师或指定审核人联合签发。

2.基因变异的命名:在描述所检测出的基因变异时要遵循一定的原则和规范,推荐使用人类基因组变异协会命名指南()。对于遗传病相关基因变异命名,推荐美国医学遗传学学院(;)的遗传疾病变异分类指导的命名、遗传背景说明以及权威文献说明。

3.临床意义的解读和批注:对于肿瘤体细胞突变,根据突变的类型和已有的报道及指南,基因变异提倡分级的处理方

式:

A级:美国食品药品管理局()或中国食品药品管理局()批准的用药治疗靶点;写入中外诊疗指南有明确诊断/治疗/预后意义的变异。在报告注释该变异位点的临床诊断/治疗/预后意义的权威指南来源。

B级:尚未进入诊疗指南,但已经写入该领域的专家共识的变异位点。注释时要批注研究报道及专家共识的来源,明确其药物及其临床意义、正在开展的状态等信息。

C级:或批准用于其他肿瘤可预测疗效的基因变异,或者正在进行中的临床试验变异位点。注释时要批注用于其他肿瘤的权威指南,研究文献及临床试验正在开展的状态等信息。D级:处于学术争议或临床意义不明确的基因变异。同一实验室应该有统一的政策用来应对检测过程中出现的临床意义不明变异情况。

对于以上几种情况在报告的时候注意客观平实地描述检测的结果,在病理报告中不能出现建议使用何种治疗手段或策略的语言。

对于遗传疾病()检测,除了中外诊疗指南及重要参考文献以外,推荐两个数据库:()和美国医学遗传学学院()的遗传疾病变异分类指导注释临床意义,并附上数据库和参考文献内容。遗传注释还可以参考各亚专科的专业数据库进行注释(比如乳腺癌1/2基因等)。

4.意义不明位点的处理:由于通量的增加和人种差异,临床肿瘤样本可能发现新的变异位点。实验室必须制定相关政策方案用来应对检测过程中出现的临床意义不明变异情况。政策可以是一发现变异就报告,但附上说明和意义。也可以是不报道这些发现或只报道小部分变异结果,并附上说明和参考文献及数据库。但是在报告的备注里一定要声明本实验室的报告规则。

5.知情同意:建议提供患者手写或在线版的知情书。

实验室各种安全注意事项

实验室各种安全注意事项 一、实验室防火安全 1.实验室内必须存放一定数量的消防器材,消防器材必须放置在便于取用的明显位置,指定专人管理,全体人员要爱护消防器材,并且按要求定期检查更换。 2.实验室内存放的一切易燃、易爆物品(如氢气、氮气、氧气等)必须与火源、电源保持一定距离,不得随意堆放。使用和储存易燃、易爆物品的实验室,严禁烟火。 3.不得乱接乱拉电线,不得超负荷用电,实验室内不得有裸露的电线头,严禁用金属丝代替保险丝;电源开关箱内不得堆放物品。4.电器设备和线路、插头插座应经常检查,保持完好状态,发现可能引起火花、短路、发热和绝缘破损、老化等情况必须通知电工进行修理。电加热器、电烤箱等设备应做到人走电断。 5.使用电烙铁,要放在非燃隔热的支架上,周围不应堆放可燃物,用后立即拨下电源插头。 6.可燃性气体钢瓶与助燃气体钢瓶不得混合放置,各种钢瓶不得靠近热源、明火,要有防晒措施,禁止碰撞与敲击,保持油漆标志完好,专瓶专用。使用的可燃性气瓶,一般应放置室外阴凉和空气流通的地方,用管道通入室内,氢、氧和乙炔不能混放一处,要与使

用的火源保持10m以上的距离。所有钢瓶都必须有固定装置固定,以防倾倒 7.实验室内未经批准、备案,不得使用大功率用电设备,以免超出用电负荷。 8.严禁在楼内走廊上堆放物品,保证消防通畅通。 二、实验室化学药品安全 1.各级各类实验室所用化学药品的必须由学校统一组织购置,任何实验室和个人不得私自购置。购置剧毒类和易制毒类药品需经公安部门许可,持许可证方可购置。 2.化学药品要分类存放,相互作用的药品不能混放,必须隔离存放。所有药品都必须有明确的标签,贮存室和柜必须保持整齐清洁。有特殊性质的药品必须按其特性要求存放。无名物、变质过期的药品要及时清理销毁。实验室内不得存放剧毒类药品。 3.危险化学药品容器应有清晰的标识或标签。遇火、遇潮容易燃烧、爆炸或产生有毒气体的危险化学药品,不得在露天、潮湿、漏雨和低洼容易积水的地点存放;受阳光照射易燃烧、易爆炸或产生有毒气体的危险化学药品应当在阴凉通风地点存放。危险化学药品的存放区域应设置醒目的安全标志。

检测实验室安全试题(卷)试题(卷)

检测实验室安全标准培训试题(总分100分) 姓名分数 一、填空(每空1分,共26分) 1、实验室对实验室安全和安全管理体系负最终责任。 2、实验室应在中指定人员作为安全责任人。 3、实验室应开展对实验室工作的安全检查。安全检查应包括对、、、、、、等的安全检查。 4、危险源识别宜采用系统识别危险源的方法,宜从、、、 及等方面对评价单元进行危险源辨识。 5、实验室应配备的人员确保安全工作的开展。 6、员工在工作场所接触的物理因素,包括:、、、(包括紫外线、可见光、红外线、远红外线)、、、、和等,应不超过GBZ 2.2所规定的限值。 7、易燃液体储存间宜配制、,必要时还应有防爆装置。 二、判断题(每题1分,共20分) 1、电路或电器着火时,可用泡沫灭火器灭火。() 2、开启氨水、浓盐酸瓶应该在通风櫉中进行。() 3、能相互反应产生有毒气体的废液,不得倒入同一收集桶中。若某种废液倒入收集桶会发生危险,则应单独暂存于一容器中,并贴上标签。() 4、公安部门负责危险化学品的公共安全管理,负责发放剧毒化学品购买凭证和准购证,负责审查核发剧毒化学品公路运输通行证,对危险化学品道路运输安全

