debian linux +mpich2+ifort+mkl 并行编译vasp4.6

Debian Linux系统下的内核编译详细讲解1. 传统方式直接在console中编译官方内核,需要以下软件包bin86 - 16-bit assembler and loaderdiff - File comparison utilitieslibc6-dev - GNU C Library: Development Libraries and Header Files libncurses5-dev - Developer's libraries and docs for ncursespatch - Apply a diff file to an original2.使用2.4.x内核的图形界面配置程序(make xconfig,还需要tk8.4 - Tk toolkit for Tcl and X11, v8.4 - run-time files使用2.6.x内核的Qt图形界面配置程序(make xconfig,还需要libqt3-mt-dev - Qt development files (Threaded使用2.6.x内核的GTK图形界面配置程序(make gconfig,还需要libgtk2.0-dev - Development files for the GTK+ library3. 如果您想制作内核的deb包,还需要debianutils - Miscellaneous utilities specific to Debiankernel-package - A utility for building Linux kernel related Debian package ksymoops - Linux kernel oops and error message decoder内核编译/doc/manuals/reference/ch-kernel.zh-cn.htmlDebian unstable发行版中的gcc、binutils和modutils可用来编译最新的Linux 内核。

在万全R630上用ifort9.1/pgf90-libgoto-mpich2编译并行版vasp纪要一、准备文件1、PGI-6.0（有正版lisence的）/ 非商业版的intel fortran 9.1.0432、GotoBLAS-1.26.tar.gz3、mpich2-1.0.8.tar.gz4、vasp代码：vasp.4.6.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz二、安装PGI/intel fortran安装完注意在用户目录下.bashrc中设置环境变量（类似以下内容）#pgi fortran compiler#export PGI=/usr/pgi/#export PATH=$PGI/linux86-64/6.0/bin:$PATH#export MANPATH=$MANPATH:$PGI/linux86-64/6.0/man/man1#export LM_LICENSE_FILE=$PGI/license.dat#mpich2-ifortexport PA TH=/usr/local/mpich2-ifort/bin:$PATH#mpich2#export PATH=/usr/local/mpich2/bin:$PA TH#mpich#export PATH=/usr/local/mpich/bin:$PATH#rshrsh=/usr/bin/rsh#intel fortran compilerexport PA TH=/opt/intel/fce/9.1.043/bin:$PATHLD_LIBRARY_PA TH="/opt/intel/fce/9.1.043/lib:$LD_LIBRARY_PA TH"export LD_LIBRARY_PA THexport FC=ifort三、安装GotoBLAS修改Makefile.rule、和detect./quickinstall.64bit四、安装mpich2export FC=pgf90./configure –prefix=/usr/local/mpich2make && make install五、编译vasp1、编译库$cd vasp4.lib$cp makefile.linux_pg makefile$make2、生成vasp$cd vasp.4.6$cp makefile.linux_pg makefile 修改makefile（见附件）FC=BLAS=LAPACK=等。

lammps单机并行计算配置方法Lamps 单机多核并行计算方法1、修改环境变量编辑.bashrc 文件：cdvi .bashrc按Insert 键，移动光标至fi 下，在文件结尾处（fi 后）增加以下两行：export PATH=/opt/mpich/bin:$PATHexportLD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich/lib:/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_P ATH按Esc，Shift+zz重启机器2、安装fftw获得fftw：wget /doc/e412612373.html,/fftw-2.1.5.tar.gztar xvzf fftw-2.1.5.tar.gzcd fftw directory./configure --prefix=/opt/fftw --enable-floatmakesudo make install3、安装mpich2获得mpich；wget/doc/e412612373.html,/research/proj ects/mpich2/downloads/tarballs/1.4.1p1/mpi ch2-1.4.1p1.tar.gzcd ..(退上去)tar xvzf mpich2-1.4.1p1.tar.gzcd mpich2-1.4.1p1./configure --prefix=/opt/mpichmakesudo make install4、Lammps编译Cd ~tar -xvzf lammps-6Dec12.tar.gz (注：必须有f 才能解压)cd lammps-6Dec12/src/MAKEvi Makefile.linuxcc= 改为mpic++link= 改为mpic++MPI_INC = -I/opt/mpich/include （添加，不删除原有内容）MPI_PATH = -L/opt/mpich/libMPI_LIB = /opt/mpich/lib/libmpich.a (不改动)FFT_INC = -I/opt/fftw/include （添加，不删除原有内容）FFT_PATH = -L/opt/fftw/libFFT_LIB = /opt/fftw/lib/libfftw.a （不改动）cd lammps6Dec2/srcmake yes-mcmake linux在src 文件夹内生成可执行文件：lmp_linux如果要修改Makefile.g++,方法如下vi Makefile.g++cc= 改为g++link= 改为g++MPI_INC = -I/opt/mpich/include （添加，不删除原有内容）MPI_PATH = -L/opt/mpich/libMPI_LIB = /opt/mpich/lib/libmpich.a (不改动)FFT_INC = -I/opt/fftw/include （添加，不删除原有内容）FFT_PATH = -L/opt/fftw/libFFT_LIB = /opt/fftw/lib/libfftw.a （不改动）EscShift+ZZcd lammps6Dec2/srcmake g++运行测试（在src 路径下）：cp lmp_linux ../benchcd ../benchmpirun -np 4 ./lmp_linux < in.lj。

