有区别的，首先分子组成上，肝素阴离子一个是结合一价的钠离子，另一个是结合二价的钙离子。在低分子肝素的应用上，二者的性质是不一样的，现在的医学发展的趋势是低分子肝素钙，是肝素钠的在加工产物。保证了肝素应用过程中的安全性。
低分子肝素前体是肝素，而肝素是从猪大肠提取的。肝素是一类物质。通过裂解得到了依诺肝素、那曲肝素、达肝素、国产低分子肝素（克赛的裂解方式是制造工艺是不能仿制的）。由于裂解方式有差别得到了不同分子量和抗xa 与抗iia的比值不同（克赛比值最大4:1），导致抗凝的效果不同。所以国内的靠离子区分（不严谨）。
注：
低分子肝素是生物制剂，生物制剂的仿制和传统意义上的仿制是不同的。
欧盟理事会、美国食品药品管理局以及美国和欧洲心脏病学会等权威机构的共识是：
不同的生物制剂产品之间是不能互换的。这提示在临床选择药物时，应牢记不能仅凭仿制产品声称具有与依诺肝素相同的分子量、抗因子Xa或抗因子Ⅱa活性，和/或抗Xa/抗Ⅱa比值，就认为两者具有相同的药理学活性、相同的疗效和安全性。
肝素(包括肝素钠、肝素钙、低分子肝素)、都是抗凝血药。
肝素分类
(1)普通(标准)肝素是由猪或羊黏膜提取，平均分子量为15000，相当稳定。
(2)通常把分子量小于6000的称为低分子肝素。低分子肝素与普通肝素比较，其半衰期较长，抗血栓效果好，而抗凝出血倾向较弱，有取代普通肝素的趋势。近年临床常用的有：
达肝素钠(法安明)、依诺肝素钠(克赛)、低分子肝素钙(速避凝、那屈肝素钙)。
(3)目前正在深入研究的肝素制剂中还有低抗凝活性肝素、改构型肝素、类肝素等,这些药物特点是具有低抗凝、高抗栓、作用时间长和出血作用少的优点，很有开发前途。
肝素钠：
本品系自猪的肠黏膜中提取的硫酸氨基葡萄糖的钠盐，属粘多糖类物质，通过激活抗凝血酶Ⅲ(AT-Ⅲ)而发挥抗凝作用。它对凝血过程的三个阶段均有影响，在体内外均有抗凝作用，可延长凝血时间、凝血酶原时间和凝血酶时间。口服不吸收，皮下、肌肉或静脉给药均吸收良好。
肝素钙与肝素钠作用相似，但本品皮下注射后不减少细胞间毛细血管的钙胶质，也不改变血管通透性，基本上克服了肝素钠皮下注射易致出血的副作用。本品还有明显的抗肾素和抗醛固酮的活性