实施监督,并负责前述事项的监督检查。() 5、气体钢瓶使用后,可以不关闭阀门。() 6、危险化学品用完后就可以将安全标签撕下。() 7、禁止穿拖鞋、背心、短裤(裙)进入实验室,高跟鞋可以进实验室。() 8、使用和储存易燃、易爆物品的实验室应根据实际情况安装通风装置,严禁吸烟和使用明火,大楼和实验室应有“严禁烟火”的警示牌,配置必要的消防、冲淋、洗眼、报警和逃生设施。() 9、电加热设备必须有专人负责使用和监督,离开时要切断电源。() 10、对剧毒品采取必要的保安措施,防止剧毒化学品被盗、丢失或者误售、误用;发现剧毒化学品被盗、丢失或者误售、误用时,必须立即向当地公安部门报告。() 11、对于无机酸类废液,实验室可以收集后进行如下处理:将废酸慢慢倒入过量的含碳酸钠或氢氧化钙的水溶液中(或用废碱)互相中和,再用大量水冲洗。() 12、储存在冰箱内的所有容器,应当清楚地标明内装物品的品名、储存日期和储存者的姓名。() 13、箱式电阻炉的使用必须经过实验室管理员的同意,确保安全用电。() 14、水银温度计破了以后正确的处理是:洒落出来的汞必须立即用滴管、毛刷收集起来,并用水覆盖(最好用甘油),然后在污染处撒上硫磺粉,无液体后(一般约一周时间)方可清扫。() 15、盛装废弃危险化学品的容器和受废弃危险化学品污染的包装物,必须按照危险废物进行管理。() 16、对高压气体钢瓶要分类保管,直立固定。严禁将氯气与氨气,氢气与氧气,乙炔与氧气混放在一个房间。() 17、酸、碱、盐水溶液使用后,经自来水稀释后可直接排入下水道。() 18、有机废物、浓酸或浓碱废液等倒入水槽,只要加大量的自来水将之冲稀即可。()

临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识

四标准与规范四 DOI:10.3760/cma.j.issn.0529?5807.2017.03.001 基金项目:科技部卫生行业科研专项基金(201402001) 执笔人:叶丰(四川大学华西医院病理研究室);吴焕文(中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科) 通信作者:梁智勇(中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科,E?mail:liangzhiyong1220@yahoo.com);步宏(四川大学华西医院病理研究室/病理科,E?mail:hongbu@scu.edu.cn) 临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识 ‘临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识“编写组 近年二代基因测序(next?generationsequencing,NGS)技术快速发展,其应用已进展至临床检测,如遗传疾病二实体肿瘤二血液肿瘤二感染性疾病二人类白细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等三国内外有关学会已出台相关共识与指南以推动其在临床中的应用[1?4]三中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会前期组织病理二临床二生物信息等专家进行了充分讨论,拟在NGS的操作流程二数据处理二结果解读等方面作规范和建议,以规范NGS在分子病理领域的应用三 临床分子病理实验室NGS样本可采用甲醛固定石蜡包埋(formalin?fixedparaffin?embedded,FFPE)组织二新鲜组织二各种体液及其上清液二体液离心细胞蜡块二血浆/血液标本等三本共识特色是基于病理评估的组织样本(FFPE组织二新鲜组织)而形成的规范三测序分析范围基于目前临床需求,本共识着重于目标区域测序(panel)分析的实践三随着技术的更新和应用的成熟,本共识将持续更新以满足临床需求三 一二实验室总体要求 NGS检测实验室的总体设计与要求应参考‘分 子病理诊断实验室建设指南(试行)“二‘医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则“二‘个体化医学检测质量保证指南“二‘肿瘤个体化治疗检测技术指南“二‘个体化医学检测实验室管理办法“二‘测序技术的个体化医学检测应用技术指南(试行)“进行[5?7]三 1.NGS检测人员的资质要求:NGS检测技术人 员应具备临床病理学二分子生物学的相关专业大专 以上学历,并经过NGS技术的理论与技能培训合格,同时具有临检中心‘临床基因扩增实验室技术人员培训合格证“三数据分析人员应具有临床医学二分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训三最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景二经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人(高级职称或医学博士学位)审核三 2.NGS检测实验室的区域设置要求:原则上 NGS实验室应当有以下分区:样本前处理区二试剂储存和准备区二样本制备区二文库制备区二杂交捕获区/多重PCR区域(第一扩增区)二文库扩增区(第二扩增区)二文库检测与质控区二测序区二数据存贮区三各工作区空气及人员流向需要严格按照‘医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则“配置三分区可根据实际情况合并,但是在前处理和建库时,血液样本与组织样本分开三 3.NGS检测试剂及项目要求:试剂和测序平台 应选择中国食品药品监督管理总局(CFDA)认可产品三涉及实验室自配试剂,应该有严格的试剂制备标准操作规程(SOP),需经过临床实验室自建项目(LDT)验证合格才可使用三每个NGS检测项目在验证时需要根据建库方法二测序平台和分析工具以及不同的突变类型,包括单碱基突变(singlenucleotidevariant,SNV)二小片段插入或者缺失(Indel)二基因拷贝数变异(copynumbervariations,CNV)二染色体结构变异(structuralvariation,SV)以及不同的样本类型(如FFPE组织二新鲜组织二全血二 胸水等)对特定panel的准确性二精确性二敏感性二特异性等性能参数进行LDT验证三应该有经过标准品测试的在不同的变异频率(mutantallelefrequencies,MAF)下,不同测序深度的灵敏度及特异度数据,确定不同样本的可信的测序深度三经验证后,SOP发生的任何改动,包括试剂二仪器二基因项目等都需要重新做验证三验证实验结果签名留底备案三 4.NGS检测实验室的质量管理要求:NGS检测 万方数据