(1)准备1.sudo apt-get install g++sudo apt-get install build-essentialsudo apt-get install gcc-multilibsudo apt-get install libstdc++5sudo apt-get install openjdk-6-jre-headlesssudo apt-get install ia32-libssudo apt-get install lib32stdc++6sudo apt-get install libc6-dev-i386sudo apt-get install g++-multilibsudo apt-get install gfrotran1 2 3 tar -2. xzvf xxx #xxx 指压缩包的名称 cd 解压后目录 ./install.sh##########安装过程很简单，安装提示就行########安装完成后，修改环境变量1 vi ~/.bashrc在末尾添加source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 （64位版本）source /opt/intel/bin/compilervars.sh ia32 (32位版本)1 source ~/.bashrc4. 编译mpi首先下载mpich2的安装文件1 2 3 4 5 6 tar mpich2压缩包cd 文件夹./configure --prefix=安装目录 f77=ifort f90=ifort fc=ifortmakemake installvi ~/.bashrc笔者安装目录在/opt/mpich2，也可以放在其他文件夹中，注意执行make install 用户需要有写入权限在文件最后写入如下代码1 2 3 4 #mpi2 startPATH=/usr/local/mpich2-1.2.1p1/bin:$PATHexport PATH#mpi2 end再source 一下1 source ~/.bashrc5.编译fftw1 2 3 4 5 tar 安装文件cd 文件夹./configure --prefix=安装目录 F77=ifort F90=ifort GCC=ifortmakemake install all6.编译vasp准备 vasp.5.2.tar.gz vasp.5.lib.tar.gz首先编译的是vasp.lib1 2 3 4 5 tar xzvf vasp.5.2.tar.gztar xzvf vasp.5.lib.tar.gzcd vasp.5.libcp makefile.linux_ifc_P4 makefilevi makefile修改19行的 ifc –>ifort1 make如果出现 error { gcc:error trying to wxec ‘f951′ :execvp : No such file or directory }这是gcc 的一个BUG ，解决方法是安装gfortran1 sudo apt-get install gfortran然后再重新编译接着编译vasp1 2 3 4 cd ../cd vasp.5.2cp makefile.linux_ifc_P4 makefilevi makefile主要有如下几个改动1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1row:53 FC=ifc-->FC=ifortrow:129 BLAS= /opt/libs/libgoto/libgoto.so-->#BLAS= /opt/libs/libgoto/libgoto.sorow:132 LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o-->#LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o row:135后添加新行MKLINCLUDE=/opt/intel/mkl/include/MKLPATH=/opt/intel/mkl/lib/intel64/BLASLAPACK=-L/opt/intel/mkl/lib/intel64/ -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -l iomp5 -lpthread#LIB = -L../vasp.5.lib -ldmy \../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \$(BLAS)LIB = -I$(MKLINCLUDE) -L$(MKLPATH) \-L../vasp.5.lib -ldmy \$(BLASLAPACK) \../vasp.5.lib/linpack_double.o31 4 1 5 1 6 1 7 1 8 #158 ff3d后加入库的目录（根据安装ff3d的位置来）FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o /usr/local/lib/libfftw3.a然后make，如果没有编译错误那应该是编译成功了，会产生一个vasp的可执行文件。

MPICH2配置和使用MPICH2是一个开源的高性能并行计算库，用于构建和管理分布式内存系统。

它是Message Passing Interface（MPI）的一个实现，MPI是一种用于在并行计算环境中进行通信和同步的标准。

MPICH2允许开发者在多个计算机之间发送消息和执行并行任务，以实现高效的并行计算。

本文将介绍如何配置和使用MPICH2来构建一个简单的并行计算应用程序。

一、环境准备2.配置计算机网络在使用MPICH2之前，需要配置计算机网络以便计算机之间进行通信。

可以使用本地网络（例如以太网）或者虚拟网络（例如VMware或VirtualBox）来模拟分布式计算环境。

3.配置环境变量将MPICH2的安装目录添加到系统的PATH环境变量中，以便在命令行中直接调用MPI的相关命令。

二、配置主节点1.选择一个计算机作为主节点，并在该计算机上打开命令行窗口。

2.启动MPD守护进程在命令行窗口中输入以下命令来启动MPD守护进程：```mpd &```3.配置主节点在命令行窗口中输入以下命令来配置主节点：```mpiexec -n 1 mpdtrace -l > mpd.hosts```以上命令将创建一个名为mpd.hosts的配置文件，其中包含了主节点的名称。

