这是个人类同口袋妖怪一同生活的世界，有无数的人梦想成为杰出的口袋妖怪训练员，我们的主角也是其中之一。而且，他有着不输给任何人的信念…………
这里是マサラ小镇，虽然宁静，但却非常的小，故事就从这个小镇开始。我们的主角是拥有雄心壮志的小孩，怎么可能甘愿呆在自己的小屋里打FC？男子汉就应该到外面去闯闯嘛。不过出门之前，先从电脑里把小恢复的药（キズぐすり）拿出来。
“喂，小孩，小心草丛！”主角刚想离开村子进入草丛，便听到背后有人喊叫。原来是这个镇上的名人——オーキド博士，他可是口袋妖怪的专家。
“草丛里生活着口袋妖怪，你打扰了它们的生活。自己身边没有口袋妖怪保护是很危险的。跟我来吧。”于是，博士便把一无所知的主角带到了他的研究所。
研究所里，博士的孙子，也是主角的劲敌在等待着博士给他口袋妖怪。再博士交代几句之后，便让主角先从三个小妖怪中挑选一个。待主角拿定注意之后，博士的孙子也会挑选一个，当然是克制主角属性的那一只（真赖皮~）。
好了，终于有了自己的小妖怪的，呵呵。主角等不及想要开始自己的冒险，然而还没有走出研究所，劲敌就已经下了战书。“我们先来战斗一次看看吧”
盛情难却啊，打就打吧。博士的孙子可是很厉害的，要不怎么配当劲敌呢。（不过说归说，再厉害也不顶用，主角毕竟是主角，呵呵）。虽然他的小妖怪是克自己属性的，不够好在一开始没有相应属性的攻击技能，火拼应该拼的过他，再说我们还有药呢。
终于还是主角还是赢了，告别了博士和母亲之后，主角离开了小镇踏入草丛之中。果然和博士说的一样，在草丛中隐匿了和多小妖怪，时不时的出来袭击主角。好在它们的等级都很低，应该没问题。
很快的就来到了トキワ村，虽然也是小村落，但是比故乡可是要大很多。二话不说，先到口袋妖怪中心（PC）中去恢复一下，然后就开始办正事吧。来到SHOP，看来店长已经在等主角了，他给了主角おとどけもの要主角带回去给博士（不知道我刚出来的吗？又要回去~难道把我当跑腿的？）。赶紧回去给博士，博士也不给主角吃亏，给了主角口袋图鉴，以后就可以用图鉴查找看到过的小妖怪了。同时5个妖怪球到手，这就意味着可以抓野生的小妖怪了。谢别博士后主角继续自己的冒险旅程。在回トキワ村前先去自己家隔壁，也就是劲敌的家里，女主人会给主角地图，方便了许多。
终于又回到了トキワ村，不过这里也太小了，不够看，唯一的一个会馆还进不去，先去下一个城市看看吧。不过主角刚要出村，却不一个老头叫住了。原来他是要教主角抓小妖怪（对各位玩家来说没有必要的吧，但是还是看一下，不要辜负人家的好心^_^）。而且他还给了主角一个手提电视（新要素！！好象是教你怎么战斗，具体功能慢慢研究）。
一直向北走，来到了トキワ村的森林，森林里有很多口袋妖怪训练员，这里的昆虫系妖怪比较多，如果之前抓到波波的话就没有难度了。草丛中隐藏着道具，对于一开始贫瘠的主角来说可千万不要漏掉啊。另外最重要的是，这个地方可以抓到皮卡丘，千万不要错过啊（玩口袋没皮卡丘可不行~~）。
终于从阴森的トキワ村的森林走出来了，明媚的阳光下，主角来到了ニビ镇。血气方刚的主角在PC少许休息后便冲向了会馆。什么？不认识路？那没关系，小镇右侧出口的人心青年会把你带到会馆门口，也就是说，不打败会馆是不能出镇的。这个会馆的管主是专攻岩石系的小刚（就是动画里看到年轻女性就七荤八素的那个）。如果当初选妙娃种子或杰尼龟的话，可以说这个会馆毫无难度。