欧盟转基因生物安全检测技术分析

摘要:为了了解欧盟转基因生物安全检测技术发展现状,提高我国转基因安全监管水平。本研究根据对欧盟8家转基因检测相关机构现状的调查和分析结果,阐述了转基因检测过程中的关键技术要点及欧盟的实施情况,具体包括抽样与制样方法,转基因检测方法的循环验证与参数要求,样品的检测策略与实验室环境要求,以及检测结果的表述与不确定度评估。并结合我国转基因生物安全检测发展现状,提出了开展检测方法的实验室联合验证和加强转基因定量PCR检测技术的研发和应用的建议。 关键词:欧盟;转基因生物;检测技术 引言 1.随着转基因技术的兴起和快速发展,转基因产品的安全性问题逐渐成为国际社会普遍关注的热点和焦点[1,2]。为促进转基因产业的健康发展,保障消费者的知情权和选择权,世界上许多国家和地区颁布了相关的转基因生物安全管理与标识制度[3-5]。其中,欧盟是世界上转基因生物安全管理与标识管理制度较为严格和完善的地区,也是第一个提出进行阈值管理的地区[6]。为了给转基因生物安全管理与标识制度提供技术支撑,欧盟花费庞大人力、物力和财力进行转基因检测技术研究。 2.构建了完善的转基因检测方法循环研制实验室网络和转基因检测标准物质研制机构[7,8]。在欧洲,执行转基因检测的机构组成了欧洲转基因检测网络实验室(EuropeanNetworkofGMOLaboratories,ENGL)。ENGL除了进行日常检测,还对欧盟设置在欧盟联合研究中心(JointResearchCentre,JRC)下属健康与消费者保护研究所(InstituteforHealthandConsumerProtection,IHCP)的欧盟转基因食物与饲料基准实验室(EuropeanUnionReferenceLaboratoryforGMFood&Feed,EURL-GMFF)研制和提供的转基因检测方法进行验证[9,10]。 3.目前国际上研制的转基因检测标准物质和发布的转基因检测标准方法有一半以上来自欧盟,因此有必要对欧盟的转基因检测技术平台进行分析研究。根据在欧盟联合研究中心健康及消费者保护研究所下属欧盟转基因食品和饲料基准实验室、意大利拉齐奥大区和托斯卡纳大区动物预防性实验研究院下属转基因检测国家基准实验室、翁布里亚区食品科技园(3A-PTA)内第三方食品安全检测实验室(Analysis)、洛迪省Tavazzano种子检测实验室等8家转基因检测相关机构(实验室)和单位进行的调研和考察,本文重点阐述了转基因检测过程中的关键技术要点以及欧盟的实施情况。并结合我国转基因生物安全检测发展现状提出相应建议,旨为我国转基因检测技术的发展提供参考。 一、抽样与制样 1.1抽样是转基因成分检测的第一个环节,也是非常复杂和重要的环节。抽样要有代表性,要能准确反映出样品的总体情况[11]。欧盟国家转基因安全管理主要遵循预防原则,与我国采取的源头控制理念类似。以意大利为例,目前意大利尚未批准转基因作物的商业化种植,在转基因生物监控计划实施过程中,边境检查站、国家宪兵队和地区卫生部门等执法机构负责抽样工作,样品主要来自进口等环节;农业部执法机构抽检样品则主要来源于种子企业的种子库,基本不对市场上销售的产品进行检测。 1.2因此,意大利转基因检测抽样主要是针对批次货物,不涉及田间种植样品。在典型情况下,欧盟国家执法机构的抽样工作参照《Rec.2004/787/ECTechnicalguidanceforsampl-inganddetectionofGMOs》进行[12],可以对多至109粒的样品进行抽样。多个取样点至少可以获得105粒种子,将多个取样点的样品混匀,从中取出3份各3000粒种子交给转基因检测机构进行检测。转基因检测机构将其中一份3000粒种子粉碎,取少量(至少包含105个粉碎的颗粒)粉末提取DNA,用于转基因检测(批

实验室安全管理

实验室安全管理 一、相关制度和措施 主要内容 (一)、实验室安全制度和责任制 (二)、实验人员安全知识培训 (三)、废弃物处理 (四)、实验室的基本安全守则 (一)、实验室安全制度和责任制 1、建立和完善制度 制定一系列严格的安全管理制度的目的是保障实验室场所、人员以及仪器设备的安全。 2、实行责任制 为保证制度建立的有效运行,应建立完善的安全组织机构,明确各级人员的责任制,机构应有一名主要负责人主管安全工作,并与各科室签订安全责任书。 3、实验室通用安全制度 (1)坚持“安全第一,预防为主”和“谁主管,谁负责”的原则。 (2)加强防火、防盗、防水、防事故工作。 (3)大型、贵重精密仪器应设专人负责保管。 (4)有效控制实验室准入。 (5)严禁在实验室吸烟,用膳和会客。

(6)加强用电的安全管理。 (7)增强环保意识,凡属有害气体,污物排放的实验室必须按要求和规程安装通风、排风设备,设置污物、污水收集处理装置或系统。 (8)实验室必须根据要求、配备消防器材和防盗装置,并做好日常维护和管理,确保安全设施的有效性。 (9)实验室布局合理,应经常保持清洁整齐,不得在实验室及相关通道堆放杂物,以保证人流和物流的通畅。(10)如发生盗窃和意外事故,不得隐瞒,应保护好现场,尽快报告保卫部门及主管部门及时进行处理。 (11)各实验室应根据制度要求,对易燃易爆品、有毒有害品、菌毒株、腐蚀性物品及放射性物品,应严格按安全操作规定制订实施细则和作业指导。 (二)、实验人员安全知识培训 实验室的安全管理制度,不仅要张贴公布,关键是要使每个员工熟悉和遵守。安全工作必须预防为主,因此,经常性安全教育是十分重要的,尤其对新员工的培训更为重要,以增强他们的安全意识。 1、计划 2、内容 内容应包括法律、法规和各项规章制度、安全防范技能、专业安全知识等。