三、配置从节点1.选择其他计算机作为从节点，并对每个从节点重复以下步骤。

2.在从节点上打开命令行窗口，并输入以下命令来启动MPD守护进程：```mpd &```3.将从节点加入主节点的计算机网络中在主节点的命令行窗口中，输入以下命令来将从节点添加到主节点的计算机网络中：```mpiexec -n 1 -f mpd.hosts hostname```其中，mpd.hosts是主节点上创建的配置文件。

四、编写并行应用程序1.使用MPI的编程接口使用C、C++、Fortran等编程语言，使用MPI的编程接口来编写并行应用程序。

例如，以下是一个使用C语言和MPI编写的简单并行计算应用程序的示例代码：```c#include <stdio.h>#include <mpi.h>int main(int argc, char* argv[])int rank, size;MPI_Init(&argc, &argv);printf("Hello from node %d of %d\n", rank, size);MPI_Finalize(;return 0;```2.编译并行应用程序在主节点的命令行窗口中，使用适当的编译器来编译并行应用程序。

linux parallel的用法【最新版】目录1.介绍 linux parallel 命令2.详细讲解 linux parallel 命令的用法3.说明 linux parallel 命令的优势和实际应用场景正文一、介绍 linux parallel 命令Linux 平行命令（parallel）是一种强大的工具，它可以在多个 CPU 或计算机上同时运行命令行作业，从而提高作业处理速度。

parallel 命令还可以帮助用户更好地利用系统资源，节省时间和精力。

二、详细讲解 linux parallel 命令的用法1.安装与使用在开始使用 parallel 命令之前，首先需要确保系统中已经安装了该命令。

可以通过以下方式进行安装：```bashsudo apt-get install parallel```安装完成后，即可开始使用 parallel 命令。

基本用法如下：```bashparallel [选项] 命令```其中，【选项】为可选项，【命令】为需要并行执行的命令。

2.常用选项- -j：指定用于并行处理的 CPU 核心数量。

例如，`-j 4`表示使用 4 个 CPU 核心进行并行处理。

- -I：指定每个作业的输入文件。

例如，`-I input1.txt`表示第一个作业的输入文件为 input1.txt，`-I input2.txt`表示第二个作业的输入文件为 input2.txt。

- -O：指定每个作业的输出文件。

例如，`-O output1.txt`表示第一个作业的输出文件为 output1.txt，`-O output2.txt`表示第二个作业的输出文件为 output2.txt。

- -e：指定作业执行结束后，将退出状态码与命令结果一起输出。

例如，`-e "echo "作业完成"; exit $status"`表示作业完成后，输出“作业完成”，并退出状态码。

Linux下MPI并行环境与Eclipse配置全过程简要介绍linux下在Eclipse中对MPI编译环境的搭建。

Linux下MPI并行环境与Eclipse配置全过程。

Linux + mpich2 + Eclipse我是Linux超级新手，文中难免有错误的地方，望指正和多多包容硬件情况：2台主机主机1：主机名:node1 IP:192.168.19.165 操作系统:CentOS 5.2 用户:root 密码:root 主机2：主机名:node2 IP:192.168.19.169 操作系统:CentOS 5.2 用户:root 密码:root (这里的两台主机上的用户名和密码设置成一样的，好像不一样的话将会影响之后mpi程序的执行)为了省事，以下操作都是以root用户进行的1、===================配置host文件=========================在node1和node2上#vi /etc/hosts 打开hosts文件，修改如下：127.0.0.1 localhost.localdomainlocalhost192.168.19.165 node1192.168.19.169 node2(注意127.0.0.1 localhost.localdomainlocalhost一定不能缺，否则将可能导致之后mpiexec运行出错)2、====================设置SSH信任连接====================在node1上生成SSH秘钥对.#ssh-keygen -t rsa yes,一路回车#cat /root/.ssh/id_rsa.pub | ***** “cat - root/.ssh/authorized_keys" 将密钥等信息拷贝至node2中，该过程需要输入node2上root用户的密码#ssh root@node2 登陆node2#exit#ssh root@node2 第二次登陆node2，无需再输入密码了#exit#ssh root@node1 登陆自身一次在node2上执行同样的操作，只不过目标换成node1了#ssh-keygen -t rsa yes,一路回车#cat /root/.ssh/id_rsa.pub | ***** "cat - root/.ssh/authorized_keys" #ssh root@node1#exit#ssh root@node1#exit#ssh root@node2(以上使用的ssh，如果系统安装的ssh2，设置过程将与上有所不同)3、=====================安装mpich2======================在node1和node2上：#tar -zxvf mpich2-1.0.1.tar.gz 解压缩#cd mpich2-1.0.1#./configure --prefix==安装路径，指定安装路径时可以使用#./configure --prefix=???，不带参数时默认安装路径为/usr/loacl，我用的是默认安装路径#make简要介绍linux下在Eclipse中对MPI编译环境的搭建。

