在养殖生产实践中，人们对霉菌危害的认知多限于已经形成的明显病症。例如：禽的曲霉菌病、白色念珠菌病等；另一方面，人们对霉菌滋生和霉菌毒素传播的条件的认知，又多限于是高温高湿地区或高温高湿季节。实际上，霉菌及毒素的危害远比人们通常的认知要严重的多，霉菌的扩散与污染也远比人们通常的认知要广泛的多。有人说，我们这个地区从未发生过一例霉菌病或是霉菌毒素中毒症。那只是说没有出现明显的典型症候或者是出现了而被误指成别的症候了。
霉菌是一种多细胞真菌微生物，通过种子与孢子繁殖生长。霉菌及霉菌孢子广泛存在于自然界如土壤、草、饲料、谷物原粮、养殖环境、动物体表。霉菌孢子还可以随风或灰尘飘散到各处，在适宜的环境中可大量繁殖，引起污染传播。
一般认为，曲霉菌属中的烟曲霉菌是常见致病力最强的主要病原。其他如黄曲霉菌、黑曲霉菌、杂色曲菌等均有强弱不等的致病性。曲霉菌孢子对外界的抵抗力很强，在干热120度或煮沸5分钟才能杀灭，对化学品也有较强抵抗力，如2.5%福尔马林、水杨酸、碘酊等，需经1～3小时才能将其灭活。那种认为霉菌可以自生自灭的说法是不对的。
曲霉菌主要侵害畜禽的呼吸器官，在禽类中主要侵害鸡、鸭、鹅、火鸡、鹌鹑、鸽等，以幼禽多发，常见急性群发，发病率和死亡率较高。成年禽多为散发。病变特征为肺及气囊炎症和小结节为主，故又称曲霉菌性肺炎。在临床病例中，病禽的一些症状时常被经验不足的兽医误指成其他病。例如：烟曲霉菌致病后，病禽头颈伸直呈沙哑的水泡声呼吸、甩鼻、打喷嚏、眼部潮红肿胀、溃疡，眼鼻分泌物增多，下痢、扭颈、共济失调，成年禽呈慢性经过性发育不良、消瘦、贫血、停产、呆立、少食、羽毛粗乱，还有剖检中的脏器肉芽肿、腺胃肿胀等。受黄曲霉菌侵害的幼禽和成禽表现为少食、叨料、腹泻或稀便混血、双翅下垂、脱毛、消瘦、鸡冠苍白、产蛋下降、种蛋孵化率降低等。因此，强调鉴别诊断上要注意与雏鸡白痢、支原体、大肠杆菌病、雏鸡脑脊髓炎、雏鸡新城疫等的区别，确有必要。又如白色念珠菌病又称霉菌性口腔炎，俗称鹅口疮。患病鸡、鸭、鹅表现为精神不振、少食、消瘦、羽毛脏乱、嗉囊胀满，挤压有痛感，下痢，雏鸭还会有急促喘气，叫声嘶哑等症，确诊此病特别要注意病禽口腔、食道，看是否有灰白色假膜和溃疡，多数还会有眼睑、口角出现痂皮，呈白色丘疹样，后蔓延成片。
曲霉菌病的主要传播媒介是被污染的垫料和饲料。因此，饲养管理不善是本病暴发的主要诱因，这不仅包括了高温高湿地区和季节，也包括了育雏室内昼夜温差大、阴暗潮湿、通风不良、雏群拥挤、营养不良等局部小环境因素。即使在低温低湿的外部环境中，局部小环境差仍能引发本病。又如：孵化室及种蛋库根据需要在冬季多保持适宜的温湿度又不通风，形成阴暗、潮湿、发霉的环境。霉菌孢子很容易穿过蛋壳侵入而致胚胎感染死亡或是幼雏出壳不久死亡，也可能在出雏过程中，幼雏吸入霉菌孢子而感染发病，这有时被误认为是支原体经蛋传播的发病。还有的如烟曲霉性肉芽肿，则是因畜禽饲料中长期添加土霉素等使肠道正常菌群受到破坏，真菌趁虚而入引起。
霉菌的危害除了直接引发患病外，更主要的是产生隐形杀手—霉菌毒素。霉菌毒素是次生代的真菌代谢物，它是一个复杂的概念，是包括许多霉菌所产生的