终于，有纪念意义的第一枚徽章到手！同时得到了39号技能。这时你会发现背包中多出了わざマシンケース（也是新道具），至于用处么，似乎是让小妖怪学技能用的（现在学技能要用道具，道理是讲通了，但是总觉得多此一举）。不管怎样，向着下一个目标出发……
刚走出小镇就看到有一位大叔（难道又要叫我停下？干脆这次我先叫他算了）。果然，这位大叔给了主角跑鞋（哈哈，任天堂终于开窍了，不加入跑鞋一定会被骂死）。
哇，路上好多训练员等着主角呢，难道出名了吗^_^？尽管我们的主角再强劲，经过连续战斗后还是会觉得有点吃力，实在不行就往ニビ镇的PC多跑几次吧，不会吃亏的。
终于，来到了オツキミ山脚下，这里也有PC，真是体贴~~。PC中有一秃头，和他说话他会卖给你鲤鱼王，500块，要不要自己决定…………
进入山洞内，同样有很多训练员和野生妖怪在等待着主角，真是到哪里都不得安宁。在阴暗的山洞中不断摸索，来到地下二层，却遇到了一个身穿黑色衣服的古怪青年，衣服上还写着R字，看来对主角非常的不客气，那就较量一下吧。他们便是故事中的反派人物——火箭队（既然你诚心诚意的问了…………），今后还要遇到多次恶战。一顿摸爬滚打后终于找到了出口。出口处，一个穿白大褂的男子等在那里，看来是他们的老大。打到他之后，主角
可以从两块化石中挑选一块妥善保管，以后可以孵化化石系的妖怪。另一块则被他拿走。（战斗明明是我赢了，应该都归我才对…………）。这个山洞中除了化石外，月光石（つきのいし）和奇怪糖果（ふしぎなアメ）也是比较重要的东西，务必要拿到手。
终于走出山洞了，又一次见到明媚的阳光感觉真不错。突然发现有两个穿格斗服的男子站在高地上，上去询问后，可以选其中一人教妖怪格斗系的技能。（右边那个比较厉害）。谢过二位壮士，主角赶紧来到了不远的ハナダ市。虽然挑战会馆是重要，但是也要先休息休息，先在城市里兜兜风再说。
有自行车行？！太好了！跑了那么多路脚都痛了。先弄辆车骑骑再说。
“欢迎光临，这里是自行车行”老板好热情啊。
“一辆车一百万。”
“什么？！一百万？！”
这下怎么办？算了，看来上天注定不该是我的东西（即使用改到一百万也别想买），先挑战会馆再说。
ハナダ市会馆的管主是专攻水系，打败她之后可以得到徽章和3号技能。继续向下一个城镇出发。
通往下个城市的路好象要经过一间房子，但是门口有警察进不去，唉。那就先往上边走吧。刚走不久，一张熟悉的面孔出现了，原来是主角的劲敌啊，好久不见，他的实力提高了很多，看来也修炼过了。不过作为主角是一定不会输的（输了重来~~）。战斗结束后他给了主角一个手机，以后就可以和认识的人打电话了。
一番过关斩将后终于来到海角的小屋。奇怪，进去后竟然没有人，只有一只皮皮，没办法，只能和皮皮说话，交谈中得知这个家伙是人，他要主角帮他控制一下电脑，我们人心的主角当然爽快的答应了，举手之劳嘛。说完后皮皮跑进机器中，主角去操纵电脑。而后从机器的另一边从先了原先变成皮皮的マサキ。为了表示感谢，他给了主角一张船票（ふねのチケツト），管他有用没用，先放着再说。
抄近道回到ハナダ市，发现警卫已经让路了，那就走吧~~。