临床基因检测实验室建设要求

临检实验室建设标准与要求 一、高通量测序(NGS)实验室简介 1.1NGS实验室又叫高通量测序检测实验室。NGS是下一代测序技术(N EXT G ENERATION S EQUENCING)即高通量测序技术的简称。高通量测序技术是 对传统S ANGER测序(称为一代测序技术)革命性的改变,可同时对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,也称为深度测序 (D EEP SEQUENCING)。 1.2由于NGS技术对所检测的核酸模板进行大量扩增,容易出现实验室污 染导致检测结果准确性下降;另外NGS技术要求高、影响因素多,实验过程处理不当易导致检测结果准确性下降或检测失败。因此临床基因扩增检验实验室技术验收和规范化管理是NGS技术本身需要,也是在临床上顺利应用该技术前提。 二、NGS实验室临床应用的基本条件 2.1必须拥有符合临检中心相关规定的标准NGS实验室。 2.2检测设备必须符合标准NGS实验室设置要求:高通量测序仪及配套服 务器;高通量测序检测试剂盒;通用电脑;自动分析软件,实验室样本信息管理系统等。 2.3检测人员必须通过专门的技能培训,并获得省级以上卫生计生行政部门 颁发的临床基因扩增检验技术上岗证书。NGS实验室必须建立严格的实验室管理制度、建立标准化操作程序(SOP)、建立系列质量管理文

件等,确保实验室日常运行符合国家卫生部的要求,确保检测结果准确、确保实验室卫生安全,确保实验室长期稳定运行。 2.4NGS临床应用必须在无菌无尘环境下进行操作。 三、NGS实验室建设基本要求 3.1主体结构 主体为彩钢板、铝合金型材。室内所有阴角、阳角均采用铝合金50内圆角铝,从而解决容易污染、积尘、不易清扫等问题。结构牢固,线条简明,美观大方,密封性好。 3.2标准的各区分隔和气压调节 将检测过程分成试剂准备、样本制备、PCR扩增和高通量测序四个独立的实验区。整个区域有一个整体缓冲走廊。每个独立实验区设置有缓冲区,同时各区通过气压调节,使整个检测实验过程中试剂和标本免受气溶胶的污染并降低扩增产物对人员和环境的污染。 可打开缓冲区和PCR扩增区的排风扇往外排气,在实验区的外墙上和各扇门上都安装有风量可调的回风口,空气通过回风口向室内换气。 3.3消毒 在每个实验区和缓冲区顶部以及传送窗内部安装有紫外灯,供消毒用。在各区还设置移动紫外线灯,对实验桌进行局部消毒。 3.4机械连锁不锈钢传递窗

美国病理学会对于二代测序临床诊断的实验室标准

美国病理学会(CAP)对于二代测序临床诊断的实验 室标准 相对于桑格测序来说,二代测序的较高的通量和每个碱基所消耗较低的成本,使得其快速应用于临床检测领域。尽管在1988年美国病理学会(CAP)没有给出这项技术在临床诊断上的实验室标准规范。但在过去的几年,能够提供二代测序检测服务的实验室相应的不断增加。 目的:针对应用二代测序技术的临床诊断给出一个检查清单用以标准化实验操作平台和生物信息数据分析平台。因为基于NGS的临床检测是一个新的诊断技术,而且相对于一代测序其更为复杂,所以目前亟需针对这些检测制定新的标准规范。 设计:针对NGS制定必要的规章制度,促进这项技术更好地应用于临床检测。在2011年CAP成立了NGS工作组委员会,以对检测清单的项目内容进行仔细研究。 结果:在CAP分子病理学检测清单中总共包含针对实验操作平台和生物信息数据分析平台的18项实验室认证要求清单。 结论:这项经CAP委员会认真考虑后所给的报告陈述了对于制定新的检测清单的重要性。其中包含文件、批准、质保、验证、异常日志、监控升级、各个版本解释及报告、附带的发现、数据储藏、可追溯性模板、数据传送保密性等的处理。 DNA测序即二代测序技术(NGS)由七十年代的化学测序法和桑格测序法逐渐演化而来。NGS与一代测序主要的不同是其可以并行的对数以百万的DNA短片段同时测序而非仅有一种DNA片段。在九十年代中期基于荧光毛细管凝胶电泳的自动化桑格测序的产生使得DNA测序普遍应用于临床诊断。而NGS更高的通量远远超过自动化桑格测序。二代测序的较高的通量和每个碱基所消耗较低的成本,使得其快速应用于临床检测领域,尽管NGS各方面分析都更为复杂。包括数据获得和储藏的案例远超出于1988年临床检验科改善后的实验室修正案,对于后续数据计算具有较大挑战性。NGS检测的领域涉及遗传病、实体瘤、恶性血液病、传染性疾病,人类白细胞抗原分析,非侵害性产前诊断,胎儿染色体异常检测。

转基因植物产品检测实验室一览

转基因植物产品检测实验室一览 序号仪器名称用途参考品牌型号与配置大大致预算 1 高速冷冻离心机生物样品的高速分离 (冷冻保持样品生活 活性)。 德国eppendorf;美国 Thermo;德国Sigma; 德国Herolab。 50000 120000 2 定性PCR扩增仪 微量基因片段 (DNA/RNA)的扩增 德国Peqlab、美国ABI、 德国eppendorf、美国 Bio-rad。 50000 110000 定量CR扩增仪 (荧光定量PCR) 扩增的同时对基因片 段做定量检测。 美国ABI、德国 eppendorf、美国 Bio-rad。 250000 780000 3 PCR专用工作台保证PCR时的无污 染。(或建设标准的 PCR层流实验室) 德国Peqlab。 (国产超净台也可替 代。) 10000 34000 4 电泳槽、电泳 仪 基因片段扩增之后跑 凝胶。 德国Peqlab、美国 Bio-rad。或北京六一。 15000 40000 5 凝胶成像系统对凝胶进行分子量、 等定性分析 法国VL,美国Bio-rad、 或国产。 350000 150000 6 紫外透射仪国产6000 15000 7 制冰机国产20000 35000 8 CO2培养箱美国Tehrmo。美国 shellab 20000 50000 9 液氮罐国产。4000 10000 10 超纯水 美国millipore;美国 Tehrmo。 40000 76000 双蒸馏水发生 器 国产 4000 18000 11 分子生物常用耗 材与试剂 5000 10000 12 转基因专用试剂5000 10000 其他设备: 细胞融合仪、核酸提取仪、紫外分光光度计、核酸蛋白检测仪磁力搅拌机杂交仪、-30℃低温冰箱、超低温冰箱、漩涡混合器、超声波细胞粉碎仪、自动恒温酶标。