MPICH2配置和使用2.配置MPICH2环境变量在安装完成后，需要配置MPICH2的环境变量，以便系统能够找到MPICH2的安装路径。

在Windows系统中，可以在系统属性的高级选项中设置环境变量；在Linux和Mac OS系统中，可以在.bashrc或.profile文件中添加相应的环境变量。

3.编写并行程序使用MPICH2进行并行计算需要编写并行程序。

MPICH2支持多种编程语言，包括C、C++和Fortran。

根据自己的编程语言选择合适的编程接口，例如MPI（消息传递接口）或OpenMP（多线程编程接口）。

根据并行算法和计算模型，设计并实现相应的并行算法。

4.编译并行程序在编写完并行程序后，需要使用编译器将程序源代码编译成可执行文件。

对于C和C++程序，可以使用gcc或g++编译器；对于Fortran程序，可以使用gfortran编译器。

编译时需要链接MPICH2的库文件，以确保程序能够调用MPICH2提供的并行计算功能。

5.运行并行程序在编译完成后，可以使用命令行或脚本来运行并行程序。

运行时需要指定并行程序的执行方式、计算节点的数量和计算节点的地址。

MPICH2提供了一系列命令和选项，用于控制并行程序的执行和调试。

可以通过命令行参数或配置文件来指定这些选项。

6.监测和调试并行程序在并行程序运行过程中，可以使用MPICH2提供的工具来监测和调试程序的运行状态。

MPICH2提供了一系列命令行工具和图形界面工具，用于查看程序的运行日志、性能指标和调试信息。

可以根据需要选择合适的工具，以便及时发现和解决程序中的问题。

简单组建linux集群及并行编译vasp过程我们现在主要是用做高性能计算，下面就是我的集群的组建过程。

集群的硬件环境：做一个集群，节点机器的硬件最好相同，这样计算的效率就会高很多，同时组建集群也相对容易。

以下是我的机器的配置情况（全新，组装）另外要说的是，我们的节点机没有配置显示器，全部工作由服务器完成。

连接就是通过交换机连接，和一般局域网连接相同。

服务器：P4 3.2，内存2 G ，硬盘：160G ，显示器，网卡：2个千兆网卡（money：8千多）节点（10台）： P4 3.2，内存：2 G，硬盘：80G ，网卡：千兆网卡（5千多每台）华为24口千兆交换机（4千多）集群软件环境：建一个简单的集群，其实并不难，主要配置nis，nfs，rsh，mpi 就好了。

推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著，机械工业出版社。

我的集群，采用suse9.3，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作系统，redhat9，rhas4无法识别网卡，rocks无法安装，如果硬件没有什么问题，建议大家可以试下rocks cluster这个集群系统，rocks集操作系统和集群于一体，安装完成并行环境就已经建立，而且还配备了pbs管理软件，非常简单，容易上手，只是我的硬件不太兼容，本来是想装rocks的，无奈，只有自己动手了。

Suse配置nis，nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window一样方便，只要鼠标轻点几下就ok。

1．Linux系统的安装，suse安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在分区的时候要注意，最要自己手动分区，对于服务器来说，最好能分一个独立的分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。

注意的是一下几个软件包一定要安装nfs（nfs－utils），nis（ypbind），rsh（rsh－server）。

2．基本的网络配置（通过yast的网卡配置）服务器的：192.168.1.253 hostname：node0 域名：node0.cluster节点机器：192.168.1－192.168.1.10 hostname：node1－node10 域名：node*.cluser掩码：255.255.255.03.服务器的配置3.1．Nfs设置NFS（NetWork File System）是一种使用比较多的网络文件系统，它以它的安装容易，使用方便得到很多Linux爱好者的使用。