分子动力学方法模拟基本步骤 1.第一步 即模型的设定，也就是势函数的选取。势函数的研究和物理系统上对物质的描述研究息息相关。最早是硬球势，即小于临界值时无穷大，大于等于临界值时为零。常用的是LJ势函数，还有EAM势函数，不同的物质状态描述用
分子动力学模拟 分子动力学就是一门结合物理,数学与化学的综合技术。分子动力学就是一套分子模拟方法,该方法主要就是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动,以在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本,从而计算体系的构型积分,并以构型积分的结果为基础
第3章 铁基块体非晶合金‐纳米晶转变的动力学模拟过程 3.1 Discover模块 3.1.1 原子力场的分配 在使用Discover模块建立基于力场的计算中，涉及几个步骤。主要有：选择力场、指定原子类型、计算或指定电荷、选择non‐bon
分子动力学的模拟过程 分子动力学模拟作为一种应用广泛的模拟计算方法有其自身特定的模拟步骤,程序流程也相对固定。本节主要就分子动力学的模拟步骤和计算程序流程做一些简单介绍。 1. 分子动力学模拟步驟 分子动力学模拟是一种在微观尺度上进行的数值
粒子位置的Taylor展开式：ri(tt)ri(t)vi(t)t1 2ai(t)t 21 6bi(t)t 3+ri(tt)ri(t) vi(t)t1 2ai(t)t 21 6bi(t)t 3粒子位置 ： 粒子速度 ：ri (t t) 2
1.周期性边界(Periodic boundary condition)像胞元非周期边界条件• 分子体系的模拟并不是都使用周期性边界条件，在 很多情况下，如溶液中沉淀的分子团簇、蛋白质分 子、病毒分子、材料的表面等并不需要周期性边界 条件。
a i (t) mir(t) r(0) vi (非常笨拙Verlet算法的表述： 算法启动① 规定初始位置 ② 规定初始速度③ 扰动初始位置：④ 计算第n步的力r(t) r(0) vi (0) t⑤ 计算第n+1步的位置： 计算第
碳纳米管管壁上C-C原子之间形成强的相互作用 "健,而在垂直管壁的方向为弱的n健相互作用，使得C-Si之间相互作用很弱, 因而碳纳米管在低温下可以作为硅的惰性容器, 从而也可以作为合成硅纳米线的模板. 由于碳纳米管- 硅纳米线复合材料具有更
关键：原子的作用力、运动方程积 分算法、边界条件处理D.原子作用势• 分子动力学计算结果的精度关键取决于原 子作用力的精确性。• 而相互作用力的精确性又取决于原子作用 势的好坏与选
分子动力学模拟The Standardization Office was revised on the afternoon of December 13, 2020分子动力学模拟分子动力学是一门结合物理，数学和化学的综合技术。分子动力学是
i采用有限差分方法离散化得到差分格式ri(th)ri(t)hvi(t)21mh2 fi(t) ri(th)ri(t)hvi(t)21mh2 fi(t) 两式相加得d 2 d r i
计算第n步的速度： 重复④至⑥ri (t t) 2ri (t) ri (t - t) ai (t) t 2v i (t) ri (t t) ri (t - t) 2
Berendsen温控机制Gaussian温控机制 • 在Gaussian法中，给每个原子施加一个摩擦 力，摩擦力的系数依赖于当前系统温度和热 浴温度之间的差值。 • 若摩擦力系数
④ 计算第n步的力 ⑤ 计算第n+1步的位置： 计算第n步的速度： 重复④至⑥ri (t t) 2ri (t) ri (t - t) ai (t) t2vi(t)ri(tt
2 xn vn t 1 a t 2 n模拟的数学方法 Leap-frog算法：vn 1/2 vn 1/2 tan xn 1 xn tvn 1/2 vn vn 1/2
p k BT1 b a 2气体密度确定系数a和bCASE(1) - Couette Flow Size of domain is:12.51x7.22x16.71E 4 ij
Gromacs中文教程 淮海一粟 分子动力学（MD）模拟分为三步：首先，要准备好模拟系统；然后，对准备好的系统进行模拟；最后，对模拟结果进行分析。虽然第二步是最耗费计算资源的，有时候需要计算几个月，但是最耗费体力的步骤在于模拟系统准备和结果
分子动力学模拟分子动力学是一门结合物理，数学和化学的综合技术。分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，以在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型积分的结果为基础进一步计
▪ 微观处理的前提• 已知微观粒子间的相互作用▪ 假设• 分子为球，惰性，分子间的作用只取决于分子间 的距离▪ 分子动力学 (Molecular Dynamics，MD)MD的应用