实验室安全须知

实验室安全须知 姓名:XXX 部门:XXX 日期:XXX

实验室安全须知 一、 实训中心主要危险源及其分布 1. 危化品实训中心涉及的危险性化学品主有氧气、液化汽。平时不贮存在实训中心,只有在做实验时,才从学校危化品贮存库取来使用。详细见下表1。表1实训中心涉及的危险化学品 序号品名使用现场量(房间)最大存量备注1氧气1(瓶)0(瓶)202室2液化石油气1(瓶)0(瓶)202室3硫化氢1(瓶)0(瓶)202室4一氧化碳1(瓶)0(瓶)202室危险化学品的理化性质及危险特性见附件1所示。2. 电器设备实训中心的电器设备主要有:电机控制实验装置、数控机床、电脑、投影实验系统、红外摄影监控系统、可变频控制器等。详细见表2所示。表2电器设备等列表清单序号名称数量使用地点(房间)可能发生的事故原因1机床排故装置10102机械伤害、触电火灾操作违规2电机控制实验台4104触电火灾操作违规3电机调速与排故实验装置12105机械伤害、触电火灾操作违规4数控机床1106机械伤害操作违规5变频器及PLC装接10401触电火灾操作违规6电工技术实验台12402触电火灾操作违规7电子焊接操作台36404触电火灾操作违规8PLC设计20405触电火灾操作违规9电脑150106、301、307、405、502、503、504、507火灾电线老化,短路电器设备易发事故:主要是触电、火灾,其中触电原因主要是电器由故障或潮湿漏电等原因引起;火灾主要原因有两个:一是自燃,主要是由于内部线路故障机潮湿造成内部短路以及房屋漏水等原因造成,二是实验人员不当使用明火(比如抽烟)等造成木制桌椅及窗帘等易燃物着火所致。 第 2 页共 14 页

实验室常用标准

1.GB21549-2008实验室玻璃仪器玻璃烧器的安全要求; 2.GB/T21784.2-2008实验室玻璃器皿通用型密度计第2部分:试验方法和使用; 3.GB/T21298-2007实验室玻璃仪器试管; 4.GB/T21297-2007实验室玻璃仪器互换锥形磨砂接头; 5.GB/T11414-2007实验室玻璃仪器瓶; 6.GB/T12804-2011实验室玻璃仪器量筒; 7.GB/T12805-2011实验室玻璃仪器滴定管; 8.GB/T12806-2011实验室玻璃仪器单标线容量瓶; 9.GB/T28211-2011实验室玻璃仪器过滤漏斗; 10.GB/T28212-2011实验室玻璃仪器冷凝管; 11.GB/T28213-2011实验室玻璃仪器培养皿; 12.GB/T22362-2008实验室玻璃仪器烧瓶; 13.GB/T22067-2008实验室玻璃仪器广口烧瓶; 14.GB/T11165-2005实验室pH计; 15.GB/T30431-2013实验室气相色谱仪; 16.GB4793.7-2008测量、控制和实验室用电气设备的安全要求第7部分:实验室用离心机的特殊要求; 17.GB12803-1991实验室玻璃仪器:量杯; 18.GB12807-1991实验室玻璃仪器:分度吸量管; 19.GB12808-1991实验室玻璃仪器:单标线吸量管; 20.GB21549-2008实验室玻璃仪器:玻璃烧器的安全要求; 21.GBT11414-2007实验室玻璃仪器瓶;

22.GBT12804-2011实验室玻璃仪器:量筒; 23.GBT12805-2011实验室玻璃仪器:滴定管; 24.GBT12806-2011实验室玻璃仪器:单标线容量瓶; 25.GB/T12807-1991实验室玻璃仪器:分度吸量管; 26GB/T12808-1991 实验室玻璃仪器:单标线吸量管; 27.GBT12809-1991实验室玻璃仪器:玻璃量器的设计和结构原则; 28.GBT12810-1991实验室玻璃仪器:玻璃量器的容量校准和使用方法; 29.GBT14149-1993实验室玻璃仪器:互换球形磨砂接头; 30.GBT15723-1995实验室玻璃仪器:干燥器; 31.GBT15724-2008实验室玻璃仪器:烧杯; 32.GBT15725.4-1995实验室玻璃仪器:双口、三口球形圆底烧瓶; 33.GBT15725.6-1995实验室玻璃仪器:磨口烧瓶; 34.GBT21297-2007实验室玻璃仪器:互换锥形磨砂接头; 35.GBT21298-2007实验室玻璃仪器:试管; 理化仪器类 1.GBT1914-2007化学分析滤纸; 2.GB24789-2009用水单位水计量器具配备和管理通则; 3.GBT11007-2008电导率仪试验方法;

实验室工作人员须知

实验室工作人员须知 1、安全设施 1.1 实验室内安全设施必须保证完好,有明确的标记 1.2 实验室走廊、通道必须保持清洁,没有障碍物 1.3 每位实验室员工必须了解实验室内安全消防设施和紧急疏散的具体位置,如灭火器、 紧急冲淋器、医药箱等,并掌握如何正确使用。 2、人员安全 2.1 实验室内必须保持整洁;在实验中溢出或溅出的样品或化学试剂应马上清除,并按 照安全规则做相应处理。 2.2 实验室实验区域内不得放置任何食品及饮料,不得在此吃喝食物和饮料。 2.3 在实验室内人员必须根据规定正确穿戴劳动防护用品(如进入相关实验区域应佩戴 防护眼镜等)。 3、操作安全 3.1 实验室应配有相应的化学品清单和MSDS资料,在实验前要查阅相关资料内容。 3.2 新员工必须接受相关的安全培训,获取必要的安全信息和掌握必备的操作技能。 3.3 玻璃器皿必须分类存放并保持清洁,严防承载重物。 3.4 实验室员工在做实验前必须佩戴好防护眼镜,在处理化学品时应根据相关规定戴好 相应的劳防用品,如安全手套等。 3.5 实验室仪器必须按照作业指导书或仪器使用说明书由受过培训的人员正确使用。 3.6 离开实验室的最后一位员工,应确保水、电、气等关闭并检查烘箱等(具有温度保 险装置)是否处于受控或其他正常状态。 3.7 一旦有员工发现实验室内有异常现象,如物料泄漏等,必须及时向现场负责人汇报 以便及时有效处理。 4、实验室化学品存取安全 4.1 实验室员工必须按安全环保规则正确使用化学品。 4.2 使用的化学品必须明确标记,储存在实验室指定区域。 4.3 在实验室内只能放置工作需要量的可燃性液体;易爆品不得存放在一般冰箱及烘箱 内。 4.4 带有易挥发化学物质或其他特殊危险化学品的实验操作应尽可能在通风柜或其他有 良好通风条件的环境中进行。 5、环境与环保 5.1 实验室工作人员应保持工作场所的环境整洁,包括保持玻璃器皿,试验台和地面整 洁。 5.2 实验室的废弃物包括废液和废料,其中有毒有害的物料,应根据相关安全环保规定 收集起来并写明标签。 实验室内事故的预防、处理与急救 1、着火 着火是有机实验室常见的事故,预防着火要注意以下几点: 1.1 防火的基本原则是使火源与溶剂尽可能远离,尽量不用明火直接加热。盛有有机溶 剂的容器不得靠近火源。数量较多的易燃有机溶剂应放在危险药品厨内。

