上机操作2_核酸序列分析(1)

http://www. ncbi.nlm.nih.gov/
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第四章 核酸序列分析 （上机操作&上机题）
参考p90的实例分析，使用ClustalX对6条核酸序列（登 录号分别为：AY999081、 AY999080、 AY999079、 AY999078、 AY999077、 AY216767）进行多序列比 对， 。 http://www. ncbi.nlm.nih.gov/
参考P94的实例分析，应用ORF FINDER预测RGDV S8 片段的ORF。
http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html http://www.ebi.ac.uk/clustalw/
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第四章 核酸序列分析 （上机操作&上机题）
参考p98、p100、 p101、 p103实例 分析，以大麦MLO基因（Z83834) 为例， 了解Promoter Scan、 CpGPlot/CpGReport/Isochore、POLYAH程序。
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分析核酸序列的分子质量、碱基组成、碱基分布等。
序列变换(BioEdit、DNAMAN
、 DNAssist）
根据分析需要，对核酸序列进行各种变换，如寻找序 列的互补序列、反向序列、反向互补序列等。
限制性内切酶分析(BioEdit、DNAMAN
确定核酸序列的酶切位点。
、 DNAssist）
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序列比对的方式
百度文库第四章 核酸序列分析
对实验室中获得的一条新的核酸序列进行生物信 息学分析是实验深入研究前的标准操作。
常规分析 序列比对分析
基因结构识别
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常规分析___以水稻瘤矮病毒RGDV基因组S8片段编码区序列为例，
使用BioEdit软件进行分析
核酸序列组分分析（BioEdit、DNAMAN、
DNAssist）
数据库搜索比对（BLAST）
将查询序列与整个数据库中所有序列进行比对， 来获得数据库中与其最相似序列的已有数据，作为查 询序列的参考信息。
序列两两比对(BLAST2sequences）
通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点， 寻找两者可能的分子进化关系。
多序列比对(ClustalX）
将多个序列同时进行比较，寻找它们之间共同 的保守区域、位点和profile。
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基因结构识别
ORF预测（ORF Finder）
分析核酸序列的开放阅读框。
启动子及转录因子结合位点分析(Promoter 重复序列分析(RepertMasker）
Scan）
CpG island 搜索（CpGPlot/CpGReport/Isochore) 搜索3’非编码区的polyA(POLYAH)
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第四章 核酸序列分析 （上机操作&上机题）
下载水稻瘤矮病毒RGDV基因组S8片段编码区 序列，保存序列文件。
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按照P80的实例分析，使用NEBcutter 2.0对 RGDV基因组S8片段编码区进行限制性内切酶 在线分析。找出序列中没有酶切位点的酶的名 称。
http://tools.neb.com/NEBcutter2/
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第四章 核酸序列分析 （上机操作&上机题）
参考p85的实例分析，运用在线BLAST对 RGDV基因组S8片段序列进行同源性搜索。 http://www. ncbi.nlm.nih.gov/
参考P88的实例分析，运用 BLAST2sequences 程序进行序列两两比对。