刚开始时，决定角色名字后进入游戏。
进入游戏后是在车上：停车后向右走出车子，妈妈出现，对话后进入新家：上2楼，墙上的钟按左右方向键可调节时间：接着下楼，看完新闻之后外出：走出新家，进入在新家右边的屋子：从楼梯上2楼，调查房间里的精灵球之后女主角就会出现：说完话后走出屋子，往镇子上方走，看见博士被一皮皮犬追着不放：调查地上的背包，选择一只喜欢的宠物吧：选完宠物后会自动进入战斗：然后主角被博士带回研究所,把刚才所选的宠物送给主角，然后让主角到103号路寻找女主角。
一路往上走，来到道吉镇上方的103号路找到女主角：结果被逼着和她宠物对战：战胜她后回到博士的研究所。
从博士和女主角手中分别取得怪兽图鉴和5个精灵球：之后走出研究所，经过自家门口时遇到老妈，从老妈处取得一件运动背心：走路时按B+方向键能跑步往上走到道吉镇，顺着镇子左边的路到达天元市。
进入GYM和老爸对话后，一男孩也进来，最后要求主角陪男孩去捉PM：被自动带草地上捕捉野生宠物：捉完后回到GYM，男孩走了之后老爸让主角得到四枚徽章后才能挑战他。
无奈只能出镇，正准备出镇时遇到一墨镜男：但说完些废话后他就走了。
通104号路进入天元森林，途中遇到一在寻找PM的男子，正在对话时突然杀出一名水战团的人，一言不合只能对战：水战团的人跑了之后，男子送给主角一个超级球后就走了。
走出森林后可看见一间花店，和这名女孩对话就能得到皮皮鲸喷壶：顺着104号路来到金水市，在PC左边一间房子里的人对话能取得01号秘传机“间合砍”：这里可挑战第一间GYM，这是间岩石系的道馆：馆主使用的PM为：小拳石 12级小拳石 12级朝北鼻 15级战胜后能取得第一枚徽章和39号技能机“岩石封”。
走出GYM，看见在森林里遇到的男子在追一水战团的人：追上去看看：男子希望主角帮忙取回行李，没法，只得帮忙。
经过116号路进入西吉隧道，在里面找到水战团人：取回行里后回去向男子交差，再次给主角一个超级球后男子会带主角到天力公司见社长：没想到社长也提出请求，要求主角把一封信交给他在山木镇上的儿子代后，再把天力行李送到卡依市的造船厂，最后还送给主角一部主菜单。
走出天力公司后，在金水市遇到女主角，选“是”可与其对战：战胜后往回走，回到104号路。
进入海边的小屋和吉野老人对话即能坐船去山木镇：在山木镇与这人对话能取得初级钓鱼竿：这里能够挑战第二间GYM，这是间格斗系道馆：馆主使用的PM为：腕力 16级冥思兽 16级笑熊 19级战胜后能取得第二枚徽章和08号技能机“巨大化”。
出GYM后往上走，顺着路进入山洞后和这人对话能取得05号秘传机“闪光术”：在山洞的最深处找到代后就完成送信任务了（完成后回金水市和社长对话就能取得学习装置）：最后他把47号技能机“钢翼”送给主角后就走了。
接着走出山洞，和老人对话坐船到卡依市：在博物馆门口能看见很多水战团的人：不管他们，先到博物馆下方的造船厂和这人对话：这时再到博物馆就可看见附近的水战团员都不在了，花50元进入博物馆。
在入口处这名水战团的人对话能取的46号技能机“盗窃”：从楼梯进入2楼，和研究员对话后水战团的人出现，又要开战了：打败两名水战团员后水战团的老大跑上来留下几句废话就闪人。
出馆时又会遇到墨镜男：这次他是留下通讯记录后就走了。
往上路走出卡依市，在这里遇到博士：也是和墨镜一样只留下通讯记录便走了。
在自行道下面的110号道路遇到对手，对战：战胜后取得透视仪（即寻宝机）。
到达银叶市，在商店左边的小屋里有个女孩，和她对话就能用哈伯邮件换取硬币盒：到商店右边的小屋里和这人对话能取得06号秘传机“碎岩术”：在PC右边的自行车商店能取得一辆自行车（只能2选1，要换的话再来这里和店主对话就行了）：这里有第三间GYM，在门口前遇到道夫：答应和他一决胜负吧。