艾滋病检测实验室的安全防护措施和要求(一)

艾滋病检测实验室的安全防护措施和要求(一) 艾滋病检测实验室人员安全防护工作对预防及减少意外事故的发生,提供意外事故发生时的处理方法,明确制定“艾滋病实验室安全防护和要求”是十分必要的。 1艾滋病检测实验室的安全操作和防护措施除做好对临床实验室10条要求外,还应做到以下8点: 1.1具有高度的实验室全安防护意识: 1.1.1实验室审评专家验收考核时,应对设备和实验室安全时行评估,对提出的意见和指出的隐患要及时改进。 1.1.2建立本实验室的安全-标准操作程序,这些程序适用于现有实验条件,并与其他规则和操作过程相一致。 1.1.3无论是否有意外发生和新的危险出现,每年均要对安全-标准操作程序及实施情况进行检查。 1.2接受严格的培训和复训:所有工作人员都必须经过培训,并要接受实验管理人员的监督, 所有工作人员均有责任保证自己和他人的工作安全。 1.3注意个人保健: 1.3.1注意个人保健对于减少感染的危险性很重要。皮肤受损、患病都会增加感染的危险性。很小的伤口和擦伤都应以防水的敷料覆盖。 1.3.2进实验室前要摘除首饰,修剪长的、带刺的手指甲,以免刺破手套。 1.3.3进入实验室应穿隔离衣、戴手套,必要时戴两层手套和防护眼镜。 1.3.4切忌用嘴吸液,避免用锐利的器材和玻璃器皿,以减少刺伤机会。 1.3.5在脱去隔离衣,离开实验室前必须洗手。 1.4人员: 1.4.1实验室工作人员只限于被批准的、按艾滋病检测工作规范培训合格的人员。实验室工 作人员要有安全防护意识,熟悉生物安全知识和消毒技术。 1.4.2在安排工作人员的实验室区域时,要根据其工作的各类和所涉及的生物试剂,对实验室环境做好安全检查。 1.4.3严格执行实验室工作人员年度采血检测HIV抗体和备案制度。 1.5血清及其他体液样品:所有的样品均应严格按要求妥善保存,HIV抗体阳性样品应做好标记单独保存。 1.6带入及带出实验室的物品: 1.6.1所有带入实验室的包裹都应经过检查。 1.6.2装有样品、细菌或病毒株及有毒物的包裹应在安全柜或其他适当的消毒装置内打开。 1.6.3在将HIV/AIDS样品转到其他实验室时,实验室负责人和指定人员应确定样品送达哪个实验室。 1.6.4向实验室运送样品时,应防止对工作人员、患者或环境造成污染。 1.6.5应将样品放入可靠、安全防漏的容器中运输。所有样品应装入密封塑料管内,样品管外面套上塑料袋,一并装入有缓冲垫的冷藏瓶内,做好标记。 1.6.6护送者应了解接受者,并保证这些材料被转入安全位置,得到安全的处理。

(完整版)实验室要求及注意事项_0

---------------------------------------------------------------最新资料推荐------------------------------------------------------ 实验室要求及注意事项 实验室要求及注意事项上海畅通净化工程 changtongsys 上海畅通建筑装饰 changtongsh 首先要根据仪器的要求设计好相 对的房间,比如说精密天平要考虑,热源、震动、气流、静电等,原子荧光还要考虑空气的洁净,原子吸收要考虑排风等等。 总之实验室的装修原则是; 1 安全、 2 科学、 3 适用、 4 美观。 要做一个标准的实验室是要有很深的专业人员才能做到的。 1. 温湿度控制,涉及到空调,除湿机的配置等; 2. 通 风系统,一定要的; 3. 防震防火,一般没问题; 4. 防尘,注意门窗的设计; 5. 电源,注意有没有三相电和两相电的特别 需要。 6. 气体管路的布置,一般也没问题。 针对不同的客户群需要设计有全钢结构,钢木结构,铝木 结构,全木结构,全不锈钢结构及玻璃钢结构的产品;实验仪器:超净工作台,生物安全柜,烘箱,培养箱,电子天平等。 净化设备: 粗,中,高效过滤器;风淋室;净化空调;洁净传递窗;空 气自净器;净化工作台;洁净服;净化送风口等;一、实验 室要求理想的组织培养实验室应该建立在安静、清洁、远离污 染源的地方,最好在常年主风向的上风方向,尽量减少污染。 1/ 18

规模化生产的组织培养实验室最好建在交通方便的地方,便于培养产品的运送。 实验室的建设均需考虑两个方面的问题: 一是所从事的实验的性质,即是生产性的还是研究性的,是基本层次的还是较高层次的;二是实验室的规模,规模主要取决于经费和实验性质。 无论实验室的性质和规模如何,实验室设置的基本原则是:科学、高效、经济和实用。 一个组织培养实验室必须满足 3 个基本的需要: 实验准备(培养基制备、器皿洗涤、培养基和培养器皿灭菌)、无菌操作和控制培养。 此外,还可根据从事的实验要求来考虑辅助实验室及其各种附加设施,使实验室更加完善。 在进行植物组织培养工作之前,首先应对工作中需要哪些最基本的设备条件有个全面的了解,以便因地制宜地利用现有房屋,或新建、改建实验室。 实验室的大小取决于工作的目的和规模。 以工厂化生产为目的,实验室规模太小,则会限制生产,影响效率。 在设计组织培养实验室时,应按组织培养程序来没计,避免某些环节倒排,引起日后工作混乱。 植物组织培养是在严格无菌的条件下进行的。

