基因的定位克隆

F2群体构建
引物设计常用软件及网站
设计软件： primer3.0
http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi
primer5.0（寻找酶切位点，设计引物） Webprimer
http://seq.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer
+ cv + cv
双交换型
ec
ct
+
ec
+
+
+
ec +
+
+ cv
cv
ct +
+
ec
ct
cv
cv
ct
+ ct +
+ + ec
+ + cv
ct
+
ec
+
+
cv
3、计算重组值，确定图距
(1)、计算ct—cv的重组值
忽视表中第一列(ec/+)的存在，将它们放在括弧中，比 较第二、三列：
(ec) (+) (ec) (+) (ec) (+) (+) (ec) ct + + ct + ct + ct + cv cv + + cv + cv 2125 2207 273 265 217 223 5 3

近等基因系是指只有目标性状基因有差异，其它性状基因 相同的2个群体，可以通过连续回交的途径获得。 由于近等基因系需要连续的回交，所需的时间较长，因此 Michelmore等(1991)提出了群组分离分析法（BSA法）， 将分离群体中研究的目标性状根据其类型(如抗病、感病) 分成2组，将每组内一定数量的植株DNA 等量混合，形成 两个池，这两个池仅在目标性状(如抗病性)上有差异。利 用分子标记技术寻找两个池的扩增谱带的差异，这种多态 性极可能与目标基因连锁。再用所有的分离后代单株，验 证该多态性是否真正与目标基因连锁及连锁距离的确定。
图位克隆的特点是无需预先知道基因的DNA顺序，也无需 预先知道其表达产物的有关信息，但应有以下两方面的基 本情况。
一是有一个根据目的基因的有无建立起来的遗传分离群体, 即定位群体，如：F2、DH、BC、RI等。
二是开展以下几项工作：（1）首先找到与目的基因紧 密连锁的分子标记；（2）用遗传作图和物理作图将目 标基因定位在染色体上的特定位置；（3）构建含有大 插入片段的基因组文库；（BAC或YAC）；（4）以与目 的基因连锁的分子标记为探针筛选基因组文库；（5） 用获得阳性克隆构建目的基因区域的重叠群；（6）通 过染色体步行、登陆或跳跃获得带有目的基因的大片段 克隆；（7）通过亚克隆获得带有目的基因的小片段克 隆；（8）通过遗传转化和功能互补验证最终确定目标 基因的碱基序列
三、图位克隆
图位克隆（map-based cloning）又称定位克隆， 该方法分离基因是根据目的基因在染色体上的位置进 行基因克隆的一种方法，其原理是根据功能基因在基 因组中都有相对稳定的基因座，在利用分子标记技术 对目的基因进行精确定位的基础上，使用与目的基因 紧密连锁的分子标记筛选DNA文库，从而构建的基因区 域的物理图谱，再利用此物理图谱通过染色体步行 （chromosome walking）逼近目的基因或通过染色体 登陆（chromosome landing）（Tanksley et al.， 1995）的方法最终找到包含目的基因的克隆，最后通 过遗传转化和功能互补验证最终确定目的基因的碱基 序列。
六、精细定位
在初步定位基础上，设计并筛选离亲本更近 且在两亲本之间表现多态性的引物，然后利用F2 群体中的突变体检测筛选到的亲本间多态性引物， 逐步缩小范围，将目的基因定位到染色体上一个 很小的物理区间内。
举例说明：利用SSR标记进行水稻 drawf1基因的定位
基本实验方法