战胜后就能进入GYM，这是间电击系道馆：馆主所使用的PM为：雷电球 20级雷电狗 20级三合一磁怪22级雷麒麟 24级战胜后能取得第三枚徽章和34号技能机“电击波”。
接着往银叶市左边的117号路走就会到西达镇（途中会经过间饲养屋）。
进入西达镇上方的西吉隧道。
使用碎岩术把阻塞道路的岩石破坏后，格斗家会送给主角04号秘传机“怪力术”：取得怪力术后返回银叶市，往上方111号路走，途中会经过战斗塔和一个沙漠，但沙漠暂时无法进入，只能从左边的112号路走。
穿过位于112号路的火焰近路后继续走，途中有间屋子，和老婆婆对话能恢复PM的体力：继续顺着路走，通过到处都是火山灰的113号路到达哈奇镇。
在PC里会遇上PM存放系统的制作者真由美：往左出哈奇镇，进入114号路真由美的家，和她对话能取得顶叶兽布偶：继续前进，进入流星瀑布。
在里面遇上溶岩团和水战团的人，说了几句话就先后走了：之后跟研究员对话，从中能得知水战团正要去烟突山和溶岩团争夺一块陨石，去那里看看吧。
返回112号路，火焰近路旁边能乘坐缆车至烟突山：在山顶可看见溶岩团和水战团的人斗的正欢：打败溶岩团的首领后双方的人马都会撤退：顺便把装置上的陨石取下：在烟突山顺着路下山就能到达飞音镇。
和这名老婆婆对话就能取得小果然翁的蛋：这里能挑战第四间GYM，这是间火系道馆：馆主所用的PM为：熔岩虫 24级呆火驼 24级火山驼 26级煤炭龟 29级战胜后能取得第四枚徽章和50号技能机“燃烧殆尽”。
从火系道馆中出来会遇上女主角：给了一件能使主角进入111号路沙漠的东东就走了。
顺便提一下，沙漠中会随机出现一座幻影塔：其中第二层有塔陷的道路：需用高速自行车（三格加速）快冲过。
第三层和顶层都需要用秘传06“碎岩术”才行。
在顶层可捡到化石（二选一。
左边是木根化石，右边指甲化石）：取得任意一块后，剩下的一块就会跟着幻影塔下沉，不过通关后可到哈吉镇化石迷的家最深处取得。
得到化石后可到金水市天力公司二楼找这个研究员处复活化石：把化石交给研究员后到外面随便战斗一场再回来便可得到复活的PM。
回到剧情。
现在已经有四枚徽章了，可回天元市向老爸挑战了。
这是间正常系的道馆：老爸所用的PM为：晕晕兔27级大针鼠29级狂暴猴27级请假王31级战胜后能取得的第五枚徽章和42号技能机“空元气”。
此时道夫的老爸出现把主角带到他家，并送给主角03号秘传机“冲浪术”：然后回家看看老妈吧，对话后能取得守卫饭：回到银叶市（电击系道馆的城市），在街道上遇到道馆馆主：跟他对话接下任务后到银叶下方的110路使用冲浪术到达发电厂：在里面踩下这个红色的机关就能完成任务：回去向老人交差就能取得24号技能机“十万伏特”：跟着在银叶市右边的沙滩上使用冲浪术往右走：在对岸的沙滩上和这男子对话能取得中级钓竿：继续前进会遇到代后，打个招呼就闪人了：向上走，来到119号的天气研究所：可利用1楼的床恢复PM体力：上2楼打败这名水战团员后他们就会撤退：最后研究员把一只气象小子给了主角以示感谢：走出研究所，过桥走上一点会遇上女主角，又开战：战胜后取得02号秘传“飞天”。
向上走到达日川市。
发现第六间GYM的通路被什么挡住无法通过：从向右走出日川市，在120号路的桥上再次遇上代后：与其对话并打败（或收服）一旁的变色龙后就能取得喷雾。
返回日川市，对着挡路的地方使用喷雾就能赶走变色龙：第六间道馆是飞行系道馆：馆主所用的PM为：云雀29级热带雷龙29级食鱼鸟30级盔甲鸟31级碧云龙33级战胜后能取得的第六枚徽章和40号技能机“燕返”。
离开日川市，通过120和121号道路来到阿田市附近，又看见水战团：看来他们又有行动了。
在选美大赛会场接待处跟服务员对话能取得怪兽盒：得到怪兽盒就能进入狩猎区。
在阿田百货商店前可遇上女主角：战胜后她就会回家，这是最后一次和她对战了。