实验室检验检测安全管理制度

山西省耐火材料产品质量监督检验站 实验室安全管理制度 为了切实和有效地搞好我站各个实验室检验检测安全管理工作,根据省、市局有关规定,结合我站各个实验室的实际情况,特制定本制度。 一、搞好实验室安全是保证实我站检验检测工作正常进行的前提,各级领导和工作人员必须从思想上认真重视实验室安全。做好防火、防爆、防毒、防环境污染和防盗窃工作,以防各种不测事故的发生,切实贯彻执行“安全第一,以防为主”的方针。 二、每个实验室应设置一名兼职安全员,其职责是宣传、监督和落实本实验室的各种安全措施。每间实验室用房应指定专人负责室内的安全、卫生及仪器设备和物资管理工作,并负责管好本室的钥匙,每天下班前负责对水、电、火、气、门窗及橱柜进行检查并作好记录。监督管理部门不定期进行监督检查。 三、对初次进实验室操作的工作人员和外来人员,本实验室的安全员及有关领导必须先对他们进行安全教育,了解有关安全规章制度,在掌握必要的安全操作知识后才能上岗,动手操作,否则发生事故有关领导应负主要责任。 四、放有易燃及易爆物品的实验室严禁动用明火、各种

电热器和能引起电火花的电气设备,室外门上应挂钉“严禁烟火”的警告牌,室内应放置消防器材,妥善保管,定期检查是否完好可用,消防器材不得移作它用,周围禁止堆放杂物。 五、剧毒品和放射性物质等危险品应有专人负责保管,领用必须经主管部门领导批准,领回后应办理登记手续,专柜分类贮存,严禁乱丢乱放,使用应作登记,严格执行“五双制”(双人管理、双锁、双人运输、双人领发、双人使用),不得私自存放或携带出室外。 六、钢瓶等压力容器必须有专人负责保管和使用,钢瓶应安放在铁架上以防倾倒,切实做好防爆、防火和防毒工作,使用和生产有毒气的实验室必须有良好的通风设施,实验应在通风橱柜内进行,室内应备有防毒面具。 七、每日检验检测工作结束后必须关闭水和煤气等,断开电源闸刀。捡查水池和下水管道有否堵塞。严防漏水、漏气和电气设备处于长时间通电、通水而无人照管的状态。 八、实验室贵重金属(如白金、黄金、银等)及其他贵重制品必须指定专人负责保管,离开实验室应随手关好门窗、橱柜和保险箱,门窗、气窗应安装防盗设施,防止发生事故。 九、劳动防护用品必须按规定正确使用。实验室工作人员应穿工作服上班。禁止赤膊或穿背心、平脚裤、拖鞋(室

基因检测行业调研

基因检测行业调研 继上次基因检测产业调研之后,这两周我们再次调研了几家基因检测公司,并且拜访了一些行业专家,现将调研的重点内容整理如下,欢迎大家交流探讨。 一、基因检测公司梳理 目前全国涉及基因检测概念的公司有200余家,按照业务范围划分,这些公司可以分为:①最上游的基因检测仪器开发企业(测序仪、芯片扫描仪、PCR设备),②提供样本处理试剂和耗材的中上游企业(建库试剂盒、检测试剂盒、工具酶、基因芯片),③提供第三方基因检测服务的中游企业,④提供测序数据存储、分析和出具报告的下游企业,⑤还有将这三部分整合起来提供CRO服务的商业公司,当然如果公司研发实力和经济实力允许,大部分公司会选择向上下游产业链延伸,进一步提升自己的盈利能力。 按照基因检测公司的服务内容,主要可以分为四类:科研服务、第三方临床基因检测服务、直接面向个人的检测服务、非医疗基因检测服务(例如食品、环境、刑侦等方面的应用)。 1 科研中的基因检测服务又分为两种情况,第一种是纯科研服务,检测目的纯粹是满足科研需要,不作为医学诊断的依据;第二种是以科研的名义为患者提供医学诊断服务,医生在其中起主导作用,推荐有需要的患者去做基因检测,医生在其中所获得的好处是得到用药指导依据、科研数据、获得销售提成,这是当前肿瘤基因测序普遍采用的手段,因为目前国内还没有一种获批临床的肿瘤高通量检测试剂盒,只能以科研的形式变相的进行医学诊断从而获取收益。纯科研基因检测市场在百亿级别。 2 第三方临床检测机构是指批准为医院提供检测外包服务的独立医学检验实验室,大部分第三方临检机构都能开展分子诊断服务(需通过临检中心的PCR实验室认证),例如QPCR、ddPCR、基因芯片等,但是高通量测序在临床检测上的应用当前受到限制,只有在试点名单上的机构才能出具正式的临检报告,目前出台了第一批四个领域的试点名单,分别是遗传病诊断、产前筛查与诊断、植入前胚胎遗传学诊断、肿瘤基因测序,试点单位名单由卫计委医政医管局和妇幼司共同制定。临床基因检测的市场空间在千亿级别。 3 提供面向个人基因检测服务的商业公司,提供的是非诊断性基因检测,例如23andMe是美国本地唯一一家被FDA批准的能够直接向个人提供基于基因检测分析服务公司,业务范围也仅仅提供祖源分析、遗传病筛查、酒精耐受、基因寻亲这四类遗传分析服务,23andMe此前的疾病风险筛查和药物过敏分析被禁止,而我国有许多直接面向个人的基因检测商业机构,业务范围甚至包括疾病风险、天赋基因、个性特征分析等一系列基因分析服务,未来有加强监管和整合的压力。商业化B2C基因检测的市场空间在十亿级别。