F2定位群体构建 植物总DNA的提取 PCR反应 聚丙烯酰胺凝胶电泳 引物设计
五、基因初步定位
目的基因的初步定位(mapping the target gene)是利 用分子标记技术在一个目标性状的分离群体中把目的基因 定位于染色体的一定区域内。 初定位通常使用近等基因系法(near-isogenic lines, NILs)或群组分离分析法(bulk segregant analysis, BSA)。
Marker
RM1 RM2
drawf1
2.4cM 2.0cM RM3 RM4
3）遗传标记（genetic marker） 用连锁分析发法进行基因定位需要已知的DNA序列作为遗 传标记，这些标记按孟德尔方式遗传，标记位点应是多态的。 4）遗传多态性：是指在一个遗传座位上具有一个以上的等位 基因，且各个等位基因在群体中出现的频率皆高于1%。
二、三点测交(three-point testcross)与染色体作图
目标基因
标记2
10.2
cv
18.418.6
8.4
ct
在计算ec—cv和cv—ct的重组值时都利用了双交换值，可 是计算ec—ct时没把它计在内，因为它们间双交换的结果并 不出现重组。所以ec—ct之间的实际双交换值应当是重组值 加2倍双交换值。即18.4%+2×0.1%=18.6%。
当三点测交后代出现8种表型时,表明有双交换发生,此时 需用2倍双交换值来作校正。若3个基因相距较近，往往不出 现双交换类型,后代只有6种表型,无需校正。
非重组
非重组
ct—cv间重组率 =(217+223+5+3)/5318 =0.084=8.4%=8.4cM
重组
重组
(3)、计算ec—ct的重组值 忽视表中第三列(+/cv)的存在，将它们放在括弧中，比 较第一、二列：
ec + ec + ec + + ec
ct + + ct + ct + ct
(+) (cv) (cv) (+) (+) (cv) (+) (cv)
ec ct +/ + + cv× ec ct cv/Y测交后代数据
序号
1 2 3 4 5
表型
ec ct + + + cv ec + cv + ct + ec + +
实得数
2125 2207 273 265 217 单交换II型 单交换I型 亲本型
6
7 8
+ ct cv
+++ ec ct cv
223
(ct) (+) (+) (ct) (+) (ct) (+) (ct)
+ cv cv + + cv + cv
2125 2207 273 265 217 223 5 3
非重组 重组 非重组 重组
ec—cv间重组率 =(273+265+5+3)/5318
=10.2%=10.2cM
4、绘染色体图
ec
标记1
我们初步定位的结果是否准确呢？？？接下来就要用 一些突变体进行验证，看一下我们所选定的标记与目 标基因是否真正连锁
引物名称
连锁植株数目
单交换植株数目
双交换植株数目
RM1
150
19
1
RM2
158
11
1
RM3
162
8
0
RM4
155
15
0
遗传距离=（单交换+双交换×2）/（突变体总数× 2） ×100％
2）重组值（recombination fraction） 是基因定位时两个基因间遗传图距的量度，即基因间 的遗传距离。如果两个基因间有1%的重组值，其遗传图的 距离为1厘摩。（centimorgan，cM）交换值(RF)(%)=重组 型的配子数/总配子数×100% 重组值越大，说明两基因间的距离越远，基因间的连 锁强度越小；重组值越小，说明基因间的距离越近，基因 间的连锁强度越大。
5 3 双交换型
合计
5318
结果分析
1、归类 2、确定正确的基因顺序
用双交换型与亲本类型相比较，发现改变了位置的那个基 因一定是处于中央的位置，因为双交换的特点是旁侧基因的 相对位置不变，仅中间的基因发生变动。于是可以断定这3 个基因正确排列顺序是ec cv ct。
亲本型
ec + + ec
ct + + ct
基因的定位克隆
千奇百怪的突变体
突变体: 是某个 性状发 生可遗 传变异 的材料， 或某个 基因发 生突变 的材料。
水 稻
这些突变体是怎么产生的呢？
基因定位（mapping）：是用一定的方法 将基因确定到染色体上的实际位置。
一、连锁分析（Linkage analysis）
1）概念： 基因定位的连锁分析是根据基因在染色体 上呈直线排列，不同基因相互连锁成连锁群的 原理，即应用被定位的基因与同一染色体上另 一基因或遗传标记相连锁的特点进行定位。
四、分子标记