一种或多种毒素的通称。目前已知的产毒霉菌以曲霉菌、青霉菌、镰刀菌属为主，所产生的毒素可达350个。
当霉菌受到外界应激如干旱、虫蛀、潮湿等影响时就产生多种霉菌毒素。霉菌毒素可以在不同的温度范围内繁殖，而不是通常人们认为的仅仅在夏季高温高湿条件下才会有霉菌毒素危害。有研究表明，霉菌毒素的危害是全年性的，烟曲霉菌毒素、黄曲霉菌毒素适合于温热气候生长，而赭曲霉毒素、玉米赤霉烯酮、呕吐毒素、T-2毒素等常见于寒冷高湿的气候地区。例如：2007年8月我国东北地区的干旱，虽然未对玉米产量造成大的影响，但是玉米在田间结穗时受到干旱应激，经测定就产生了相当量的霉菌毒素。又如：2007年9-10月间，我国北方及黄淮等几个玉米主产区出现连雨天气，此时正值玉米收割期，大量玉米因来不及干燥脱粒入仓而存放于露天，潮湿的环境造成新玉米霉变，经测定产生了大量的霉菌毒素。再如：有些霉菌如镰刀霉菌在多湿环境中，0度以上仍照样生存，据权威资料显示，玉米在田间生长过程中，镰刀霉菌及毒素的污染就已经发生了。如果在收割期持续遇雨、空气湿度偏高且收割后的玉米不能尽快降低水分至15%以下，这样在玉米的运输、储存期和包括冬春季在内的使用期，虽然外界温度不高，湿度不大，但由于局部湿度大（包括仓储、货栈、车皮车厢）通风差，码放堆压产生积热（民间俗称“捂热” ）镰刀霉菌的污染和毒素的产生会呈持续加重状态。换句话说，霉菌的生长繁殖和产生毒素需要一定的温湿度，但外部大环境的低温与干燥并不能阻止局部小环境内霉菌与毒素的产生与扩散。人们认为冬季寒冷干燥不会滋生霉菌及霉菌毒素，实在是认识上的误区。在北方干燥多风的冬春季，人们打开已久不住人的房间或储藏室，仍能闻到一股浓重的霉味，便是浅显的例证。
那么，怎样评判霉菌毒素的危害呢？
应当承认，在实践中，饲料不可能完全不含霉菌毒素，也不可能只含一种毒素，霉菌毒素的污染已是一个全球性问题，据联合国粮农组织调查，全世界每年被真菌污染的谷物，油料种子和饲料约占其总量的10%左右，而据美国人的调查，全世界贸易供应的谷物中，有25%受到霉菌毒素的污染。据估计，自上世纪八十年代以来，全世界仅仅由于肉仔鸡采食了被黄曲霉毒素污染的饲料而增重迟缓所致的直接经济损失每年约为1.4亿美元。据英国奥特奇公司的调查，在2006～2007年对亚洲地区所采集的800多个样品测定中，原料粮、饲料等的玉米赤霉烯酮、去氧瓜萎镰刀醇、烟曲霉毒素、黄曲霉毒素的污染程度检出率均在90%以上。
在我国，饲料及饲料原料的霉菌毒素污染也相当严重且呈逐年加重趋势。据敖志刚、刘代文2006年采取的225个样品检测显示：玉米、全价饲料、蛋白饲料、玉米副产品（玉米胚芽粕、玉米蛋白粉、玉米酒糟等）奶牛混合饲料，青贮饲料的6种霉菌毒素检出率平均达93.2%。最高的呕吐毒素达99.1%，超标率平均为29.6%，超标最高的呕吐毒素达53.5%。除黄曲霉毒素和T-2毒素属于轻度污染外，赭曲霉毒素、玉米赤霉烯酮、烟曲霉毒素、呕吐毒素均超过相关规定上限，属于重度污染。此检测结果经与2003年的普查结果对比可发现，饲料及原料的霉菌毒素的污染更普遍，程度更加重了，其中仓储型毒素如：黄曲霉毒素和赭曲霉毒素的发生比例有所减少，而田间型毒素如：玉米赤霉烯酮、烟曲霉毒素、