接着在121号路这处使用冲浪通过122号水路到达日落山：进入后从左边出口上山顶：到达山顶会发生事件，水战团把红宝石抢走后就撤退了：我们可以利用飞空术直达飞音镇乘坐缆车上烟突山，然后顺着山路下山。
行至一半时发生地震，跟着出现了一个山洞：在最深沉看见溶岩团的首领和古拉顿：古拉顿失踪后，溶岩团的首领认为是主角坏他大事，开战。
搞掂首领后离开，来到卡依市的码头。
和南木馆长对话后会发生潜艇被抢夺事件：剧情过后飞到阿田市，早右边的沙滩上方处使用冲浪进入水战团基地：在这基地某处能捡到大师球：在最深处打败这人后潜艇会离开：走出水战团基地，向右走，原来被阻塞的海面现在能通过了：通过125号水路来到道谷市。
这里可挑战第七间GYM，是间超能系道馆，2V2对战的：馆主的PM组合为：41级天然鸟& 41级三合一土偶42级月石 & 42级日石战胜后能取得的第七枚徽章和04号技能机“冥想”。
从GYM出来，在镇下方又看见溶岩团的人：在GYM右边的悬崖上有间小屋，和里面的对话能取得高级钓竿：进入火箭发射中心，发现有很多溶岩团的人。
直杀至2楼，看见代后正和溶岩团的首领对峙着，去帮忙吧：同样是2V2对战，但这次是跟代后合作：溶岩团撤退后进入PC左上方的小屋找代后就能取得08号秘传机“潜水”：离开道谷市使用冲浪往下游。
在128号水路能潜水的地方往下潜就会看见一个洞口，进入后看见被盗的潜水艇：在这里往上浮就是海底洞窟了。
到最深处可看见沉睡的海皇牙，突然水战团的人出现，又要开战：最后苏醒的海皇牙和古拉顿一样失踪了。
这时溶岩团的人跑了进来：得知外面的世界变得非常糟糕，一时暴晒，一时下雨。
两人离开后，代后出现：告诉主角到双鹿市后就飞走了。
现在到126号路潜水，看见个四周都有水草的洞口，进入后向上浮就能到达双鹿市了：刚浮上水面就看见海皇牙和古拉顿在决斗：在左边上岸找到代后：他会带主角进入觉醒寺。
在觉醒寺最深处找到一人，从他口中能得知只有裂空座才能停止两神兽决斗，地点就在天柱：天柱位于131号水道：在海面这个小道中进入。
天柱在第二层开始又会出现和幻影塔那样塌陷的道路：还是要用高速自行车冲过，这就不多说了。
在天柱最顶层找到裂空龙，对话后就飞走了：直接在天柱顶层使用飞天返回双鹿就能看见裂空龙大展神威把灾难化解：灾难平息后，和这两人都对话他们就会离开：再和见则对话就能取得07号秘传机“攀瀑术”：然后挑战最后一间GYM吧，这是间水系道馆：馆主所用的PM为：爱心鱼 41级海魔狮 42级地震鲶鱼 41级铁鏊龙虾 43级海马龙 46级战胜后能取得的第八枚徽章和03号技能机“水之波动”。
这时如果再次进入天柱就能够收服70级裂空龙了，不过有几层需要利用风马自行车的加速功能通过。
好了，现在已经得到八枚徽章，可以挑战精灵联盟了。
在128号水路右下方的瀑布下使用攀瀑术就能升上：再走上一点就能进入冠军之路：途中会遇上道夫，开战：战胜后就能继续前进。
走出烦人的冠军之路就到达联盟了：和这两人对话后他们就会让开：准备好之后就进去接受挑战吧。
第一名对手是恶系天王：恶系天王所用的PM为：大狼犬 46级狡猾天狗 48级邪恶仙人掌 46级铁鏊龙虾 43级灾兽 49级第二名对手是幽灵系天王：幽灵系天王所用的PM为：夜巨人48级诅咒娃娃49级诅咒娃娃49级勾魂眼50级夜巨人51级第三名对手是冰系天王：冰系天王所用的PM为：海魔狮 50级冰鬼护 50级海魔狮 52级冰鬼护 52级帝牙海狮 53级第四名对手是龙系天王：龙系天王所用的PM为：甲壳龙 52级碧云龙 54级海马龙 53级蜻蜓龙 53级血翼飞龙 55级最后名对手是联盟冠军见则：见则所用的PM为：巨鲸57级毒刺水母55级荷叶鸭56级地震鲶鱼56级暴鲤龙56级美丽龙58级打败见则后终于通关了：。