分子标记是以个体间遗传物质内核苷酸序列 变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态 性的直接的反映。 现在DNA分子标记技术已有数十种，广泛应用 于遗传育种、基因组作图、基因定位、物种 亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方 面。
分子标记的种类




一、基于分子杂交技术的分子标记技术：限制性片断 长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP) 二、基于PCR技术的分子标记技术：① 随机扩增多态 性DNA (Random Amplified Polymorphism DNA，RAPD ) ② 简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSR) 三、基于限制性酶切和PCR技术的DNA标记 ：① 扩增 片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP ) 四、基于DNA芯片技术的分子标记技术 ：核苷酸多态 性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)
序列分析软件： DNAstar（分析序列特征，引物质量，编辑序列）
基因的初步定位（BSA法）
筛选亲本间多态性引物
筛选池间多态性引物 小群体验证
初步定Baidu Nhomakorabea带型分析
RM1（亲本之间有多态，池间无多态）
正常亲本
突变亲本
正常池
突变池
RM2(亲本和池之间均有多态）
正常亲本
突变亲本
正常池
突变池
总结：如果亲本与池之间同时存在多态性的引 物很有可能和目标基因连锁，因此再通过小群体进 行验证（重组交换值应该小于50%），则可将目标 基因定位到与其连锁的标记所在的染色体上。
SSR
SSR即微卫星DNA，是一类由几个（多为1-5个）碱基组 成的基序（motif）串联重复而成的DNA序列，其长度一般较 短，广泛分布于基因组的不同位置，如（CA）n、（AT）n、 （GGC）n等重复。不同遗传材料重复次数的可变性，导致了 SSR长度的高度变异性，这一变异性正是SSR标记产生的基础。 尽管微卫星DNA分布于整个基因组的不同位置，但其两端序 列多是保守的单拷贝序列，因此可以根据这两端的序列设计 一对特异引物，通过PCR技术将其间的核心微卫星DNA序列扩 增出来，利用电泳分析技术就可获得其长度多态性，即SSR 标记。
为了进行基因定位，摩尔根和他的学生Sturtevant创造了 三点测交方法，即将3个基因包括在同一次交配中。进行这种 测交，一次实验就等于3次两点试验。 已知在果蝇中棘眼(ec)、截翅(ct)和横脉缺失(cv)这3个隐 性突变基因都是X连锁的。把棘眼、截翅个体与横脉缺失个体 交配,得到3个基因的杂合体ec ct +/+ + cv (ec、ct、cv的排列 不代表它们在X染色体的真实顺序)，取其中3杂合体雌蝇再与 3隐性体ec ct cv/Y雄蝇测交，测交后代如下表。
构建遗传图谱
M1
构建物理图谱
染色体步移： Chromosome Walking
筛选基因组文库
序列分析与功能鉴定
M2
对于基因组还未测序的物种可通过染色体步移的方法进行定位，但是 比较费时费力，而对于水稻、拟南芥等基因组测序工作已经完成的物 种，则不在利用染色体步移的方法进行定位，直接从构建遗传图谱到 构建物理图谱，最后确定目标基因的候选基因，再通过互补实验进行 验证。
2125 2207 273 265 217 223 5 3
非重组
重组
ec—ct间重组率 =(273+265+217+223)/5318
重组
非重组
=18.4%=18.4cM
(2)、计算ec—cv的重组值 忽视表中第二列(ct/+)的存在，将它们放在括弧中， 比较第一、三列：
ec + ec + ec + + ec
怎样判断目标基因与这些标记之间的位置关系及距离 远近呢？？？
RM2
A P + RM3
5
10
18
A P + -
6
11 12
16
交换率越高的标记离目标基因越远，反之 离目标基因越近，即对应的交换株越多的标 记离目标基因远，交换株越少的标记离目标 基因越近。
Dist.(cM)
2.4cM 3.8cM
CHR.6