分子病理诊断实验室建设指南(试行

分子病理诊断实验室建设指南(试行

分子病理诊断实验室建设指南(试行) 2015-09-07 来源:中华病理学杂志编辑:hanhongwei 导读 随着疾病个体化治疗的发展,分子病理诊断已越来越多地应用于临床。 中华医学会病理学分会中国医师协会病理科医师分会中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会国家卫生和计划生育委员会病理质量控制与评价中心全国分 子病理指导委员会 随着疾病个体化治疗的发展,分子病理诊断已越来越多地应用于临床。分子病理诊断主要是指基于疾病组织和细胞等标本的分子遗传学检测,用于协助病理诊断和分型、指导靶向治疗、预测治疗反应及判断预后等。分子病理诊断实验室的规范化建设包括实验室的设置和管理、人员、项目和试剂的准入、质量保证和质量控制体系的建立等多个方面,是准确实施分子病理诊断的关键环节,目前国内这一领域尚处于起步阶段,缺乏相应的准入要求。为保证我国临床分子病理诊断的质量,中华医学会病理学分会、中国医师协会病理科医师分会、中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会、国家卫生和计划生育委员会病理质量控制与评价中心、全国分子病理指导委员会联合制订分子病理诊断实验室建设指南。 一、总则 1畅本指南根据枟医疗机构管理条例枠枟医疗机构临床实验室管理办法枠枟医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法枠枟医疗技术临床应用管理办法枠和卫生部枟病理科建设与管理指南(试行)枠等[1-6]文件制定。 2畅医疗机构应当统一管理分子病理检测项目,在规范的分子病理诊断实验室进行检测。 3畅以科研为目的的检测项目不得向临床出具检测报告,不得向患者收取任何费用,不得作为临床诊治的依据。 二、医院准入 三级甲等医院病理科应设置分子病理诊断实验室,符合条件的其他医院也可设置。 三、人员准入

激光实验室安全须知 汇总

激光实验室安全须知 操作激光器前,请认真阅读以下安全注意事项及建议。 请确保任何时间、任何情况下,禁止眼睛直视激光射线,即使佩戴了激光防护镜,亦不可直视激光发射口。 1、除非得到允许,非实验室人员不得进入激光器正在运作的房间或者激光工作区域。 2、不可直视激光束(迎着激光束射来的方向看)和它的反向光束,不允许对激光器件做任何目视准直操作。 3、搭建实验平台时,在激光发射口高度会有一个“工作平面”,在激光工作中请勿将头部接近这个工作平面,因为透镜及反射镜组反射、透射的光可能会入眼造成伤害。请勿使激光发射口及反射镜上扬,易导致向上发射的激光入眼造成伤害。 4、有些激光工作时会发射人眼不可见的红外、紫外光,切勿认为激光器发生故障而去用眼睛检查,在检查激光器时一定确保激光器处于断电情况下。 5、对于不可见的红外激光束,实验者更应了解实验的光路布局,并避免使自己的头部保持在激光束高度所在的水平面内。 6、使用激光时,实验人员应从身上除去任何带有闪亮表面的物体,如饰物、手表与徽章等,以避免反射的光入眼造成伤害。长头发需扎好带好实验帽。 7、禁止在激光路径上放置易燃、易爆物品及黑色的纸张、布、皮革等燃点低的物质(激光毁伤实验除外)。 8、脉冲(调Q、锁模、超快)激光的峰值功率极高,可能会造成实验元件的损坏,使用前请确认您的实验件的抗损伤阈值。 9、不允许将激光瞄准任何人体、动物、车辆、门窗和天空等,对于由此而带来的对目的物的伤害,操作者负有法律责任。 10、不得在未停机前或未确认储能元件均已放电完毕的情况下检修激光设备,避免造成电击伤害。 11、请注意一些波段的激光(如波长低于430nm或高于700nm的激光)视觉强度会明显弱于实际强度。 12、使用激光时,应佩戴好相应波长的激光防护镜,以保护眼部不受到激光的威胁。 使用前需仔细阅读,阅读后签字。

临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识

临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识

化治疗检测技术指南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测序技术的个体化医学检测应用技术指南(试行)》进行。 1.NGS检测人员的资质要求:NGS检测技术人员应具备临床病理学、分子生物学的相关专业大专以上学历,并经过NGS 技术的理论与技能培训合格。数据分析人员应具有临床医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人(医学博士学位或高级职称)审核。 2.NGS检测实验室的区域设置要求:原则上NGS实验室应当有以下分区:样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕获区/多重PCR区域(第一扩增区)、文库扩增区(第二扩增区)、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。各工作区空气及人员流向需要严格按照《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》。分区可根据实际情况合并,但是在前处理和建库时,血液样本应与组织样本分开。 3.NGS检测试剂及项目要求:试剂和测序平台均应选择中国食品药品监督管理总局(CFDA)认可产品。涉及到实验室自配试剂,应该有严格的试剂制备标准操作规程(SOP),需经过临床实验室自建项目(LDT)验证合格才可使用。每个NGS检测项目在验证时需要根据建库方法、测序平台和分析

工具以及不同的突变类型包括,单碱基突变single nucleotidevariant,SNVs、小片段插入或者缺失(Indels)、基因拷贝数变异Copynumber variations(CNVs)、染色体结构变异,structuralvariation(SVs)以及不同的样本类型(如FFPE组织、新鲜组织、全血、胸水等)对特定panel 的准确性、精确性、敏感性、特异性等性能参数进行LDT验证。应该有经过标准品测试的在不同的mutant allele frequencies(MAF)下,不同测序深度的灵敏度及特异性数据,确定不同样本的可信的测序深度。经验证后,SOP发生的任何改动,包括试剂、仪器、基因项目等都需要重新做验证。验证实验结果签名留底备案。 4.NGS检测实验室的质量管理要求:NGS检测主要包括实验操作和生物信息学分析两部分。实验操作部分包括样本准备、文库制备、编码(barcoding)、目标区域富集、测序等;生物信息学分析部分包括定位(mapping)、比对、变异识别、变异注释、变异解读及报告等。上述流程均需要建立实验室质量管理体系文件和SOP及机器运行和维护SOP,具有严格的室内质控措施;定期参加室间质评以有及持续的质量保证和改进计划。 二、NGS分析样本、基因panel和转运要求 NGS分析样本类型可采用FFPE样本、新鲜组织、各种体液上清液、体液离心细胞块石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。

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